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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mhy | |||||||||
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タイトル | Human Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with palmitoyl-CoA and two Fab antibody fragments | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / MBOAT / GOAT / porcupine / acyl transferase / membrane protein / membrane enzyme / ER / palmitoyl-CoA / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding ...N-terminal peptidyl-L-cysteine N-palmitoylation / O-acyltransferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / palmitoyltransferase activity / smoothened signaling pathway / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hedgehog ligand biogenesis / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Long, S.B. / Jiang, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate and product complexes reveal mechanisms of Hedgehog acylation by HHAT. 著者: Yiyang Jiang / Thomas L Benz / Stephen B Long / ![]() 要旨: Hedgehog proteins govern crucial developmental steps in animals and drive certain human cancers. Before they can function as signaling molecules, Hedgehog precursor proteins must undergo amino- ...Hedgehog proteins govern crucial developmental steps in animals and drive certain human cancers. Before they can function as signaling molecules, Hedgehog precursor proteins must undergo amino-terminal palmitoylation by Hedgehog acyltransferase (HHAT). We present cryo-electron microscopy structures of human HHAT in complex with its palmitoyl-coenzyme A substrate and of a product complex with a palmitoylated Hedgehog peptide at resolutions of 2.7 and 3.2 angstroms, respectively. The structures reveal how HHAT overcomes the challenges of bringing together substrates that have different physiochemical properties from opposite sides of the endoplasmic reticulum membrane within a membrane-embedded active site for catalysis. These principles are relevant to related enzymes that catalyze the acylation of Wnt and of the appetite-stimulating hormone ghrelin. The structural and mechanistic insights may advance the development of inhibitors for cancer. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 57358.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5VTY9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-抗体 , 4種, 4分子 MNOP
#2: 抗体 | 分子量: 22847.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 22897.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 23229.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 22868.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 33分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/PKZ.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PKZ.gif)
![](data/chem/img/AJP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-AJP / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HHAT in complex with palmitoyl-CoA and two Fab antibody fragments タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 26.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174058 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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