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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pe1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli and assembled in the presence of tRNA (tVLP) | ||||||
要素 | Coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / BMV / brome mosaic virus / capsid proteins | ||||||
機能・相同性 | Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Brome mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Ruszkowski, M. / Strugala, A. / Indyka, P. / Urbanowicz, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nanoscale / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM reconstructions of BMV-derived virus-like particles reveal assembly defects in the icosahedral lattice structure. 著者: Milosz Ruszkowski / Aleksander Strugala / Paulina Indyka / Guillaume Tresset / Marek Figlerowicz / Anna Urbanowicz / 要旨: The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex ...The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex phenomenon, making it difficult to rationally design VLPs with desired features . In this paper, we describe VLPs assembled from the recombinant capsid protein of brome mosaic virus (BMV). The analysis of VLPs was performed by Cryo-EM reconstructions and allowed us to visualize a few classes of VLPs, giving insight into the VLP self-assembly process. Apart from the mature icosahedral VLP practically identical with native virions, we describe putative VLP intermediates displaying non-icosahedral arrangements of capsomers, proposed to occur before the final disorder-order transition stage of icosahedral VLP assembly. Some of the described VLP classes show a lack of protein shell continuity, possibly resulting from too strong interaction with the cargo (in this case tRNA) with the capsid protein. We believe that our results are a useful prerequisite for the rational design of VLPs in the future and lead the way to the effective production of modified VLPs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pe1.cif.gz | 4.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pe1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pe1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pe1_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pe1_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pe1_validation.xml.gz | 539.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pe1_validation.cif.gz | 781.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20568.693 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brome mosaic virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QCJ1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Brome mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Brome mosaic virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 4.8 詳細: 25 mM NaOAc pH 4.8, 5 mM MgCl2, 25 mM NaCl, 10 mM KCl |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 105000 X / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17955 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1419349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24812 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VOC |