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万見
- PDB-7q6z: Structure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with mega... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6z
タイトルStructure of Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with megabody 177 bound to IMP-1575
要素
  • Megabody 177
  • Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HHAT / inhibitor / palmitoyl-CoA / co enzyme A / Hedgehog acyl transferase / Sonic Hedgehog / SHH / MBOAT / morphogen / palmitoylation / signalling / endoplasmic reticulum / heme / small molecule binding / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9V3 / CHOLESTEROL / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITIC ACID / Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Coupland, C. / Carrique, L. / Siebold, C.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A26752European Union
Cancer Research UKC20724/A14414European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T01508X/1European Union
European Research Council (ERC)647278European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure, mechanism, and inhibition of Hedgehog acyltransferase.
著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas ...著者: Claire E Coupland / Sebastian A Andrei / T Bertie Ansell / Loic Carrique / Pramod Kumar / Lea Sefer / Rebekka A Schwab / Eamon F X Byrne / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony I Magee / Thomas Lanyon-Hogg / Mark S P Sansom / Edward W Tate / Christian Siebold /
要旨: The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate ...The Sonic Hedgehog (SHH) morphogen pathway is fundamental for embryonic development and stem cell maintenance and is implicated in various cancers. A key step in signaling is transfer of a palmitate group to the SHH N terminus, catalyzed by the multi-pass transmembrane enzyme Hedgehog acyltransferase (HHAT). We present the high-resolution cryo-EM structure of HHAT bound to substrate analog palmityl-coenzyme A and a SHH-mimetic megabody, revealing a heme group bound to HHAT that is essential for HHAT function. A structure of HHAT bound to potent small-molecule inhibitor IMP-1575 revealed conformational changes in the active site that occlude substrate binding. Our multidisciplinary analysis provides a detailed view of the mechanism by which HHAT adapts the membrane environment to transfer an acyl chain across the endoplasmic reticulum membrane. This structure of a membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) superfamily member provides a blueprint for other protein-substrate MBOATs and a template for future drug discovery.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13860
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT
B: Megabody 177
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5326
ポリマ－160,9292
非ポリマー1,6034
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4680 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area26990 Å2

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein-cysteine N-palmitoyltransferase HHAT / Hedgehog acyltransferase / Melanoma antigen recognized by T-cells 2 / MART-2 / Skinny hedgehog protein 1


分子量: 58327.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHAT, MART2, SKI1 / プラスミド: pHR-CMV-TetO2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q5VTY9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 抗体 Megabody 177


分子量: 102601.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pMESP23E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6

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非ポリマー , 4種, 4分子

#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-9V3 / 2-(2-methylpropylamino)-1-[(4R)-4-(6-methylpyridin-2-yl)-6,7-dihydro-4H-thieno[3,2-c]pyridin-5-yl]ethanone


分子量: 343.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoA in complex with megabody 177COMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Megabody 177COMPLEX#21RECOMBINANT
3Hedgehog acyltransferase (HHAT) bound to non hydrolysable palmitoyl-CoACOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞プラスミド
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293T
32Escherichia coli (大腸菌)562WK6pMESP23E2
43Homo sapiens (ヒト)9606HEK293S GnTI-/-pHR-CMV-TetO2
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mM16:0 Ether Coenzyme AC37H77N10O16P3S1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 53.48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10683
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4cryoSPARCV3.1.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.2モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10Coot0.9.2モデル精密化
11cryoSPARCV3.1.1初期オイラー角割当
12cryoSPARCV3.1.1最終オイラー角割当
13RELION3.1.1分類
14cryoSPARCV3.1.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3000000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 319000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 56 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 53.91 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00435134
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5587006
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411751
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0034842
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.373730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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