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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nku | ||||||
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タイトル | diazaborine bound Drg1(AFG2) | ||||||
要素 | ATPase family gene 2 protein | ||||||
キーワード | RIBOSOME / DRG1 / AFG2 / ribosome maturation / AAA protein / diazaborine / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein hexamerization / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / preribosome, large subunit precursor / autophagosome maturation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ribosomal large subunit biogenesis / response to xenobiotic stimulus ...mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / protein hexamerization / retrograde protein transport, ER to cytosol / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / preribosome, large subunit precursor / autophagosome maturation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ribosomal large subunit biogenesis / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Prattes, M. / Bergler, H. / Haselbach, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for inhibition of the AAA-ATPase Drg1 by diazaborine. 著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Ingrid Rössler / Isabella Klein / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Christian C Gruber / Karl Gruber / David ...著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Ingrid Rössler / Isabella Klein / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Christian C Gruber / Karl Gruber / David Haselbach / Helmut Bergler / 要旨: The hexameric AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis and initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit by releasing the shuttling maturation factor Rlp24. ...The hexameric AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis and initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit by releasing the shuttling maturation factor Rlp24. Drg1 monomers contain two AAA-domains (D1 and D2) that act in a concerted manner. Rlp24 release is inhibited by the drug diazaborine which blocks ATP hydrolysis in D2. The mode of inhibition was unknown. Here we show the first cryo-EM structure of Drg1 revealing the inhibitory mechanism. Diazaborine forms a covalent bond to the 2'-OH of the nucleotide in D2, explaining its specificity for this site. As a consequence, the D2 domain is locked in a rigid, inactive state, stalling the whole Drg1 hexamer. Resistance mechanisms identified include abolished drug binding and altered positioning of the nucleotide. Our results suggest nucleotide-modifying compounds as potential novel inhibitors for AAA-ATPases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nku.cif.gz | 553.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nku.ent.gz | 469.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nku_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nku_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nku_validation.xml.gz | 97 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nku_validation.cif.gz | 141.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/7nku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/7nku | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12448MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10717 (タイトル: Single particle Data of diazaborine bound Drg1 Data size: 1.6 TB Data #1: Unaligned Multiframe micrographs of DRG1 bound to diazaborine. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84850.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AFG2, DRG1, YLR397C, L8084.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32794, non-chaperonin molecular chaperone ATPase #2: 化合物 | ChemComp-AGS / #3: 化合物 | ChemComp-TDB / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Drg1 (AFG2) bound to diazaborine / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1152861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 237914 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: polished with deepenhancer / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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