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万見
- PDB-7ew6: Barley photosystem I-LHCI-Lhca5 supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ew6
タイトルBarley photosystem I-LHCI-Lhca5 supercomplex
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 2
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / Light-harvesting complex / Lhca5
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, W.D. / Shen, L. / Tang, K. / Han, G.Y. / Zhang, X. / Shen, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDY-SSW-SMC003 中国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare.
著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang /
要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Photosynthesis. Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex
著者: Qin, X.C. / Suga, M. / Kuang, T.Y. / Shen, J.R.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31348
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
L: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
1: Chlorophyll a-b binding protein Lhca1
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein Lhca5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)570,498214
ポリマ－407,75815
非ポリマー162,740199
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83217.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z1K7, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82693.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z289, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFHIJKL

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 21958.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P36213
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / PSI-E / Photosystem I 10.8 kDa polypeptide


分子量: 15476.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P13194
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / PSI-F / Light-harvesting complex I 17 kDa protein


分子量: 24866.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P13192
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / PSI-H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein


分子量: 14900.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P20143
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 4010.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z1D9
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4747.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4Z1E9
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit PSI-K / Light-harvesting complex I 7 kDa protein / PSI-K / ...Photosystem I reaction center subunit PSI-K / Light-harvesting complex I 7 kDa protein / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 13742.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P36886
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / PSI-L / PSI subunit V


分子量: 22229.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: P23993

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Chlorophyll a-b binding protein ... , 2種, 2分子 15

#12: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein Lhca1


分子量: 26691.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: A0A287WC32
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein Lhca5


分子量: 27618.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 2分子 23

#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27320.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: Q43485
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein Lhca3


分子量: 29374.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: F2DAN8

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#22: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit PSI-C / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8909.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
参照: UniProt: S4YZ47, photosystem I

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非ポリマー , 10種, 197分子

#16: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#18: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#23: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#24: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#25: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#26: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI-Lhca5 supercomplex of Barley / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare subsp. spontaneum (オオムギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103844 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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