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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qty | ||||||
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Title | X-ray structure of FAD domain of NqrF of Klebsiella pneumoniae | ||||||
![]() | Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / NADH oxidizing | ||||||
Function / homology | ![]() NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | in complex with 3-[(furan-2-yl)methyl]-1-(2-methylphenyl)thiourea | ||||||
![]() | Stegmann, D. / Steuber, J. / Fritz, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Fast fragment- and compound-screening pipeline at the Swiss Light Source. Authors: Kaminski, J.W. / Vera, L. / Stegmann, D.P. / Vering, J. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Huang, C.Y. / Meier, N. / Steuber, J. / Wang, M. / Fritz, G. / Wojdyla, J.A. / Sharpe, M.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 166.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 107.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 803.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 805.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qu0C ![]() 7qu3C ![]() 7qu5C ![]() 4uajS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32094.436 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: FAD binding domain / Mutation: fragment residues 129-407 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues Gly and Pro originate from expression tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A6T526, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Chemical | ChemComp-F0R / |
#4: Chemical | ChemComp-DMS / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 1.75 M tri-ammonium citrat, 0.1 M LiSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→49.27 Å / Num. obs: 50089 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 30.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.841 / Net I/σ(I): 21.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdbid 4UAJ Resolution: 1.69→49.27 Å / SU ML: 0.2457 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.6926 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→49.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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