PDB-7q9s: Crystal structure of PDE6D KRas peptide complex with Compound-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q9s

タイトル

Crystal structure of PDE6D KRas peptide complex with Compound-1

要素

KRas
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

キーワード

PROTEIN BINDING / Complex / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / cilium / small GTPase binding / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Yelland, T. / Ismail, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...

履歴

登録	2021年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q9s.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q9s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q9s_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q9s_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7q9s_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	7q9s_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q9qC 7q9rC 7q9uC 7qf9C 7qjkC 5tb5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7q9s-2 3t5i-3 5yaw-d 5x72-d 6tri-d 5e80-1 4ryo-d 5ml3-d 3t5i-1 4ryq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

CCC: KRas

DDD: KRas

ヘテロ分子

39.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

DDD: KRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SPR and ligand observed NMR
19.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta

CCC: KRas

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.104, 81.123, 118.514
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-377- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BBBAAACCCDDD

#1: タンパク質	Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17 分子量: 17440.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: タンパク質・ペプチド	KRas 分子量: 1528.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#3: 化合物	ChemComp-9TI / 2-methyl-3-(1~{H}-pyrazol-5-yl)imidazo[1,2-a]pyridine 分子量: 198.224 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₀N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-FAR / FARNESYL / (6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエン分子量: 206.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₆
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5 and 20% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40.657 Å / Num. obs: 32070 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / Num. unique obs: 2320 / CC_1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5

解像度: 1.85→40.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.342 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	1575	4.917 %
R_work	0.1993	30459	-
all	0.201	-	-
obs	-	32034	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.262 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.019 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.226 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.207 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	113	223	2825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.379	1.673	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.434	1.599	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.885	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.833	22.105	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.996	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.271	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.006	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.498	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.297	0.2	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.095	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.306	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.388	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.289	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.893	2.434	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.892	2.434	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.825	3.614	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.824	3.614	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.319	3.001	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.318	3.002	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.561	4.237	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.56	4.239	2112
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.79	29.094	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.789	29.107	3082

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.285	116	0.251	2177	0.252	2315	0.877	0.887	99.0497	0.227
1.898-1.95	0.26	99	0.239	2186	0.24	2286	0.872	0.899	99.9563	0.213
1.95-2.006	0.217	99	0.214	2126	0.214	2226	0.917	0.93	99.9551	0.189
2.006-2.068	0.254	101	0.203	2061	0.206	2163	0.918	0.936	99.9538	0.185
2.068-2.136	0.25	109	0.204	1966	0.207	2075	0.908	0.934	100	0.18
2.136-2.21	0.224	117	0.212	1906	0.213	2023	0.934	0.931	100	0.19
2.21-2.294	0.251	94	0.205	1861	0.208	1955	0.916	0.93	100	0.186
2.294-2.387	0.236	90	0.208	1796	0.209	1886	0.925	0.937	100	0.186
2.387-2.493	0.257	95	0.211	1717	0.214	1813	0.908	0.923	99.9448	0.194
2.493-2.614	0.272	71	0.205	1666	0.208	1737	0.906	0.932	100	0.187
2.614-2.755	0.226	71	0.205	1583	0.206	1654	0.938	0.938	100	0.186
2.755-2.921	0.232	80	0.203	1488	0.204	1568	0.931	0.943	100	0.19
2.921-3.121	0.264	61	0.216	1434	0.218	1495	0.92	0.929	100	0.205
3.121-3.37	0.246	70	0.2	1292	0.202	1362	0.932	0.942	100	0.195
3.37-3.689	0.211	76	0.188	1213	0.189	1289	0.946	0.955	100	0.188
3.689-4.12	0.163	60	0.163	1090	0.163	1150	0.972	0.971	100	0.165
4.12-4.749	0.163	50	0.153	983	0.154	1034	0.969	0.97	99.9033	0.157
4.749-5.797	0.231	51	0.181	843	0.184	894	0.952	0.963	100	0.19
5.797-8.116	0.257	38	0.262	669	0.261	707	0.934	0.933	100	0.262
8.116-40.657	0.247	27	0.226	401	0.227	428	0.947	0.952	100	0.229

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.11	0.229	0.1131	0.4792	0.2554	0.615	-0.0092	0.0052	0.0243	-0.0105	0.0109	0.0457	0.0485	0.0327	-0.0016	0.044	-0.0276	-0.007	0.0614	-0.0286	0.0328	-3.7245	-16.4992	3.2144
2	0.2835	0.1508	0.041	0.6483	-0.3101	0.2886	-0.0283	0.0293	-0.0467	0.0229	0.0135	-0.0755	-0.0457	0.0161	0.0148	0.0191	-0.0059	-0.0125	0.0508	0.0079	0.0408	-15.2148	-36.8674	-26.2495
3	1.8602	-1.5799	-1.7721	1.3426	1.5047	1.6883	0.0668	0.11	-0.0784	-0.0805	-0.12	0.0699	-0.0812	-0.1014	0.0533	0.0599	0.0371	-0.0462	0.0667	-0.0039	0.0507	-18.7045	-51.563	-20.7566
4	0.3821	1.0418	2.039	20.3734	-1.575	13.7949	0.0794	0.0627	-0.0715	-0.4223	0.2475	-0.3912	0.7311	0.3222	-0.3269	0.0446	0.0095	-0.0076	0.0594	-0.0526	0.0483	10.2174	-19.0634	9.5069

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	BBB	2 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	1 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	19 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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