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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jyi | ||||||
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タイトル | Subparticle Map of ZIKV MR-766 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / MR-766 ZIKV two-fold subparticle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / membrane => GO:0016020 / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / membrane => GO:0016020 / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / GTP binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Jose, J. / Hafenstein, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Identification of a pocket factor that is critical to Zika virus assembly. 著者: Nadia M DiNunno / Daniel J Goetschius / Anoop Narayanan / Sydney A Majowicz / Ibrahim Moustafa / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Joyce Jose / 要旨: Zika virus (ZIKV) is an emerging mosquito borne flavivirus and a major public health concern causing severe disease. Due to the presence of a lipid membrane and structural heterogeneity, attaining an ...Zika virus (ZIKV) is an emerging mosquito borne flavivirus and a major public health concern causing severe disease. Due to the presence of a lipid membrane and structural heterogeneity, attaining an atomic resolution structure is challenging, but important to understand virus assembly and life cycle mechanisms that offer distinct targets for therapeutic intervention. We here use subvolume refinement to achieve a 3.4 Å resolution structure and identify two distinct lipid moieties. The first arises from the inner leaflet and is coordinated by hydrophobic residues of the M and E transmembrane helices that form a binding pocket not previously characterized. The second lipid arises from the outer leaflet coordinate between two E protein helices. Structure-based mutagenesis identifies critical hydrophobic interactions and their effect on the virus life cycle. Results show that lipids play an essential role in the ZIKV assembly pathway revealing a potential target of lipid based antiviral drug development. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jyi.cif.gz | 196 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jyi.ent.gz | 164.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jyi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jyi_validation.pdf.gz | 859.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jyi_full_validation.pdf.gz | 881.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jyi_validation.xml.gz | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jyi_validation.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/7jyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/7jyi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54275.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 291-791 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: MR-766 / 参照: UniProt: A0A140D2T1, UniProt: Q32ZE1*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 8555.002 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 216-290 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: MR-766 / 参照: UniProt: C8XPB1, UniProt: Q32ZE1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Zika virus / タイプ: VIRUS / 詳細: propagated in HeLa cells / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: MR-766 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: mosquito |
ウイルス殻 | 名称: Zika / 直径: 50 nm / 三角数 (T数): 3 |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: PTA |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 41.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1-3660_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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