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- PDB-5dy0: Crystal of AmtR from Corynebacterium glutamicum in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dy0
タイトルCrystal of AmtR from Corynebacterium glutamicum in complex with DNA
要素
  • DNA
  • TetR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR family regulator / Nitrogen master regulator / PII / GlnK / GlnB / TFR
機能・相同性Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / TetR family transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Palanca, C. / Rubio, V.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structure of AmtR, the global nitrogen regulator of Corynebacterium glutamicum, in free and DNA-bound forms.
著者: Palanca, C. / Rubio, V.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
C: TetR family transcriptional regulator
D: TetR family transcriptional regulator
E: DNA
F: DNA
G: DNA
H: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,8498
ポリマ－133,8498
非ポリマー00
水00
1
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
E: DNA
F: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9244
ポリマ－66,9244
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
2
C: TetR family transcriptional regulator
D: TetR family transcriptional regulator
G: DNA
H: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9244
ポリマ－66,9244
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.731, 137.423, 239.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
TetR family transcriptional regulator


分子量: 25477.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13969 / 遺伝子: KIQ_008455 / プラスミド: pET-26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072Z681
#2: DNA鎖
DNA


分子量: 7984.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.36 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 1.2 M Trisodium Citrate, 0.1 M NaHepes pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→119.94 Å / Num. obs: 67304 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 295546 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3-3.074.60.6832.12090645250.7740.35899.8
14.07-119.943.40.02839.221556390.9990.01684.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DY1

5dy1


解像度: 3→137.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 12.778 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22398 3348 5 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.20677 62963 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.98 Å20 Å20 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3----6.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→137.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6590 2120 0 0 8710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0179093
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.7512821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.223317577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.425871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74422.9269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.104151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0581560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7449.093496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.7439.093495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.73813.6514363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.73713.6524364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.4689.5825597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.4649.5835596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.95714.2658458
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.56187.6438888
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.56187.6438889
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 214 -
Rwork0.326 4142 -
obs--88.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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