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- PDB-7p1k: Cryo EM structure of bison NHA2 in nano disc structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1k
タイトルCryo EM structure of bison NHA2 in nano disc structure
要素mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane protein Sodium proton transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / sodium ion transport / recycling endosome ...lithium:proton antiporter activity / lithium ion transport / positive regulation of osteoclast development / sodium ion homeostasis / sodium:proton antiporter activity / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / clathrin-dependent endocytosis / flagellated sperm motility / sodium ion transport / recycling endosome / mitochondrial membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle membrane / sperm principal piece / basolateral plasma membrane / endosome membrane / apical plasma membrane / lysosomal membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Sodium/hydrogen exchanger 9B2
類似検索 - 構成要素
生物種Bison bison (アメリカバイソン)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Matsuoka, R. / Fudim, R. / Jung, S. / Drew, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure, mechanism and lipid-mediated remodeling of the mammalian Na/H exchanger NHA2.
著者: Rei Matsuoka / Roman Fudim / Sukkyeong Jung / Chenou Zhang / Andre Bazzone / Yurie Chatzikyriakidou / Carol V Robinson / Norimichi Nomura / So Iwata / Michael Landreh / Laura Orellana / ...著者: Rei Matsuoka / Roman Fudim / Sukkyeong Jung / Chenou Zhang / Andre Bazzone / Yurie Chatzikyriakidou / Carol V Robinson / Norimichi Nomura / So Iwata / Michael Landreh / Laura Orellana / Oliver Beckstein / David Drew /
要旨: The Na/H exchanger SLC9B2, also known as NHA2, correlates with the long-sought-after Na/Li exchanger linked to the pathogenesis of diabetes mellitus and essential hypertension in humans. Despite the ...The Na/H exchanger SLC9B2, also known as NHA2, correlates with the long-sought-after Na/Li exchanger linked to the pathogenesis of diabetes mellitus and essential hypertension in humans. Despite the functional importance of NHA2, structural information and the molecular basis for its ion-exchange mechanism have been lacking. Here we report the cryo-EM structures of bison NHA2 in detergent and in nanodiscs, at 3.0 and 3.5 Å resolution, respectively. The bison NHA2 structure, together with solid-state membrane-based electrophysiology, establishes the molecular basis for electroneutral ion exchange. NHA2 consists of 14 transmembrane (TM) segments, rather than the 13 TMs previously observed in mammalian Na/H exchangers (NHEs) and related bacterial antiporters. The additional N-terminal helix in NHA2 forms a unique homodimer interface with a large intracellular gap between the protomers, which closes in the presence of phosphoinositol lipids. We propose that the additional N-terminal helix has evolved as a lipid-mediated remodeling switch for the regulation of NHA2 activity.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure, mechanism and lipid-mediated remodeling of the mammalian Na+/H+ exchanger NHA2
著者: Matsuoka, R. / Fudim, F. / Jung, S. / Drew, F.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年1月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年1月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13163
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2
A: mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,28114
ポリマ－114,8382
非ポリマー7,44212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4150 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area41050 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 mitochondrial sodium/hydrogen exchanger 9B2


分子量: 57419.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bison bison (アメリカバイソン)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6P3HVI0
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: detergent structure / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 57373 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Bison bison (アメリカバイソン)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris hydroxy chlorideTris-HCl1
30.001 %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.13CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 362655 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027064
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6839660
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.0512450
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371204
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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