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万見
- PDB-7niv: Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab and QA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7niv
タイトルNanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab and QA2-Fab (phosphatidylcholine-bound, occluded conformation)
要素
  • (4B1 Fab-fragment light ...) x 2
  • (QA2 Fab-fragment light ...) x 2
  • Isoform 2 of Phosphatidylcholine translocator ABCB4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ABCB4 / MDR3 / nanodisc / lipid transporter / transporter / phosphatidylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


response to fenofibrate / Defective ABCB4 causes PFIC3, ICP3 and GBD1 / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of phospholipid translocation / bile acid secretion / phospholipid transporter activity / cellular response to bile acid / phosphatidylcholine floppase activity / intercellular canaliculus / P-type phospholipid transporter ...response to fenofibrate / Defective ABCB4 causes PFIC3, ICP3 and GBD1 / positive regulation of phospholipid transport / positive regulation of phospholipid translocation / bile acid secretion / phospholipid transporter activity / cellular response to bile acid / phosphatidylcholine floppase activity / intercellular canaliculus / P-type phospholipid transporter / positive regulation of cholesterol transport / clathrin-coated vesicle / phospholipid translocation / lipid homeostasis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / PPARA activates gene expression / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / lipid metabolic process / apical plasma membrane / membrane raft / focal adhesion / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Phosphatidylcholine translocator ABCB4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nosol, K. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 米国, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_189111 スイス
Swiss National Science Foundation310030_155563 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structures of ABCB4 provide insight into phosphatidylcholine translocation.
著者: Kamil Nosol / Rose Bang-Sørensen / Rossitza N Irobalieva / Satchal K Erramilli / Bruno Stieger / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: ABCB4 is expressed in hepatocytes and translocates phosphatidylcholine into bile canaliculi. The mechanism of specific lipid recruitment from the canalicular membrane, which is essential to mitigate ...ABCB4 is expressed in hepatocytes and translocates phosphatidylcholine into bile canaliculi. The mechanism of specific lipid recruitment from the canalicular membrane, which is essential to mitigate the cytotoxicity of bile salts, is poorly understood. We present cryogenic electron microscopy structures of human ABCB4 in three distinct functional conformations. An apo-inward structure reveals how phospholipid can be recruited from the inner leaflet of the membrane without flipping its orientation. An occluded structure reveals a single phospholipid molecule in a central cavity. Its choline moiety is stabilized by cation-π interactions with an essential tryptophan residue, rationalizing the specificity of ABCB4 for phosphatidylcholine. In an inhibitor-bound structure, a posaconazole molecule blocks phospholipids from reaching the central cavity. Using a proteoliposome-based translocation assay with fluorescently labeled phosphatidylcholine analogs, we recapitulated the substrate specificity of ABCB4 in vitro and confirmed the role of the key tryptophan residue. Our results provide a structural basis for understanding an essential translocation step in the generation of bile and its sensitivity to azole drugs.
履歴
登録2021年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_entity_assembly_molwt / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_entity_assembly_molwt.id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12366
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: QA2 Fab-fragment light chain
E: QA2 Fab-fragment light chain
A: Isoform 2 of Phosphatidylcholine translocator ABCB4
B: 4B1 Fab-fragment light chain
C: 4B1 Fab-fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,50213
ポリマ－238,0135
非ポリマー3,4898
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16040 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area89910 Å2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 Isoform 2 of Phosphatidylcholine translocator ABCB4 / ATP-binding cassette sub-family B member 4 / Multidrug resistance protein 3 / P-glycoprotein 3


分子量: 140835.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB4, MDR3, PGY3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21439, P-type phospholipid transporter

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抗体 , 4種, 4分子 DEBC

#1: 抗体 QA2 Fab-fragment light chain


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 QA2 Fab-fragment light chain


分子量: 24817.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 4B1 Fab-fragment light chain


分子量: 23346.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 4B1 Fab-fragment light chain


分子量: 25754.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-DLP / 1,2-DILINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DI-LINOLEOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 782.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Nanodisc reconstituted human ABCB4 in complex with 4B1-Fab and QA2-Fab (phosphatidylcholine-bound, occluded conformation)COMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2phosphatidylcholine translocator ABCB4COMPLEX#31RECOMBINANT
3QA2 Fab-fragment: light and heavy chainCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
44B1 Fab-fragment: light and heavy chainCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.34 MDaYES
24
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 80.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53949 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00716075
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.88321822
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.6772276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052503
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062727

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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