PDB-7qty: X-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qty

タイトル

X-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae

要素

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

キーワード

FLAVOPROTEIN / NADH oxidizing

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

Model details

in complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea

データ登録者

Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source.
著者: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E.

履歴

登録	2022年1月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7qty.ent.gz	107.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qty_validation.pdf.gz	803.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qty_full_validation.pdf.gz	805.5 KB	表示
XML形式データ	7qty_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	7qty_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/7qty	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qu0C 7qu3C 7qu5C 4uajS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o26-d 6a0e-1 1ep9-d 2gcd-1 3tw3-d 4mrt-d 3qoy-d 1u5q-1 1u5q-2 6a0f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (3)
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複合体I (Complex I)
類似性 (4)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (5)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (3)
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酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (3)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.545, 98.545, 89.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw

#1: タンパク質	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-NQR subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F 分子量: 32094.436 Da / 分子数: 1 / 断片: FAD binding domain / 変異: fragment residues 129-407 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal residues Gly and Pro originate from expression tag 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: nqrF, KPN78578_02360, KPN_00244 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A6T526, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-F0R / 1-(furan-2-ylmethyl)-3-(2-methylphenyl)thiourea 分子量: 246.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂OS
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 1.75 M tri-ammonium citrat, 0.1 M LiSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→49.27 Å / Num. obs: 50089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 30.03 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.841 / Net I/σ(I): 21.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.69-1.8	20	1.8	2.43	8462	0.801	2.182	100
1.8-1.9	26.942	1.282	4.57	6083	0.926	1.307	100
1.9-2	25.181	0.772	7.39	4946	0.972	0.788	100
2-3	26.579	0.191	21.53	21113	0.998	0.195	100
3-4	27.206	0.064	54.85	5254	0.998	0.065	100
4-6	24.241	0.049	62.51	2777	0.999	0.05	100
6-10	26.099	0.041	65.44	963	1	0.042	100
10-49.27	21.893	0.033	64.34	298	1	0.033	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 4UAJ

4uaj

解像度: 1.69→49.27 Å / SU ML: 0.2457 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	2501	4.99 %
R_work	0.1749	47584	-
obs	0.1761	50085	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→49.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2252	0	74	311	2637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	2427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8987	3309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0618	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8102	331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.72	0.41	133	0.3893	2529	X-RAY DIFFRACTION	97.26
1.72-1.75	0.3546	137	0.3075	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2713	137	0.2662	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2604	137	0.2258	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.2122	137	0.1948	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.2151	138	0.1823	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.93-1.99	0.224	137	0.1838	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.99-2.05	0.2173	138	0.1946	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.13	0.2442	136	0.2102	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.21	0.1945	139	0.1613	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.31	0.1954	138	0.175	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.43	0.2175	140	0.181	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.59	0.246	139	0.1839	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.79	0.2368	140	0.193	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.07	0.2154	140	0.1798	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.51	0.1884	143	0.1651	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.42	0.1527	143	0.1367	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-49.27	0.1734	149	0.1656	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.23212897985	0.71794217295	-0.326730808078	2.14318074167	0.133120737018	2.37731470962	-0.103948389519	0.0284128061102	-0.132484611961	0.0250565753115	0.0276522426338	0.292296327945	-0.0216104871889	-0.595834245818	0.0600760842083	0.214753908598	-0.0301960662629	0.00615150296498	0.332915312627	0.0197629223357	0.244367905956	-19.9037694295	28.0755935933	13.973336416
2	0.758162050806	-0.199927141292	-0.355044428375	0.603110468245	-0.118345562867	2.13979418501	0.0939031163805	-0.0626337365453	-0.316966803274	0.0925683602543	0.0290471480892	0.00657240476414	0.287168810965	-0.309647523931	-0.142595372347	0.235942745952	-0.0447196609024	-0.00552030821072	0.236785138935	0.0338395240801	0.249118544935	-14.138656654	24.0737670516	12.7871929586
3	1.47173266794	0.364597911965	-0.153456124038	1.41816000223	1.21841180393	1.68262166349	0.0376760774828	-0.210668182094	0.103598945008	-0.0684951101642	-0.0984566685515	0.157072893346	-0.18191937207	-0.382019461373	0.0638149723799	0.213236229552	0.0182269375722	-0.00821068486457	0.210397250102	0.0140191914	0.198542597393	-13.1810383764	38.6907299411	16.0751023879
4	3.48783762591	1.11120174087	0.481044329614	3.03956966095	1.47807589346	3.01471157068	-0.0875775658255	0.0409949402429	0.342200966131	-0.0641760576177	0.0217958452265	-0.235080303004	-0.234478394656	0.195302765798	0.0192626656778	0.264192078876	-0.00745459703966	0.0238376480651	0.226495586768	0.032053117181	0.193492204642	-2.56898470773	42.9686940256	18.9899403293
5	2.03450483961	0.342555262871	0.0179950814693	2.61953792831	-0.269350313803	2.99693256893	-0.0688852018855	0.068547934371	-0.301666789162	-0.21063700153	0.0253302481553	0.0452788121107	0.198151126213	-0.211564399014	-0.00756749500653	0.240685456115	-0.0248675594412	-0.0172865094763	0.250755239731	0.00257249228727	0.263554572197	-14.1675548028	24.2247465856	8.20197703144
6	2.91273555839	0.560940923807	0.765899192055	6.00023729194	-1.21625990489	2.44946258157	0.0319538343817	0.0745802555209	0.176173721287	0.497677647116	-0.25016368672	-0.663663355221	-0.3788266568	0.221493936783	0.211378804703	0.238947074718	-0.0162844009914	-0.00524492164736	0.247518577942	0.00486148424682	0.217489944739	-5.29324405003	40.1558696235	10.3942494268
7	2.25920467701	0.0316971105277	0.235421246949	1.06774660187	0.600328551968	0.924061731786	0.0354486513619	0.233500831743	-0.147602431976	-0.146622647289	-0.000254045732794	0.025024333675	0.107311866501	-0.197404967218	-0.00897794039258	0.223926035582	-0.0347172756069	-0.0118539667435	0.208542763413	0.0321221297152	0.170214585358	-13.093546606	27.9713832577	7.22628109835
8	2.54238310855	-0.00591213913165	-0.727708172731	0.825483812055	0.451930665853	0.882338055912	-0.0131334351493	0.179879201301	-0.655757151149	-0.129996934132	0.0369160183038	-0.0758752307543	0.225360815933	-0.0208009713807	-0.0144493756096	0.287854119772	0.00354842527853	-0.0149627310782	0.256418576709	-0.0583631697903	0.363090880419	-2.24251062205	16.6168915484	2.63689874027
9	2.05015509778	0.664183793455	0.0397011827035	1.59828821016	1.09224634153	1.66068096055	0.0264456288479	-0.0493253051494	-0.392004286996	0.207881849019	0.12714593427	-0.0582799343542	0.326571745936	0.147857319403	-0.177283088244	0.270416024725	0.0420283303481	-0.0191749284245	0.227205714325	-0.0230213676658	0.323661457903	4.61398656151	17.9336254649	10.4446235602
10	1.54799901956	0.946299442428	1.03635774236	0.959358158556	0.907473886871	4.45410287078	-0.000969453193924	0.256166802959	-0.0462694245187	0.0498969518865	0.126803657762	-0.260892303953	0.427177261724	0.764532448469	-0.199382426069	0.242499033761	0.0662164190541	0.00705304810249	0.333545767655	-0.0706927115957	0.284112322775	14.8868176515	25.8568737848	6.3116622556
11	2.19422733738	-0.582424560592	-0.511614764837	1.03522047616	0.134343655478	1.14920501966	0.24122719811	0.622626525952	-0.342246136792	-0.303888304311	-0.208441887305	-0.176342631952	0.213815340102	0.0894261126706	-0.0655850695869	0.365645857777	0.0453609708853	0.0169367546789	0.423530551719	-0.138999735469	0.334951243677	6.04610536832	18.7463417555	-7.68802200815
12	3.14540132487	-0.722706623124	-0.426472789804	3.12449263665	0.354516398289	3.5937464179	0.148486961802	0.795230391716	0.0432901662103	-0.45663043612	-0.15647274285	0.036666243016	0.0437628508161	-0.164247572802	0.0352586490216	0.302910248669	0.0593543949657	0.0137848595822	0.388743405136	0.000972324087117	0.239333633219	2.00077452243	27.6622978141	-8.54719487516

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 127 through 141 )	127 - 141	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 142 through 165 )	142 - 165	16 - 39
3	3	chain 'A' and (resid 166 through 184 )	166 - 184	40 - 58
4	4	chain 'A' and (resid 185 through 206 )	185 - 206	59 - 80
5	5	chain 'A' and (resid 207 through 221 )	207 - 221	81 - 95
6	6	chain 'A' and (resid 222 through 242 )	222 - 242	96 - 116
7	7	chain 'A' and (resid 243 through 274 )	243 - 274	117 - 148
8	8	chain 'A' and (resid 275 through 310 )	275 - 310	149 - 184
9	9	chain 'A' and (resid 311 through 338 )	311 - 338	185 - 212
10	10	chain 'A' and (resid 339 through 361 )	339 - 361	213 - 235
11	11	chain 'A' and (resid 362 through 379 )	362 - 379	236 - 253
12	12	chain 'A' and (resid 380 through 405 )	380 - 405	254 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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