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- PDB-7s19: Crystal structure of cruzain with gallinamide analog from 2-indol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s19
タイトルCrystal structure of cruzain with gallinamide analog from 2-indolyl series
要素Cruzipain
キーワードHYDROLASE / Cycteine Protease / Cruzain / Gallinamide
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-83K / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Sharma, V. / Podust, L.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI127505 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Intramolecular Interactions Enhance the Potency of Gallinamide A Analogues against Trypanosoma cruzi .
著者: Barbosa Da Silva, E. / Sharma, V. / Hernandez-Alvarez, L. / Tang, A.H. / Stoye, A. / O'Donoghue, A.J. / Gerwick, W.H. / Payne, R.J. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5002
ポリマ－22,7151
非ポリマー7851
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.930, 95.930, 68.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cruzipain / Cruzaine / Major cysteine proteinase


分子量: 22715.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物 ChemComp-83K / N,N-dimethyl-L-valyl-L-leucyl-N-[(3S)-6-{(2S)-2-[(1H-indol-3-yl)methyl]-3-methoxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}-6-oxo-1-phenylhexan-3-yl]-L-leucinamide


分子量: 785.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H64N6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: BIRD: PRD_002487
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 % / 解説: Transparent Rosettes of needle shaped crystals.
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 800mM Potassium Phosphate, pH 8.0; 100mM Calcium Chloride; Betaine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→83.08 Å / Num. obs: 22026 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 19.676 % / Biso Wilson estimate: 42.284 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.42 / Rrim(I) all: 0.431 / Χ2: 0.715 / Net I/σ(I): 8.37 / Num. measured all: 433389 / Scaling rejects: 350
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.08-2.1416.5945.5580.5423364163114080.1585.72186.3
2.14-2.220.3214.2610.8731904157015700.3484.369100
2.2-2.2619.9632.8861.1530304153115180.6722.96199.2
2.26-2.3319.194.5120.9229227152615230.4944.63499.8
2.33-2.419.8472.4761.728818145214520.5962.541100
2.4-2.4920.7891.9742.2928731138213820.6822.023100
2.49-2.5820.521.6842.7328133137213710.7881.72799.9
2.58-2.6920.1591.4753.226348130713070.8291.513100
2.69-2.8119.2671.1084.3524277126012600.911.138100
2.81-2.9519.6890.816.223903121412140.9490.832100
2.95-3.120.7230.5928.523707114411440.9790.606100
3.1-3.2920.5220.42511.1722615110211020.9890.436100
3.29-3.5220.0550.28615.1420175100610060.9940.293100
3.52-3.818.7750.24317.45181559679670.9950.25100
3.8-4.1620.5850.16722.42181978848840.9970.171100
4.16-4.6620.1620.1226.65162918088080.9980.123100
4.66-5.3818.5750.12124.73134307237230.9980.125100
5.38-6.5919.520.12425.04118686086080.9980.127100
6.59-9.3118.7320.08829.6891604894890.9990.09100
9.31-83.0816.490.0732.8947822942900.9990.07298.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kku

3kku


解像度: 2.08→83.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.138 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 1056 4.9 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2025 20511 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.02 Å2 / Biso mean: 39.271 Å2 / Biso min: 23.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→83.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 57 79 1728
Biso mean--46.45 39.75 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1731.9532324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08533485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.87125.73568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24615231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.09153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02386
LS精密化 シェル解像度: 2.083→2.137 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 83 -
Rwork0.377 1325 -
all-1408 -
obs--86.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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