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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p3r | |||||||||||||||
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タイトル | Helical structure of the toxin MakA from Vibrio cholera | |||||||||||||||
要素 | MakA tetramer | |||||||||||||||
キーワード | TOXIN / Pore-forming toxin / Vibrio cholerae | |||||||||||||||
機能・相同性 | : / Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Berg, A. / Nadeem, A. / Uhlin, B.E. / Wai, S.N. / Barandun, J. | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Protein-lipid interaction at low pH induces oligomerization of the MakA cytotoxin from . 著者: Aftab Nadeem / Alexandra Berg / Hudson Pace / Athar Alam / Eric Toh / Jörgen Ådén / Nikola Zlatkov / Si Lhyam Myint / Karina Persson / Gerhard Gröbner / Anders Sjöstedt / Marta Bally / ...著者: Aftab Nadeem / Alexandra Berg / Hudson Pace / Athar Alam / Eric Toh / Jörgen Ådén / Nikola Zlatkov / Si Lhyam Myint / Karina Persson / Gerhard Gröbner / Anders Sjöstedt / Marta Bally / Jonas Barandun / Bernt Eric Uhlin / Sun Nyunt Wai / 要旨: The α-pore-forming toxins (α-PFTs) from pathogenic bacteria damage host cell membranes by pore formation. We demonstrate a remarkable, hitherto unknown mechanism by an α-PFT protein from . As part ...The α-pore-forming toxins (α-PFTs) from pathogenic bacteria damage host cell membranes by pore formation. We demonstrate a remarkable, hitherto unknown mechanism by an α-PFT protein from . As part of the MakA/B/E tripartite toxin, MakA is involved in membrane pore formation similar to other α-PFTs. In contrast, MakA in isolation induces tube-like structures in acidic endosomal compartments of epithelial cells in vitro. The present study unravels the dynamics of tubular growth, which occurs in a pH-, lipid-, and concentration-dependent manner. Within acidified organelle lumens or when incubated with cells in acidic media, MakA forms oligomers and remodels membranes into high-curvature tubes leading to loss of membrane integrity. A 3.7 Å cryo-electron microscopy structure of MakA filaments reveals a unique protein-lipid superstructure. MakA forms a pinecone-like spiral with a central cavity and a thin annular lipid bilayer embedded between the MakA transmembrane helices in its active α-PFT conformation. Our study provides insights into a novel tubulation mechanism of an α-PFT protein and a new mode of action by a secreted bacterial toxin. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p3r.cif.gz | 195.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p3r.ent.gz | 148.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p3r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p3r_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p3r_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p3r_validation.xml.gz | 51.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p3r_validation.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/7p3r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13185MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10869 (タイトル: Helical structure of the toxin MakA from Vibrio cholera Data size: 195.8 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of the oligomerized Vibrio cholerae toxin MakA [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39028.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 遺伝子: VC_A0883 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KL64 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vibrio cholera MakA filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 120 mM / 名称: Sodium Citrate |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2476 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 48.5901 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.84149 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 95603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65485 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6EZV Accession code: 6EZV / Source name: PDB / タイプ: experimental model |