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- PDB-7bg7: HRV14 in complex with its receptor ICAM-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bg7
タイトルHRV14 in complex with its receptor ICAM-1
要素
  • (Genome polyprotein) x 4
  • Intercellular adhesion molecule 1
キーワードVIRUS / enterovirus / rhinovirus 14 / HRV14 / RV14 / native particle / receptor / virus-receptor complex / ICAM-1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / adhesion of symbiont to host / establishment of endothelial barrier / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / Interleukin-10 signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / immunological synapse / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / cellular response to leukemia inhibitory factor / cellular response to glucose stimulus / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / virus receptor activity / signaling receptor activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / DNA replication / RNA helicase activity / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / induction by virus of host autophagy / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / Immunoglobulin domain / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / Immunoglobulin domain / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Intercellular adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hrebik, D. / Fuzik, T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation19-25982X チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: ICAM-1 induced rearrangements of capsid and genome prime rhinovirus 14 for activation and uncoating.
著者: Dominik Hrebík / Tibor Füzik / Mária Gondová / Lenka Šmerdová / Athanassios Adamopoulos / Ondrej Šedo / Zbyněk Zdráhal / Pavel Plevka /
要旨: Most rhinoviruses, which are the leading cause of the common cold, utilize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as a receptor to infect cells. To release their genomes, rhinoviruses convert to ...Most rhinoviruses, which are the leading cause of the common cold, utilize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as a receptor to infect cells. To release their genomes, rhinoviruses convert to activated particles that contain pores in the capsid, lack minor capsid protein VP4, and have an altered genome organization. The binding of rhinoviruses to ICAM-1 promotes virus activation; however, the molecular details of the process remain unknown. Here, we present the structures of virion of rhinovirus 14 and its complex with ICAM-1 determined to resolutions of 2.6 and 2.4 Å, respectively. The cryo-electron microscopy reconstruction of rhinovirus 14 virions contains the resolved density of octanucleotide segments from the RNA genome that interact with VP2 subunits. We show that the binding of ICAM-1 to rhinovirus 14 is required to prime the virus for activation and genome release at acidic pH. Formation of the rhinovirus 14-ICAM-1 complex induces conformational changes to the rhinovirus 14 capsid, including translocation of the C termini of VP4 subunits, which become poised for release through pores that open in the capsids of activated particles. VP4 subunits with altered conformation block the RNA-VP2 interactions and expose patches of positively charged residues. The conformational changes to the capsid induce the redistribution of the virus genome by altering the capsid-RNA interactions. The restructuring of the rhinovirus 14 capsid and genome prepares the virions for conversion to activated particles. The high-resolution structure of rhinovirus 14 in complex with ICAM-1 explains how the binding of uncoating receptors enables enterovirus genome release.
履歴
登録2021年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12172
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12172
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Genome polyprotein
2: Genome polyprotein
3: Genome polyprotein
4: Genome polyprotein
B: Intercellular adhesion molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,4495
ポリマ－144,4495
非ポリマー00
水8,017445
1
1: Genome polyprotein
2: Genome polyprotein
3: Genome polyprotein
4: Genome polyprotein
B: Intercellular adhesion molecule 1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,666,939300
ポリマ－8,666,939300
非ポリマー00
水5,405300
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 1234B

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 32975.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
参照: UniProt: P03303, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 Intercellular adhesion molecule 1 / ICAM-1 / Major group rhinovirus receptor


分子量: 49552.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ICAM1 / プラスミド: bacmid / Cell (発現宿主): SF9
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P05362

-
非ポリマー , 1種, 445分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human rhinovirus 14VIRUS#1-#50MULTIPLE SOURCES
2RhinovirusCOMPLEX#1-#41NATURAL
3Intercellular adhesion molecule 1COMPLEX#51RECOMBINANT
分子量値: 10.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Human rhinovirus 14 (ライノウイルス)121311059
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻名称: HRV14-ICAM-1 complex / 直径: 325 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMdisodium phosphateNa2HPO41
21.8 mMmonopotassium phosphateKH2PO41
3137 mMsodium chlorideNaCl1
42.7 mMpotassium chlorideKCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 420 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3562 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 83.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4680
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXdev-3765モデル精密化
14REFMAC5モデル精密化
15ISOLDE1.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 36638
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12085 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 9.19 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 4RHV

4rhv

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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