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- PDB-7or5: Ternary complex of 14-3-3 sigma, NotchpS1917 phosphopeptide, and WQ162 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7or5
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma, NotchpS1917 phosphopeptide, and WQ162
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Neurogenic locus notch homolog protein 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex small-molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


morphogenesis of a branching structure / negative regulation of endothelial cell differentiation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / positive regulation of transcription of Notch receptor target / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / negative regulation of cell adhesion molecule production / Pre-NOTCH Processing in Golgi / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / mammary gland development ...morphogenesis of a branching structure / negative regulation of endothelial cell differentiation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / positive regulation of transcription of Notch receptor target / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / negative regulation of cell adhesion molecule production / Pre-NOTCH Processing in Golgi / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / mammary gland development / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / cell fate determination / vasculature development / Notch binding / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / branching involved in blood vessel morphogenesis / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / Notch-HLH transcription pathway / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / hemopoiesis / negative regulation of cell differentiation / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / epithelial to mesenchymal transition / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Negative regulation of NOTCH4 signaling / negative regulation of protein kinase activity / wound healing / Pre-NOTCH Transcription and Translation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein localization / regulation of protein localization / signaling receptor activity / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / regulation of cell cycle / cadherin binding / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus Notch 4 / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily ...Neurogenic locus Notch 4 / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-09W / 14-3-3 protein sigma / Neurogenic locus notch homolog protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Centorrino, F. / Wu, Q. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallography-based study of fragment extensions into the 14-3-3 binding groove
著者: Centorrino, F. / Wu, Q. / Cossar, P. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Neurogenic locus notch homolog protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9744
ポリマ－29,5612
非ポリマー4132
水6,287349
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Neurogenic locus notch homolog protein 4
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Neurogenic locus notch homolog protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9488
ポリマ－59,1224
非ポリマー8264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area4300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.427, 111.571, 62.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-730-

HOH

21A-741-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Neurogenic locus notch homolog protein 4 / Notch 4 / hNotch4


分子量: 1334.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99466
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-09W / ~{N}-[(5-carbamimidoyl-3-phenyl-thiophen-2-yl)methyl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide


分子量: 377.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH7.7, 26%PEG 400, 0.19 M CaCl2, and 5 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.41 Å / Num. obs: 26726 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1303 / CC1/2: 0.955 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jc3

4jc3


解像度: 1.8→34.41 Å / SU ML: 0.1447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.2092 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 1335 5 %
Rwork0.153 25372 -
obs0.1546 26707 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1840 0 28 350 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04692690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.77341223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.22561300.18052471X-RAY DIFFRACTION97.27
1.87-1.940.23741330.17612514X-RAY DIFFRACTION99.44
1.94-2.030.22041340.15952539X-RAY DIFFRACTION99.37
2.03-2.140.19051290.15182496X-RAY DIFFRACTION99.28
2.14-2.270.1751340.14172542X-RAY DIFFRACTION99.74
2.27-2.450.15911340.13842541X-RAY DIFFRACTION99.7
2.45-2.690.18531340.14242539X-RAY DIFFRACTION99.59
2.69-3.080.18671350.15212553X-RAY DIFFRACTION99.08
3.08-3.880.15041350.1432579X-RAY DIFFRACTION98.73
3.88-34.410.20281370.16562598X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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