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- PDB-7pue: Human serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pue
タイトルHuman serum and glucocorticoid-regulated kinase 1 in complex with pyrazolopyridine inhibitor 3a
要素Serine/threonine-protein kinase Sgk1
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine protein kinase / atp-competitive inhibitor / DFG-loop / hinge-binder / osteoarthritis / cartilage degradation / pyrazolo-pyridine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gastric acid secretion / renal sodium ion absorption / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of transporter activity / regulation of catalytic activity / cellular response to aldosterone / NGF-stimulated transcription / chloride channel regulator activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / sodium ion transport ...regulation of gastric acid secretion / renal sodium ion absorption / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of transporter activity / regulation of catalytic activity / cellular response to aldosterone / NGF-stimulated transcription / chloride channel regulator activity / regulation of DNA-binding transcription factor activity / sodium ion transport / calcium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / long-term memory / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of cell migration / neuron projection morphogenesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of cell growth / Stimuli-sensing channels / regulation of blood pressure / Regulation of TP53 Degradation / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-86H / Serine/threonine-protein kinase Sgk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Dreyer, M.K. / Halland, N. / Nazare, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Rational Design of Highly Potent, Selective, and Bioavailable SGK1 Protein Kinase Inhibitors for the Treatment of Osteoarthritis.
著者: Halland, N. / Schmidt, F. / Weiss, T. / Li, Z. / Czech, J. / Saas, J. / Ding-Pfennigdorff, D. / Dreyer, M.K. / Strubing, C. / Nazare, M.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Sgk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2274
ポリマ－42,5111
非ポリマー7163
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.445, 92.445, 172.033
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Sgk1 / Serum/glucocorticoid-regulated kinase 1


分子量: 42511.488 Da / 分子数: 1 / 変異: R192A, S422D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGK1, SGK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00141, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-86H / 6-[4-[[2,3-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]phenyl]-~{N}-[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]-2~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxamide


分子量: 531.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20Cl2N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution: 25 mM Hepes, 100 mM NaCl,1 mM DTT, 5 mM MgCl2 pH 7.8; 3 mM Amppnp; reservoir solution: 12% PEG3350, 200 mM NaF; soaking in res.sol.+ 10 mM Cpd3a, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→19.73 Å / Num. obs: 10904 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.51→2.77 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.388 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 546 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.541 / % possible all: 69.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: earlier in-house structure

解像度: 2.506→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.634 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.686 / SU Rfree Blow DPI: 0.316 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 767 -RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2161 10904 70.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 86.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7521 Å20 Å20 Å2
2--3.7521 Å20 Å2
3----7.5041 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.506→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 47 24 2226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153074HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d741SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes371HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2263HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion281SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1760SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion11.59
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3479 23 -
Rwork0.3109 --
obs0.3142 287 9.19 %
精密化 TLSOrigin x: -26.636 Å / Origin y: 26.2033 Å / Origin z: 1.454 Å
111213212223313233
T-0.0887 Å20.0509 Å20.0326 Å2--0.3699 Å20.0637 Å2---0.3826 Å2
L3.2019 °2-0.5842 °20.9468 °2-3.8399 °2-0.6138 °2--5.1137 °2
S0.0681 Å °-0.18 Å °-0.9301 Å °-0.18 Å °0.036 Å °-0.1308 Å °-0.9301 Å °-0.1308 Å °-0.1041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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