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万見
- PDB-2il9: Crystal Structure of Plautia Stali Intestine Virus Intergenic Reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2il9
タイトルCrystal Structure of Plautia Stali Intestine Virus Intergenic Region Internal Ribosome Entry Site Ribosomal Binding Domain RNA at 3.1 Angstroms
要素Ribosomal Binding Domain of the IRES RNA
キーワードRNA / IRES / ribosomal binding domain / PSIV / under wound helix / double-nested pseudoknot
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pfingsten, J.S. / Costantino, D.A. / Kieft, J.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structural basis for ribosome recruitment and manipulation by a viral IRES RNA
著者: Pfingsten, J.S. / Costantino, D.A. / Kieft, J.S.
履歴
登録2006年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal Binding Domain of the IRES RNA
M: Ribosomal Binding Domain of the IRES RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1522
ポリマ－91,1522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.570, 133.570, 160.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細Two molecules in ASU form a domain-swap dimer. Region 1 of chain A and region 2 of chain M form the biological unit. Likewise region 1 of chain M and region 2 of chain A form the second copy of the biological unit.

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要素

#1: RNA鎖 Ribosomal Binding Domain of the IRES RNA


分子量: 45575.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence occurs naturally in Plautia Stali Intestine Virus

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.5372.86
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
3031蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.615% MPD, 150 mM MgAcetate, 0.5 mM Spermidine; cryoprotected with 20% MPD, 150 mM MgAcetate, 50 mM Na-MES pH 5.6, 5 mM Iridium (III) hexammine, vapor diffusion, sitting drop, temperature 303K
3032蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.615% MPD, 100 mM MgAcetate, 0.5 mM Spermidine; cryoprotected with 20% MPD, 100 mM MgAcetate, 50 mM Na-MES pH 5.6, 5% isopropanol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2MgAcetate11
3Spermidine11
4MPD12
5MgAcetate12
6Spermidine12
7Iridium (III) hexammine13
8MPD13
9MgAcetate13
10Na-MES13
11MPD21
12MgAcetate21
13Spermidine21
14MPD22
15MgAcetate22
16Spermidine22
17isopropanol23
18MPD23
19MgAcetate23
20Na-MES23

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111.1053,1.1057,1.1004
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年4月25日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2006年5月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10531
21.10571
31.10041
41.54181
反射解像度: 3.1→16.97 Å / Num. obs: 26973

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 3.41 Å / D res low: 45 Å / FOM : 0.36 / 反射: 20229
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength11.105317.87-15.67
13 wavelength21.105710.21-25.95
13 wavelength31.10049.54-10.26
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Pt600.230.4390.9950.427
2Pt600.7620.2130.4450.334
3Pt600.4390.230.1230.369
4Pt600.340.0570.0510.261
5Pt600.450.2150.1750.341
6Pt600.2090.5590.3790.27
7Pt600.2040.6460.2280.248
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
12.14-450.46936
7.7-12.140.551657
6.04-7.70.572122
5.12-6.040.512516
4.53-5.120.412835
4.1-4.530.333120
3.78-4.10.23427
3.52-3.780.153616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.03位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→16.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 74429.094 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2683 9.9 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs-26973 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 87.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å213.95 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---2.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→16.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 5665 0 0 5665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 397 10.1 %
Rwork0.336 3521 -
obs-3918 80.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramirhex.top
X-RAY DIFFRACTION5irhex.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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