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- PDB-7ase: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7ase
タイトル43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the kDDX60 helicase
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 6
  • (Putative 40S ribosomal protein ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S
  • 60S ribosomal protein L40
  • CSN8_PSD8_EIF3K domain-containing protein
  • Elongation initiation factor 2 alpha subunit, putative
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • JAB_MPN domain-containing protein
  • Protein translation factor SUI1 homolog, putative
  • Putative eukaryotic translation initiation factor 1A
  • RNA-binding protein, putative
  • Translation initiation factor, putative
  • eIF3A
  • eIF3H
  • eL41
  • initiator tRNA-Met
  • kDDX60
キーワードTRANSLATION / preinitiation / factors / kinetoplastid / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / metallopeptidase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nucleic acid binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent RNA helicase DDX60, PIN-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain ...: / ATP-dependent RNA helicase DDX60, PIN-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / W2 domain / W2 domain profile. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / : / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / S1 domain profile. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S33 / Putative 40S ribosomal protein S21 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Putative 40S ribosomal protein S9 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S33 / Putative 40S ribosomal protein S21 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Putative 40S ribosomal protein S9 / Putative eukaryotic translation initiation factor 1A / 60S ribosomal protein L41 / 40S ribosomal protein S4 / protein-synthesizing GTPase / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S11, putative / Eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF-3) interacting protein, putative / Ribosomal protein S20, putative / 40S ribosomal protein S14, putative / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S13, putative / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7-like protein, putative / CSN8/PSMD8/EIF3K domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / Translation initiation factor, putative / 40S ribosomal protein S2, putative / Ribosomal protein S19, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit a / Protein translation factor SUI1 homolog, putative / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S27, putative / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain-containing protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit h / 40S ribosomal protein S6 / Activated protein kinase C receptor, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S24 / RNA-binding protein, putative / Small ribosomal subunit protein eS1B / Eukaryotic translation initiation factor 5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8, putative / ATP-dependent DEAD/H RNA helicase / Elongation initiation factor 2 alpha subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Bochler, A. / Brito Querido, J. / Prilepskaja, T. / Soufari, H. / Del Cistia, M.L. / Kuhn, L. / Rimoldi Ribeiro, A. / Valasek, L.S. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, チェコ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2017-STG#759120TransTryp フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR10LABX0036NETRNA フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR 14 ACHN0024 CryoEM80S フランス
Czech Science FoundationGrant of Excellence in Basic Research (EXPRO2019) チェコ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Differences in Translation Initiation between Pathogenic Trypanosomatids and Their Mammalian Hosts.
著者: Anthony Bochler / Jailson Brito Querido / Terezie Prilepskaja / Heddy Soufari / Angelita Simonetti / Mayara Lucia Del Cistia / Lauriane Kuhn / Aline Rimoldi Ribeiro / Leoš Shivaya Valášek / Yaser Hashem /
要旨: Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation ...Canonical mRNA translation in eukaryotes begins with the formation of the 43S pre-initiation complex (PIC). Its assembly requires binding of initiator Met-tRNA and several eukaryotic initiation factors (eIFs) to the small ribosomal subunit (40S). Compared to their mammalian hosts, trypanosomatids present significant structural differences in their 40S, suggesting substantial variability in translation initiation. Here, we determine the structure of the 43S PIC from Trypanosoma cruzi, the parasite causing Chagas disease. Our structure shows numerous specific features, such as the variant eIF3 structure and its unique interactions with the large rRNA expansion segments (ESs) 9, 7, and 6, and the association of a kinetoplastid-specific DDX60-like helicase. It also reveals the 40S-binding site of the eIF5 C-terminal domain and structures of key terminal tails of several conserved eIFs underlying their activities within the PIC. Our results are corroborated by glutathione S-transferase (GST) pull-down assays in both human and T. cruzi and mass spectrometry data.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-11893
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
f: kDDX60
1: initiator tRNA-Met
0: 18S
y: 40S ribosomal protein S24
s: Elongation initiation factor 2 alpha subunit, putative
j: 60S ribosomal protein L40
n: Translation initiation factor, putative
p: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
r: 40S ribosomal protein S16, putative
u: 40S ribosomal protein S18, putative
m: 40S ribosomal protein S23, putative
Z: 40S ribosomal protein S8
o: 40S ribosomal protein S5, putative
q: 40S ribosomal protein S7
R: 40S ribosomal protein S13, putative
S: 40S ribosomal protein S27, putative
t: 40S ribosomal protein S26
U: 40S ribosomal protein S33
v: 40S ribosomal protein S14, putative
X: 40S ribosomal protein S11, putative
B: Putative 40S ribosomal protein S9
F: 40S ribosomal protein SA
d: 40S ribosomal protein S2, putative
g: Putative 40S ribosomal protein S21
a: 40S ribosomal protein S25
J: RNA-binding protein, putative
h: 40S ribosomal protein S12
5: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit, putative
P: 40S ribosomal protein S6
i: 40S ribosomal protein S17, putative
L: Ribosomal protein S20, putative
M: 40S ribosomal protein S3, putative
N: 40S ribosomal protein S10, putative
O: Ribosomal protein S19, putative
b: 40S ribosomal protein S15a, putative
c: 40S ribosomal protein S30
V: Protein translation factor SUI1 homolog, putative
w: Putative eukaryotic translation initiation factor 1A
E: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
Y: Eukaryotic translation initiation factor 5, putative
Q: Ribosomal protein S29, putative
D: eL41
G: JAB_MPN domain-containing protein
K: CSN8_PSD8_EIF3K domain-containing protein
T: 40S ribosomal protein S15, putative
C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8, putative
8: eIF3A
W: 40S ribosomal protein S3a-2
I: Eukaryotic translation initiation factor 3 (EIF-3) interacting protein, putative
H: eIF3H
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7-like protein, putative
l: 40S ribosomal protein S4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,328,33455
ポリマ－2,327,72252
非ポリマー6123
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area306030 Å2
ΔGint-2013 kcal/mol
Surface area777730 Å2
手法PISA

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要素

-
タンパク質 , 12種, 12分子 fsjnpJVwGK8H

#1: タンパク質 kDDX60


分子量: 246749.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E5Z1
#5: タンパク質 Elongation initiation factor 2 alpha subunit, putative


分子量: 47700.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E620
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 16624.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2V2VP49
#7: タンパク質 Translation initiation factor, putative


分子量: 38227.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DH88
#8: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein


分子量: 35070.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTN2
#26: タンパク質 RNA-binding protein, putative


分子量: 27676.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DY32
#37: タンパク質 Protein translation factor SUI1 homolog, putative / Translation factor SUI1 / putative


分子量: 12577.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DM75
#38: タンパク質 Putative eukaryotic translation initiation factor 1A


分子量: 18418.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2V2WGW5
#43: タンパク質 JAB_MPN domain-containing protein


分子量: 38589.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DQZ2
#44: タンパク質 CSN8_PSD8_EIF3K domain-containing protein


分子量: 22458.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DDK1
#47: タンパク質 eIF3A


分子量: 87439.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DL69
#50: タンパク質 eIF3H


分子量: 38408.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DSJ1

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RNA鎖 , 2種, 2分子 10

#2: RNA鎖 initiator tRNA-Met


分子量: 24255.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
#3: RNA鎖 18S


分子量: 746696.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: 320364483

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 yrumZoqRStUvXFdahPiMNbcTWl

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15706.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DW38
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 16841.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DEK4
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative


分子量: 17585.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E093
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 15960.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTQ1
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25246.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DU83
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative


分子量: 21292.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E0Q3
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 24896.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CUC7
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative


分子量: 17295.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DC38
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S27, putative / Ribosomal protein S27 / putative


分子量: 9581.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DN73
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12793.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CYE4
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S33


分子量: 10023.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A061J677
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S14, putative


分子量: 15596.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D6I5
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 20018.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D0U7
#22: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 27913.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CQU0
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S2, putative


分子量: 28574.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DIZ9
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12379.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTX6
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15792.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CSL1
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28344.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DSU0
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 16255.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DK39
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S3, putative


分子量: 24188.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DMK9
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 18284.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E088
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative


分子量: 16255.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CXX2
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7445.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DA48
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative


分子量: 17554.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DGZ5
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S3a-2


分子量: 29134.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZ41
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30936.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: O62594

-
Putative 40S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 Bg

#21: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S9


分子量: 22180.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2V2WBN2
#24: タンパク質 Putative 40S ribosomal protein S21


分子量: 27634.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2V2UKQ3

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 6種, 6分子 5EYCIA

#28: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit, putative


分子量: 52642.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CPV7
#39: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6


分子量: 46320.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D7F2
#40: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5, putative


分子量: 42887.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZB0
#46: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8, putative


分子量: 82331.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E3G1
#49: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 (EIF-3) interacting protein, putative


分子量: 56331.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D5W3
#51: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7-like protein, putative


分子量: 57492.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DCN0

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Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 LOQ

#31: タンパク質 Ribosomal protein S20, putative


分子量: 13248.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D6H7
#34: タンパク質 Ribosomal protein S19, putative


分子量: 18861.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DJY1
#41: タンパク質 Ribosomal protein S29, putative


分子量: 6651.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CXR4

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#42: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 4348.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: G0U1J3

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非ポリマー , 3種, 3分子

#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 43S preinitiation complex from Trypanosoma cruzi with the helicase kDDX60
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33775 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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