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- PDB-7b5r: Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5r
タイトルUbiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27
要素
  • (Cyclin-dependent kinase ...) x 2
  • (S-phase kinase-associated protein ...) x 2
  • Cullin-1
  • Cyclin-A2
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
キーワードLIGASE / ubiquitin / ubiquitin ligase / E3 ligase / F-box protein / RBR ligase / Cullin-RING-Ligase / CRL / SCF / NEDD8 / Post-translational modification / ubiquitylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding ...cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to cell-matrix adhesion / : / cyclin A2-CDK1 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of cell cycle G1/S phase transition / PcG protein complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cullin-RING ubiquitin ligase complex / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / maintenance of protein location in nucleus / ubiquitin ligase activator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RHO GTPases activate CIT / male pronucleus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear export / female pronucleus / negative regulation of mitotic cell cycle / cellular response to cocaine / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / response to glucagon / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to antibiotic / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / cellular response to lithium ion / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ubiquitin ligase complex scaffold activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / Prolactin receptor signaling / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / PTK6 Regulates Cell Cycle / protein kinase inhibitor activity / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / inner ear development / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / microtubule organizing center / regulation of DNA replication / telomere maintenance in response to DNA damage / cullin family protein binding / centrosome duplication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / protein K63-linked ubiquitination / animal organ regeneration / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of the pre-replicative complex / protein monoubiquitination / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Cajal body / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Activation of ATR in response to replication stress / protein K48-linked ubiquitination / Cyclin E associated events during G1/S transition / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / F-box domain / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Horn-Ghetko, D. / Prabu, J.R. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8Activate ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF-RBR E3-E3 super-assembly.
著者: Daniel Horn-Ghetko / David T Krist / J Rajan Prabu / Kheewoong Baek / Monique P C Mulder / Maren Klügel / Daniel C Scott / Huib Ovaa / Gary Kleiger / Brenda A Schulman /
要旨: E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather ...E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather than functioning individually, many neddylated cullin-RING E3 ligases (CRLs) and RBR-type E3 ligases in the ARIH family-which together account for nearly half of all ubiquitin ligases in humans-form E3-E3 super-assemblies. Here, by studying CRLs in the SKP1-CUL1-F-box (SCF) family, we show how neddylated SCF ligases and ARIH1 (an RBR-type E3 ligase) co-evolved to ubiquitylate diverse substrates presented on various F-box proteins. We developed activity-based chemical probes that enabled cryo-electron microscopy visualization of steps in E3-E3 ubiquitylation, initiating with ubiquitin linked to the E2 enzyme UBE2L3, then transferred to the catalytic cysteine of ARIH1, and culminating in ubiquitin linkage to a substrate bound to the SCF E3 ligase. The E3-E3 mechanism places the ubiquitin-linked active site of ARIH1 adjacent to substrates bound to F-box proteins (for example, substrates with folded structures or limited length) that are incompatible with previously described conventional RING E3-only mechanisms. The versatile E3-E3 super-assembly may therefore underlie widespread ubiquitylation.
履歴
登録2020年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年2月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
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改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12048
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cullin-1
T: S-phase kinase-associated protein 2
K: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
S: S-phase kinase-associated protein 1
L: Cyclin-dependent kinase 2
Y: Cyclin-A2
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,8327
ポリマ－270,8327
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16260 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area65820 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 CKY

#1: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 89800.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13616
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / CKS-1


分子量: 9679.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS1B, CKS1, PNAS-143, PNAS-16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61024
#6: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 48609.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248

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S-phase kinase-associated protein ... , 2種, 2分子 TS

#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 2 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p45 / F-box protein Skp2 / F-box/LRR-repeat protein 1 / p45skp2


分子量: 47817.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP2, FBXL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13309
#4: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

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Cyclin-dependent kinase ... , 2種, 2分子 LP

#5: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34056.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#7: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 22188.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN1B, KIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46527

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.30 MDa
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213213 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00511857
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72316056
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6041549
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451807
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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