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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b6x | ||||||
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タイトル | TRAPPCore from the MiniTRAPPIII complex | ||||||
要素 |
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キーワード | EXOCYTOSIS / GEFs / Golgi / Rab1 / TRAPPIII complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / Golgi vesicle transport / cis-Golgi network membrane / Neutrophil degranulation ...COPII-mediated vesicle transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPI protein complex / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / dsRNA transport / Golgi vesicle transport / cis-Golgi network membrane / Neutrophil degranulation / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network / spermatogenesis / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Galindo, A. / Munro, S. / Planelles-Herrero, V.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of metazoan TRAPPIII, the multi-subunit complex that activates the GTPase Rab1. 著者: Antonio Galindo / Vicente J Planelles-Herrero / Gianluca Degliesposti / Sean Munro / 要旨: The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a ...The TRAPP complexes are nucleotide exchange factors that play essential roles in membrane traffic and autophagy. TRAPPII activates Rab11, and TRAPPIII activates Rab1, with the two complexes sharing a core of small subunits that affect nucleotide exchange but being distinguished by specific large subunits that are essential for activity in vivo. Crystal structures of core subunits have revealed the mechanism of Rab activation, but how the core and the large subunits assemble to form the complexes is unknown. We report a cryo-EM structure of the entire Drosophila TRAPPIII complex. The TRAPPIII-specific subunits TRAPPC8 and TRAPPC11 hold the catalytic core like a pair of tongs, with TRAPPC12 and TRAPPC13 positioned at the joint between them. TRAPPC2 and TRAPPC2L link the core to the two large arms, with the interfaces containing residues affected by disease-causing mutations. The TRAPPC8 arm is positioned such that it would contact Rab1 that is bound to the core, indicating how the arm could determine the specificity of the complex. A lower resolution structure of TRAPPII shows a similar architecture and suggests that the TRAPP complexes evolved from a single ur-TRAPP. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b6x.cif.gz | 239.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b6x.ent.gz | 192.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b6x_validation.pdf.gz | 1009.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b6x_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b6x_validation.xml.gz | 57.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b6x_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Trafficking protein particle complex ... , 4種, 5分子 AGCDF
#1: タンパク質 | 分子量: 20492.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Bet3, BET3, Bet3p, dBet3, Dmel\CG3911, TRAPPC3, CG3911, Dmel_CG3911 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9VSY8 #3: タンパク質 | | 分子量: 16990.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Bet5, BET5, Bet5p, CG1359-RA, Dmel\CG1359, TRAPPC1, CG1359, Dmel_CG1359 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9VA95 #4: タンパク質 | | 分子量: 24736.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Trs23, CG9298-RA, Dmel\CG9298, TRAPPC4, TRS23, Trs23p, CG9298, Dmel_CG9298 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9VLI9 #6: タンパク質 | | 分子量: 22371.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Trs31, Dmel\CG10153, TRAPPC5, Trs31p, CG10153, Dmel_CG10153 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q7K2Q8 |
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-タンパク質 , 3種, 3分子 BEH
#2: タンパク質 | 分子量: 17597.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Trs33, BcDNA:RH37427, Dmel\CG6196, dTrs33, TRAPPC6, Trs33p, CG6196, Dmel_CG6196 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9VF82 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 16669.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Trs20, l(3)72Dh, CG5161 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9VUZ1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 15511.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dmel\CG9067, Tca17, TRAPPC2L, CG9067, Dmel_CG9067 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: A1Z8I0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRAPP Core complex from the Mini TRAPPIII complex. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 45.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3443 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1242082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 486758 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL |