PDB-7zp2: Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zp2

タイトル

Crystal Structure of truncated aspartate transcarbamoylase from Plasmodium falciparum in complex with BDA-04

要素

Aspartate carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aspartate transcarbamoylase / Plasmodium falciparum / fragment-based screening / inhibitor / malaria

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.292 Å

データ登録者

Wang, C. / Zhang, B. / Groves, M.R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Small-Molecule Allosteric Inhibitors of Pf ATC as Antimalarials.
著者: Wang, C. / Zhang, B. / Kruger, A. / Du, X. / Visser, L. / Domling, A.S.S. / Wrenger, C. / Groves, M.R.

履歴

登録	2022年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zp2.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zp2.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7zp2_validation.pdf.gz	855.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zp2_full_validation.pdf.gz	911.1 KB	表示
XML形式データ	7zp2_validation.xml.gz	75.9 KB	表示
CIF形式データ	7zp2_validation.cif.gz	102.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zp2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zczC 7zeaC 7zgsC 7zhiC 7zidC 7zstC 5ilqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase

E: Aspartate carbamoyltransferase

F: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

243 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase

C: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Aspartate carbamoyltransferase

E: Aspartate carbamoyltransferase

F: Aspartate carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.065, 87.360, 104.636
Angle α, β, γ (deg.)	89.981, 90.036, 117.724
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
2	1	1	TYR	TYR	B	B	39 - 383	3 - 347
3	2	2	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
4	2	2	TYR	TYR	C	C	39 - 383	3 - 347
5	3	3	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
6	3	3	TYR	TYR	D	D	39 - 383	3 - 347
7	4	4	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
8	4	4	TYR	TYR	E	E	39 - 383	3 - 347
9	5	5	TYR	TYR	A	A	39 - 383	3 - 347
10	5	5	TYR	TYR	F	F	39 - 383	3 - 347
11	6	6	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
12	6	6	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347
13	7	7	TYR	TYR	B	B	39 - 383	3 - 347
14	7	7	TYR	TYR	D	D	39 - 383	3 - 347
15	8	8	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
16	8	8	PHE	PHE	E	E	38 - 383	2 - 347
17	9	9	PHE	PHE	B	B	38 - 383	2 - 347
18	9	9	PHE	PHE	F	F	38 - 383	2 - 347
19	10	10	TYR	TYR	C	C	39 - 383	3 - 347
20	10	10	TYR	TYR	D	D	39 - 383	3 - 347
21	11	11	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347
22	11	11	PHE	PHE	E	E	38 - 383	2 - 347
23	12	12	PHE	PHE	C	C	38 - 383	2 - 347
24	12	12	PHE	PHE	F	F	38 - 383	2 - 347
25	13	13	TYR	TYR	D	D	39 - 383	3 - 347
26	13	13	TYR	TYR	E	E	39 - 383	3 - 347
27	14	14	TYR	TYR	D	D	39 - 383	3 - 347
28	14	14	TYR	TYR	F	F	39 - 383	3 - 347
29	15	15	PHE	PHE	E	E	38 - 383	2 - 347
30	15	15	PHE	PHE	F	F	38 - 383	2 - 347

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase 分子量: 40350.762 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1344800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1K910, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EJG / tert-butyl N-[5-phenyl-3-(2-phenylethylcarbamoyl)thiophen-2-yl]carbamate / (2S)-2-[[(2S)-4-methyl-2-(phenylmethoxycarbonylamino)pentanoyl]amino]-1-oxidanyl-hexane-1-sulfonic acid 分子量: 422.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM NaCl, 15%(w/v)PEG3350, 100mM bis-tris propane, 2%(v/v)DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.3999
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.3668
pseudo-merohedral	3	3	K, H, -L	3	0.0808
pseudo-merohedral	4	4	-K, -H, -L	4	0.1525

反射

解像度: 2.292→62.192 Å / Num. obs: 117783 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.303 / Num. unique obs: 5756 / CC_1/2: 0.931 / R_pim(I) all: 0.303 / R_rim(I) all: 0.429

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ILQ

5ilq

解像度: 2.292→62.192 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 8.177 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.9736 / Average fsc work: 0.9819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	6216	5.282 %
R_work	0.1636	111456	-
all	0.165	-	-
obs	-	117672	95.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.212 Å²	-1.142 Å²	-3.002 Å²
2-	-	-3.233 Å²	2.366 Å²
3-	-	-	0.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.292→62.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16344	0	52	195	16591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	16704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	15954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.037	1.641	22566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.392	1.586	36836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.087	5	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.162	23.96	851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.767	15	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.94	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	18627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	15798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	8223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.256	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.334	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.825	4.179	8052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.825	4.179	8051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.232	6.26	10044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.232	6.26	10045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.713	4.339	8652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.659	4.337	8637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.04	6.43	12522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.007	6.427	12499
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.021	48.71	18500
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.017	48.695	18478
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	10654
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.096	0.05	10725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.098	0.05	10807
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.098	0.05	10691
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.099	0.05	10741
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.103	0.05	10884
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.104	0.05	10672
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.093	0.05	11575
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.103	0.05	10868
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.1	0.05	10737
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.103	0.05	10852
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.086	0.05	11065
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.098	0.05	10698
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.095	0.05	10787
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.097	0.05	10889

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09913	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09913	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09648	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09648	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09751	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09751	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09783	0.05009
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09783	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09918	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09918	0.05009
6	11	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10295	0.05008
6	12	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10295	0.05008
7	13	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1035	0.05009
7	14	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1035	0.05009
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09328	0.05009
8	16	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09328	0.05009
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10334	0.05008
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10334	0.05008
10	19	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10014	0.05009
10	20	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10014	0.05009
11	21	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10345	0.05008
11	22	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10345	0.05008
12	23	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08567	0.05009
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08567	0.05009
13	25	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09816	0.05009
13	26	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09816	0.05009
14	27	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09507	0.05009
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09507	0.05009
15	29	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09748	0.05009
15	30	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09748	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.292-2.351	0.269	360	0.238	7097	X-RAY DIFFRACTION	81.9001
2.351-2.416	0.265	382	0.222	8156	X-RAY DIFFRACTION	96.704
2.416-2.486	0.274	430	0.221	7829	X-RAY DIFFRACTION	95.8009
2.486-2.562	0.23	453	0.212	7577	X-RAY DIFFRACTION	96.2138
2.562-2.646	0.274	408	0.203	7275	X-RAY DIFFRACTION	95.3936
2.646-2.739	0.227	461	0.204	7104	X-RAY DIFFRACTION	96.3817
2.739-2.842	0.247	366	0.192	6897	X-RAY DIFFRACTION	96.9046
2.842-2.958	0.225	401	0.191	6698	X-RAY DIFFRACTION	97.2466
2.958-3.09	0.21	413	0.188	6349	X-RAY DIFFRACTION	97.0994
3.09-3.24	0.207	305	0.19	6211	X-RAY DIFFRACTION	97.5595
3.24-3.415	0.214	378	0.179	5681	X-RAY DIFFRACTION	96.4809
3.415-3.622	0.172	315	0.166	5602	X-RAY DIFFRACTION	98.3217
3.622-3.872	0.176	313	0.154	5226	X-RAY DIFFRACTION	98.2092
3.872-4.182	0.156	329	0.138	4827	X-RAY DIFFRACTION	98.0415
4.182-4.58	0.146	195	0.115	4516	X-RAY DIFFRACTION	98.0845
4.58-5.12	0.157	163	0.12	4117	X-RAY DIFFRACTION	98.4814
5.12-5.909	0.187	266	0.171	3508	X-RAY DIFFRACTION	98.5893
5.909-7.232	0.181	130	0.161	3093	X-RAY DIFFRACTION	98.1126
7.232-10.203	0.131	90	0.128	2363	X-RAY DIFFRACTION	98.3561

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5876	-0.0531	0.5649	1.1184	-0.0423	0.7525	-0.0425	-0.133	-0.0883	0.1124	-0.0019	-0.1244	-0.0318	-0.0032	0.0444	0.0613	0.0255	-0.0329	0.0545	0.0436	0.0934	51.058	13.0652	-0.4339
2	1.1404	-0.4551	-0.0716	1.918	0.8688	1.0307	-0.0089	-0.0907	-0.0297	0.1439	-0.0115	0.0683	-0.0624	-0.0844	0.0204	0.0857	0.0202	-0.0005	0.0846	0.034	0.0207	21.586	45.2267	4.0193
3	0.8538	0.676	-0.1899	2.1366	-0.1059	0.6428	-0.0027	0.0195	-0.2072	0.0856	-0.0522	0.1081	0.1324	-0.2371	0.0548	0.0491	-0.0153	0.0052	0.2045	-0.0022	0.1718	9.0642	5.902	-9.6381
4	2.4558	-0.2757	-0.7938	1.1041	0.2017	0.9416	-0.018	-0.1124	0.1082	0.1496	-0.0274	0.1576	0.0286	-0.0189	0.0455	0.0858	-0.0009	-0.0339	0.0718	0.0319	0.1314	-4.2205	63.3477	-52.7972
5	1.4227	-0.3401	-0.0508	1.6132	-0.6916	0.935	-0.002	-0.109	0.038	0.14	0.0109	-0.0236	0.0528	0.067	-0.0089	0.1197	0.0206	-0.0468	0.0702	0.0148	0.0339	25.2857	31.0873	-48.2298
6	0.9783	0.7108	0.1261	2.4155	-0.0134	0.7452	0.0248	-0.044	0.1959	0.0353	-0.0119	-0.1224	-0.1146	0.2371	-0.0129	0.0567	-0.0265	-0.0288	0.2038	0.0404	0.1857	37.979	70.4252	-62.1787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	39 - 383
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	38 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	38 - 383
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	39 - 383
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	38 - 383
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	38 - 383

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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