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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lt3 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | NHEJ Long-range synaptic complex | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / NHEJ / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA ligation involved in DNA recombination / FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation ...DNA ligation involved in DNA recombination / FHA domain binding / positive regulation of chromosome organization / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA ligase activity / Ku70:Ku80 complex / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of t-circle formation / positive regulation of platelet formation / DNA ligase (ATP) / DNA end binding / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA ligase (ATP) activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / single strand break repair / cellular response to X-ray / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / DNA ligation / regulation of smooth muscle cell proliferation / V(D)J recombination / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / isotype switching / protein localization to site of double-strand break / regulation of epithelial cell proliferation / IRF3-mediated induction of type I IFN / telomere capping / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / U3 snoRNA binding / positive regulation of neurogenesis / cellular response to fatty acid / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / hematopoietic stem cell proliferation / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular hyperosmotic salinity response / T cell lineage commitment / response to ionizing radiation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / DNA biosynthetic process / cellular response to lithium ion / telomeric DNA binding / maturation of 5.8S rRNA / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / positive regulation of catalytic activity / B cell lineage commitment / 2-LTR circle formation / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / ligase activity / site of DNA damage / somatic stem cell population maintenance / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / T cell differentiation / response to X-ray / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / chromosome organization / positive regulation of protein kinase activity / ectopic germ cell programmed cell death / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA polymerase binding / condensed chromosome / DNA helicase activity / : / enzyme activator activity / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / activation of innate immune response / telomere maintenance / cyclin binding / B cell differentiation / neurogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of protein phosphorylation / stem cell proliferation / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / positive regulation of translation / cellular response to ionizing radiation / response to gamma radiation / protein-DNA complex / small-subunit processome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / peptidyl-threonine phosphorylation / protein destabilization 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | He, Y. / Chen, S. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of long-range to short-range synaptic transition in NHEJ. 著者: Siyu Chen / Linda Lee / Tasmin Naila / Susan Fishbain / Annie Wang / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He / ![]() ![]() 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) are a highly cytotoxic form of DNA damage and the incorrect repair of DSBs is linked to carcinogenesis. The conserved error-prone non-homologous end joining (NHEJ) ...DNA double-strand breaks (DSBs) are a highly cytotoxic form of DNA damage and the incorrect repair of DSBs is linked to carcinogenesis. The conserved error-prone non-homologous end joining (NHEJ) pathway has a key role in determining the effects of DSB-inducing agents that are used to treat cancer as well as the generation of the diversity in antibodies and T cell receptors. Here we applied single-particle cryo-electron microscopy to visualize two key DNA-protein complexes that are formed by human NHEJ factors. The Ku70/80 heterodimer (Ku), the catalytic subunit of the DNA-dependent protein kinase (DNA-PKcs), DNA ligase IV (LigIV), XRCC4 and XLF form a long-range synaptic complex, in which the DNA ends are held approximately 115 Å apart. Two DNA end-bound subcomplexes comprising Ku and DNA-PKcs are linked by interactions between the DNA-PKcs subunits and a scaffold comprising LigIV, XRCC4, XLF, XRCC4 and LigIV. The relative orientation of the DNA-PKcs molecules suggests a mechanism for autophosphorylation in trans, which leads to the dissociation of DNA-PKcs and the transition into the short-range synaptic complex. Within this complex, the Ku-bound DNA ends are aligned for processing and ligation by the XLF-anchored scaffold, and a single catalytic domain of LigIV is stably associated with a nick between the two Ku molecules, which suggests that the joining of both strands of a DSB involves both LigIV molecules. | |||||||||||||||||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 330.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 499 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 4分子 AJBK
#1: タンパク質 | 分子量: 69945.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 82812.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-タンパク質 , 4種, 10分子 CLFGOPHIXY
#3: タンパク質 | 分子量: 469673.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P78527, non-specific serine/threonine protein kinase #7: タンパク質 | 分子量: 38337.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 33372.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 104124.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 DMEN
#5: DNA鎖 | 分子量: 9510.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #6: DNA鎖 | 分子量: 9236.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 QR![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#10: 化合物 | #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1720.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Maybe a part of PRKDC / 由来: (天然) ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Long-range synaptic Complex of NHEJ / タイプ: COMPLEX / 詳細: DNAPKcs-Ku-XRCC4-LigIV-XLF / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.66 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 30000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 76.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 17114 |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1119381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 329784 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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