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- PDB-7ors: Ternary complex of 14-3-3 sigma, p27pT198 phosphopeptide, and WQ147 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ors
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma, p27pT198 phosphopeptide, and WQ147
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex small-molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of exit from mitosis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of exit from mitosis / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHO GTPases activate CIT / nuclear export / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / epithelial cell apoptotic process / cellular response to antibiotic / negative regulation of kinase activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / molecular function inhibitor activity / cellular response to lithium ion / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / PTK6 Regulates Cell Cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / inner ear development / cellular response to organic cyclic compound / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / negative regulation of mitotic cell cycle / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / localization / negative regulation of keratinocyte proliferation / response to amino acid / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / response to glucose / Cyclin E associated events during G1/S transition / response to cadmium ion / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RHO GTPases activate PKNs / Notch signaling pathway / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / Hsp70 protein binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / FLT3 Signaling / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / cyclin binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of DNA replication / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / sensory perception of sound / negative regulation of protein kinase activity / potassium ion transport / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / placenta development / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / negative regulation of cell growth / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / response to peptide hormone / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein catabolic process / Cyclin D associated events in G1 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular senescence / response to estradiol / heart development / protein-folding chaperone binding / cellular response to hypoxia / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0I2 / 14-3-3 protein sigma / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Centorrino, F. / Wu, Q. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallography-based study of fragment extensions into the 14-3-3 binding groove
著者: Centorrino, F. / Wu, Q. / Cossar, P. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2157
ポリマ－29,7492
非ポリマー4665
水6,738374
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,43014
ポリマ－59,4984
非ポリマー93210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.615, 111.925, 62.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-742-

HOH

31A-758-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 1522.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46527

-
非ポリマー , 4種, 379分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-0I2 / (4~{S})-~{N}-[(5-carbamimidoyl-3-phenyl-thiophen-2-yl)methyl]oxepane-4-carboxamide


分子量: 357.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH7.3, 26%PEG 400, 0.19 M CaCl2, and 5 % Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.74 Å / Num. obs: 26844 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 10.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique obs: 1252 / CC1/2: 0.974 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jc3

4jc3


解像度: 1.8→41.74 Å / SU ML: 0.1476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9916 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1804 1342 5 %
Rwork0.153 25489 -
obs0.1543 26831 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 29 374 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00962017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.992745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.91271270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.23491250.18682391X-RAY DIFFRACTION94.59
1.87-1.940.22351330.1612497X-RAY DIFFRACTION97.16
1.94-2.030.21151310.15612495X-RAY DIFFRACTION97.55
2.03-2.140.17091320.14032505X-RAY DIFFRACTION98.51
2.14-2.270.16851340.13632536X-RAY DIFFRACTION98.71
2.27-2.440.17571330.14032535X-RAY DIFFRACTION99.15
2.44-2.690.16351360.14792587X-RAY DIFFRACTION99.56
2.69-3.080.16881360.15622580X-RAY DIFFRACTION99.78
3.08-3.880.16991390.14472640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.88-41.740.18221430.16962723X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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