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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lua | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV-1 Env CH848 SOSIP trimer | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab-dimerized / glycan-reactive / antibodies / HIV-1 / DH898.1 / Fab-dimer / glycan-reactive neutralizing antibody / macaque HIV-1 vaccine-induced / B cell lineage / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
![]() | Manne, K. / Edwards, R.J. / Acharya, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies. 著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / ![]() ![]() 要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells. #1: ![]() タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques 著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. ...著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. / Sempowski, G. / Saunders, K. / Haynes, B.F. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 909.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 811.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 122.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23519MC ![]() 6vtuC ![]() 6xrjC ![]() 7l02C ![]() 7l06C ![]() 7l09C ![]() 7l6mC ![]() 7l6oC ![]() 7lu9C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 8分子 acebdfhi
#1: タンパク質 | 分子量: 52061.930 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-492 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16578.803 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residue 503-648 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 23596.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 1種, 2分子 gj
#3: 抗体 | 分子量: 23553.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 57分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of DH898.1 Fab-dimer bound near the CD4 binding site of HIV-1 Env CH848 SOSIP trimer. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 93.15 K / 最低温度: 93.15 K |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3230 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59012 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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