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万見
- PDB-7d1u: Cryo-EM Structure of PSII at 2.08 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d1u
タイトルCryo-EM Structure of PSII at 2.08 angstrom resolution
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily ...Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Unknown ligand / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein Y / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Kato, K. / Miyazaki, N. / Hamaguchi, T. / Nakajima, Y. / Akita, F. / Yonekura, K. / Shen, J.R.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of photosystem II reveals damage from high-dose electron beams.
著者: Koji Kato / Naoyuki Miyazaki / Tasuku Hamaguchi / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem II (PSII) plays a key role in water-splitting and oxygen evolution. X-ray crystallography has revealed its atomic structure and some intermediate structures. However, these structures are ...Photosystem II (PSII) plays a key role in water-splitting and oxygen evolution. X-ray crystallography has revealed its atomic structure and some intermediate structures. However, these structures are in the crystalline state and its final state structure has not been solved. Here we analyzed the structure of PSII in solution at 1.95 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure obtained is similar to the crystal structure, but a PsbY subunit was visible in the cryo-EM structure, indicating that it represents its physiological state more closely. Electron beam damage was observed at a high-dose in the regions that were easily affected by redox states, and reducing the beam dosage by reducing frames from 50 to 2 yielded a similar resolution but reduced the damage remarkably. This study will serve as a good indicator for determining damage-free cryo-EM structures of not only PSII but also all biological samples, especially redox-active metalloproteins.
履歴
登録2020年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30548
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30548
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center protein X
Z: Photosystem II reaction center protein Z
R: Photosystem II protein Y
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center protein X
z: Photosystem II reaction center protein Z
r: Photosystem II protein Y
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)709,085236
ポリマ－591,50140
非ポリマー117,584196
水38,2102121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 37029.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P51765, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR7
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 38419.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P19052
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12240
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3756.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: Q7DGD4
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P19054
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12241
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3835.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12312
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP / Extrinsic protein O of oxygen-evolving complex


分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR2
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3777.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12313
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U / Extrinsic protein U of oxygen-evolving complex


分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P56152
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR3
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR4
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: D0VWR5
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y


分子量: 3859.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P0DM37

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9321.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12238
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P12239

-
タンパク質 , 1種, 2分子 Vv

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c / Extrinsic protein V of oxygen-evolving complex


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A387

-
糖 , 2種, 16分子

#33: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#36: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 17種, 2301分子

#21: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#22: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#23: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#26: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#28: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#29: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 36 / 由来タイプ: 合成
#30: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#31: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#32: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#35: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#37: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#39: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.725 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES-NaOH1
20.04 %DDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 83 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174099 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 3WU2

3wu2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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