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- PDB-7org: Ternary complex of 14-3-3 sigma, p27pT198 phosphopeptide, and WQ162 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7org
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma, p27pT198 phosphopeptide, and WQ162
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex small-molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / ubiquitin ligase activator activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RHO GTPases activate CIT / nuclear export / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to antibiotic / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / cellular response to lithium ion / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / protein kinase inhibitor activity / PTK6 Regulates Cell Cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / : / inner ear development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / negative regulation of mitotic cell cycle / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / response to amino acid / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / response to glucose / Cyclin E associated events during G1/S transition / response to cadmium ion / negative regulation of stem cell proliferation / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / Notch signaling pathway / positive regulation of microtubule polymerization / FLT3 Signaling / Hsp70 protein binding / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / cyclin binding / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / positive regulation of DNA replication / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / placenta development / sensory perception of sound / potassium ion transport / negative regulation of cell growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / response to peptide hormone / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of protein catabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / cellular senescence / intracellular protein localization / response to estradiol / regulation of protein localization / protein-folding chaperone binding / heart development / positive regulation of cell growth / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP)
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-09W / 14-3-3 protein sigma / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Centorrino, F. / Wu, Q. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallography-based study of fragment extensions into the 14-3-3 binding groove
著者: Centorrino, F. / Wu, Q. / Cossar, P. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5887
ポリマ－29,7492
非ポリマー8395
水5,657314
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,17614
ポリマ－59,4984
非ポリマー1,67810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.607, 110.882, 61.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 1522.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46527

-
非ポリマー , 4種, 319分子

#3: 化合物 ChemComp-09W / ~{N}-[(5-carbamimidoyl-3-phenyl-thiophen-2-yl)methyl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide


分子量: 377.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH7.3, 26%PEG 400, 0.19 M CaCl2, and 5 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.07 Å / Num. obs: 25796 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 12.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1183 / CC1/2: 0.951 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jc3

4jc3


解像度: 1.8→41.07 Å / SU ML: 0.1861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1187 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 1289 5 %
Rwork0.1597 24496 -
obs0.1618 25785 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 57 314 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10422682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.72651216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.25981340.19912554X-RAY DIFFRACTION93.37
1.87-1.960.22551390.17252630X-RAY DIFFRACTION96.08
1.96-2.060.1831400.15962662X-RAY DIFFRACTION97.29
2.06-2.190.23031410.15492693X-RAY DIFFRACTION97.62
2.19-2.360.20971430.14662719X-RAY DIFFRACTION98.93
2.36-2.60.20791450.15262743X-RAY DIFFRACTION99.38
2.6-2.980.16921460.15242778X-RAY DIFFRACTION99.59
2.98-3.750.16971460.1472794X-RAY DIFFRACTION99.97
3.75-41.070.22031550.17372923X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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