[日本語] English
万見
- PDB-7lbe: CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutra... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbe
タイトルCryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutralizing fabs 13H11 and MSL-109
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 3
  • Fab 13H11 heavy chain
  • Fab 13H11 light chain
  • Fab MSL-109 heavy chain
  • Fab MSL-109 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / virus / receptor / complex / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / HCMV Late Events / HCMV Early Events / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein O
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kschonsak, M. / Rouge, L. / Arthur, C.P. / Hoangdung, H. / Patel, N. / Kim, I. / Johnson, M. / Kraft, E. / Rohou, A.L. / Gill, A. ...Kschonsak, M. / Rouge, L. / Arthur, C.P. / Hoangdung, H. / Patel, N. / Kim, I. / Johnson, M. / Kraft, E. / Rohou, A.L. / Gill, A. / Martinez-Martin, N. / Payandeh, J. / Ciferri, C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Structures of HCMV Trimer reveal the basis for receptor recognition and cell entry.
著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / ...著者: Marc Kschonsak / Lionel Rougé / Christopher P Arthur / Ho Hoangdung / Nidhi Patel / Ingrid Kim / Matthew C Johnson / Edward Kraft / Alexis L Rohou / Avinash Gill / Nadia Martinez-Martin / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind ...Human cytomegalovirus (HCMV) infects the majority of the human population and represents the leading viral cause of congenital birth defects. HCMV utilizes the glycoproteins gHgLgO (Trimer) to bind to platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRα) and transforming growth factor beta receptor 3 (TGFβR3) to gain entry into multiple cell types. This complex is targeted by potent neutralizing antibodies and represents an important candidate for therapeutics against HCMV. Here, we determine three cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the trimer and the details of its interactions with four binding partners: the receptor proteins PDGFRα and TGFβR3 as well as two broadly neutralizing antibodies. Trimer binding to PDGFRα and TGFβR3 is mutually exclusive, suggesting that they function as independent entry receptors. In addition, Trimer-PDGFRα interaction has an inhibitory effect on PDGFRα signaling. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, neutralization, and the development of anti-viral strategies against HCMV.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23252
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein O
E: Fab 13H11 light chain
F: Fab 13H11 heavy chain
G: Fab MSL-109 light chain
H: Fab MSL-109 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,38127
ポリマ－284,7407
非ポリマー5,64120
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Eluted as a main peak with shoulder (monomer and dimer)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 87311.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: gH, UL75 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6SW67
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス)
株: Merlin / 遺伝子: gL, UL115 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HCH8
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein O / UL74 / UL74 protein


分子量: 58298.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL74 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BCU3

-
抗体 , 4種, 4分子 EFGH

#4: 抗体 Fab 13H11 light chain


分子量: 25780.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 Fab 13H11 heavy chain


分子量: 26600.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: 抗体 Fab MSL-109 light chain


分子量: 28355.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 Fab MSL-109 heavy chain


分子量: 27547.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 4種, 20分子

#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HCMV Trimer gHgLgO bound to neutralizing fabs 13H11 and MSL-109COMPLEX#1-#70RECOMBINANT
2HCMV Trimer gHgLgOCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3neutralizing fabs 13H11 and MSL-109COMPLEX#4-#71RECOMBINANT
分子量値: 0.275 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)10359
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Escherichia coli (大腸菌)562
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
詳細: The sample was gently cross-linked with 0.025% (v/v) EM-grade glutaraldehyde for 10 min at RT and quenched with 9 mM Tris pH 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.3 Msodium chlorideNaCl1
20.025 MHEPES1
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample contained monomeric and dimeric protein complexes.
試料支持詳細: The grid was coated with Au/Pd 80/20 prior use. / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14717 / 詳細: Images were collected in 50 frames every 0.2 s
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM3.7.11画像取得
4CTFFINDCTF補正4.1.13
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8Coot0.8.9モデルフィッティング
10PHENIX1.19モデル精密化
11ISOLDE1.1.0モデル精密化
12cisTEM1.02初期オイラー角割当
13cisTEM1.02最終オイラー角割当
14RELION3.1分類
15cisTEM1.02３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1478640
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1350211
詳細: Used score threshold of 0.25 for final 3D reconstruction. Map used for model building and refinements is a composite map after combining 3 focussed maps with PHENIX
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る