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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bg4 | ||||||||||||
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タイトル | Multidrug resistance transporter BmrA mutant E504A bound with ATP, Mg, and Rhodamine 6G solved by Cryo-EM | ||||||||||||
要素 | Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / ABC transporter / multidrug resistance | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wiseman, B. / Chaptal, V. / Zampieri, V. / Magnard, S. / Hogbom, M. / Falson, P. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Substrate-bound and substrate-free outward-facing structures of a multidrug ABC exporter. 著者: Vincent Chaptal / Veronica Zampieri / Benjamin Wiseman / Cédric Orelle / Juliette Martin / Kim-Anh Nguyen / Alexia Gobet / Margot Di Cesare / Sandrine Magnard / Waqas Javed / Jad Eid / ...著者: Vincent Chaptal / Veronica Zampieri / Benjamin Wiseman / Cédric Orelle / Juliette Martin / Kim-Anh Nguyen / Alexia Gobet / Margot Di Cesare / Sandrine Magnard / Waqas Javed / Jad Eid / Arnaud Kilburg / Marine Peuchmaur / Julien Marcoux / Luca Monticelli / Martin Hogbom / Guy Schoehn / Jean-Michel Jault / Ahcène Boumendjel / Pierre Falson / 要旨: Multidrug ABC transporters translocate drugs across membranes by a mechanism for which the molecular features of drug release are so far unknown. Here, we resolved three ATP-Mg-bound outward-facing ...Multidrug ABC transporters translocate drugs across membranes by a mechanism for which the molecular features of drug release are so far unknown. Here, we resolved three ATP-Mg-bound outward-facing conformations of the (homodimeric) BmrA by x-ray crystallography and single-particle cryo-electron microscopy (EM) in detergent solution, one of them with rhodamine 6G (R6G), a substrate exported by BmrA when overexpressed in . Two R6G molecules bind to the drug-binding cavity at the level of the outer leaflet, between transmembrane (TM) helices 1-2 of one monomer and TM5'-6' of the other. They induce a rearrangement of TM1-2, highlighting a local flexibility that we confirmed by hydrogen/deuterium exchange and molecular dynamics simulations. In the absence of R6G, simulations show a fast postrelease occlusion of the cavity driven by hydrophobicity, while when present, R6G can move within the cavity, maintaining it open. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bg4.cif.gz | 208 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bg4.ent.gz | 165.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bg4_validation.pdf.gz | 993.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bg4_full_validation.pdf.gz | 1017.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bg4_validation.xml.gz | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bg4_validation.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/7bg4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65747.141 Da / 分子数: 2 / 変異: E504A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrA, yvcC, BSU34820 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 参照: UniProt: O06967, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Multidrug resistance transporter from Bacillus subtilis bound with ATP, Mg, and Rhodamine 6G. タイプ: COMPLEX / 詳細: mutant E504A / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43, delta-AcrB / プラスミド: pET15b |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3477 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 486404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128372 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 187 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |