PDB-7lx0: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lx0

タイトル

Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light

要素

(Photosystem I ...) x 10
PSI subunit V
Photosystem one PsaX

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Far-red light / Chlorophyll f

機能・相同性

機能・相同性情報

: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / endomembrane system ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Gisriel, C.J. / Wang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: BBA Adv / 年: 2021
タイトル: Quantitative assessment of chlorophyll types in cryo-EM maps of photosystem I acclimated to far-red light
著者: Gisriel, C.J. / Huang, H.L. / Reiss, K.M. / Flesher, D.A. / Batista, V.S. / Bryant, D.A. / Brudvig, G.W. / Wang, J.

履歴

登録	2021年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-23563 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lx0.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lx0.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	23563MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pnj-d 6pfy-d 6uzv-d 3pcq-1 6pgk-d 20963 4fe1-1 1jb0-1 1c51-1 20397 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (40) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (43) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (42) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (40)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (43)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (42)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

N: Photosystem I iron-sulfur center

O: Photosystem I protein PsaD

P: Photosystem I reaction center subunit IV

Q: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III

R: photosystem I subunit VIII

S: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

T: Photosystem I reaction center subunit PsaK

U: PSI subunit V

V: Photosystem I reaction center subunit XII

W: Photosystem one PsaX

a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

c: Photosystem I iron-sulfur center

d: Photosystem I protein PsaD

e: Photosystem I reaction center subunit IV

f: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III

i: photosystem I subunit VIII

j: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

k: Photosystem I reaction center subunit PsaK

l: PSI subunit V

m: Photosystem I reaction center subunit XII

x: Photosystem one PsaX

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

C: Photosystem I iron-sulfur center

D: Photosystem I protein PsaD

E: Photosystem I reaction center subunit IV

F: Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III

I: photosystem I subunit VIII

J: Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ

K: Photosystem I reaction center subunit PsaK

L: PSI subunit V

M: Photosystem I reaction center subunit XII

X: Photosystem one PsaX

ヘテロ分子

1.12 MDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

-
Photosystem I ... , 10種, 30分子 GaAHbBNcCOdDPeEQfFRiISjJTkKVmM

#1: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA / photosystem I core protein PsaA 分子量: 87627.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FME9, photosystem I
#2: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB / photosystem I core protein PsaB 分子量: 83450.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6KXB6, photosystem I
#3: タンパク質	Photosystem I iron-sulfur center / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC 分子量: 8853.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FW50, photosystem I
#4: タンパク質	Photosystem I protein PsaD 分子量: 17776.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FW99
#5: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit IV 分子量: 8070.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FQU3
#6: タンパク質	Photosystem I reaction center protein PsaF subunit III 分子量: 17788.021 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FMD3
#7: タンパク質	photosystem I subunit VIII 分子量: 7735.956 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6MR25
#8: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ 分子量: 5435.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FMD2
#9: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit PsaK 分子量: 4494.526 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
#11: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M 分子量: 3471.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FWT6

-
タンパク質 , 2種, 6分子 UlLWxX

#10: タンパク質	PSI subunit V / PSI-L / Photosystem I reaction center subunit XI 分子量: 18543.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A2N6L446
#12: タンパク質	Photosystem one PsaX 分子量: 11132.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア) 参照: UniProt: G6FSH2

-
糖 , 1種, 6分子

#21: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 9種, 366分子

#13: 化合物	ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER 分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#14: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#15: 化合物	ChemComp-F6C / Chlorophyll F / [methyl 9-ethenyl-14-ethyl-8-formyl-4,13,18-trimethyl-20-oxo-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,23,25-tetradehydro-24,26-dihydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]magnesium 分子量: 905.457 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₆₈MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物	ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₆O₂
#17: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#18: 化合物	... ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン分子量: 536.873 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#19: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#22: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y
配列の詳細	The full sequence of PsaK is MSSILLAAAATVPPTAEWSPKVALIISISCLVAVLLSFRIEKPKVGPKMPGLPLSIPTFV ...The full sequence of PsaK is MSSILLAAAATVPPTAEWSPKVALIISISCLVAVLLSFRIEKPKVGPKMPGLPLSIPTFV AAMAFGHVIGVAIVLGLTNIGKI

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Photosystem I adapted to far-red light / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Fischerella thermalis PCC 7521 (バクテリア)
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 57.328 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 201104 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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