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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7adj | ||||||
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タイトル | Structure of the mycoplasma MIB protein | ||||||
要素 | Putative immunoglobulin-blocking virulence protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Antibody binding protein / protease / protein complex. | ||||||
機能・相同性 | Mycoplasma virulence, signal domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein / Mycoplasma virulence signal region (Myco_arth_vir_N) / IgG-blocking virulence domain / Putative immunoglobulin-blocking virulence protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycoplasma mycoides subsp. capri (牛肺疫菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nottelet, P. / Bataille, L. / Gourgues, G. / Anger, R. / Lartigue, C. / Sirand-Pugnet, P. / Marza, E. / Fronzes, R. / Arfi, Y. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: The mycoplasma surface proteins MIB and MIP promote the dissociation of the antibody-antigen interaction. 著者: Pierre Nottelet / Laure Bataille / Geraldine Gourgues / Robin Anger / Carole Lartigue / Pascal Sirand-Pugnet / Esther Marza / Remi Fronzes / Yonathan Arfi / 要旨: Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and ...Mycoplasma immunoglobulin binding (MIB) and mycoplasma immunoglobulin protease (MIP) are surface proteins found in the majority of mycoplasma species, acting sequentially to capture antibodies and cleave off their V domains. Cryo-electron microscopy structures show how MIB and MIP bind to a Fab fragment in a "hug of death" mechanism. As a result, the orientation of the V and V domains is twisted out of alignment, disrupting the antigen binding site. We also show that MIB-MIP has the ability to promote the dissociation of the antibody-antigen complex. This system is functional in cells and protects mycoplasmas from antibody-mediated agglutination. These results highlight the key role of the MIB-MIP system in immunity evasion by mycoplasmas through an unprecedented mechanism, and open exciting perspectives to use these proteins as potential tools in the antibody field. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7adj.cif.gz | 215.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7adj.ent.gz | 171.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7adj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7adj_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7adj_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7adj_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7adj_validation.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7adj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7adj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82922.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycoplasma mycoides subsp. capri (牛肺疫菌) 遺伝子: MMC68F_00609 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A446C0S7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycoplasma MIB-MIP proteins in complex with a goat Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycoplasma mycoides subsp. capri str. GM12 (牛肺疫菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Rosetta |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3546: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 255911 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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