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万見
- PDB-7l2z: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l2z
タイトルBacterial cellulose synthase BcsB hexamer
要素Cyclic di-GMP-binding protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / bacterial cellulose / periplasmic / structural subunit
機能・相同性Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / plasma membrane / Cyclic di-GMP-binding protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Zimmer, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM101001 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24-GM116790 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM126647-01 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Molecular organization of the E. coli cellulose synthase macrocomplex.
著者: Justin F Acheson / Ruoya Ho / Nicolette F Goularte / Lynette Cegelski / Jochen Zimmer /
要旨: Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue ...Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue adhesion. The E. coli pEtN cellulose biosynthesis machinery contains the catalytic BcsA-B complex that synthesizes and secretes cellulose, in addition to five other subunits. The membrane-anchored periplasmic BcsG subunit catalyzes pEtN modification. Here we present the structure of the roughly 1 MDa E. coli Bcs complex, consisting of one BcsA enzyme associated with six copies of BcsB, determined by single-particle cryo-electron microscopy. BcsB homo-oligomerizes primarily through interactions between its carbohydrate-binding domains as well as intermolecular beta-sheet formation. The BcsB hexamer creates a half spiral whose open side accommodates two BcsG subunits, directly adjacent to BcsA's periplasmic channel exit. The cytosolic BcsE and BcsQ subunits associate with BcsA's regulatory PilZ domain. The macrocomplex is a fascinating example of cellulose synthase specification.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23146
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cyclic di-GMP-binding protein
A: Cyclic di-GMP-binding protein
C: Cyclic di-GMP-binding protein
D: Cyclic di-GMP-binding protein
E: Cyclic di-GMP-binding protein
F: Cyclic di-GMP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)505,8296
ポリマ－505,8296
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Cyclic di-GMP-binding protein / Cellulose synthase regulatory subunit


分子量: 84304.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bcsB, yhjN, b3532, JW3500 / プラスミド: petduet_BcsA_BcsB_AdrA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P37652

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer / タイプ: COMPLEX
詳細: Periplasmic domain of BcsB refined using masked local refinement and signal subtraction and from E coli BCS inner-membrane complex projections.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.481 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞内の位置: periplasm innermembrane
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C43 / プラスミド: petduet_BcsA_BcsB_AdrA
緩衝液pH: 8
詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was ...詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was briefly sonicated to completely dissolve the CHS.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.5 mMcellobioseC12H22O111
45 mMmagnesium chlorideMgCl21
50.003 %LMNGC47H88O221
60.0006 %DMNGC43H80O221
70.0006 %CHSC31H50O41
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 2 drops of amylamine were added to the chamber / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3.5 uL applied to c-flat 1.2/1.3 300 mesh grids incubated for 30s then blotted using force 6 for 12 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2964 / 詳細: movie mode 40 frames
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.15粒子像選択TOPAZ wrapper
2LatitudeS画像取得
4cryoSPARC2.15CTF補正Patch CTF
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
13PHENIX1.18モデル精密化phenix.refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 409611
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115289 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 101.45 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00230635
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45741696
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.0554147
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0464680
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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