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- PDB-7oq8: Ternary complex of 14-3-3 sigma, Estrogen Receptor alfa phosphope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oq8
タイトルTernary complex of 14-3-3 sigma, Estrogen Receptor alfa phosphopeptide, and WQ178
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex small-molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of cell-cell adhesion / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / establishment of skin barrier / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / RHO GTPases activate PKNs / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / protein export from nucleus / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of innate immune response / TBP-class protein binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / transcription coregulator binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / intracellular protein localization / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / regulation of protein localization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0B7 / Estrogen receptor / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Centorrino, F. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallography-based study of fragment extensions into the 14-3-3 binding groove
著者: Centorrino, F. / Wu, Q. / Cossar, P. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id
改定 2.12024年3月13日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8718
ポリマ－30,0132
非ポリマー8576
水4,774265
1
C: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

C: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,74116
ポリマ－60,0274
非ポリマー1,71512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.018, 110.832, 60.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-301-

MG

21C-655-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CB

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28286.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 1726.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372

-
非ポリマー , 4種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-0B7 / ~{N}-[(5-carbamimidoyl-3-phenyl-thiophen-2-yl)methyl]-1~{H}-indole-6-carboxamide


分子量: 374.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH7.5, 26%PEG 400, 0.19 M CaCl2, and 5 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→65.93 Å / Num. obs: 51452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2542 / CC1/2: 0.467 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.43→65.93 Å / SU ML: 0.1763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1369 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 3688 3.88 %
Rwork0.1797 91297 -
obs0.1807 51437 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→65.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1792 0 62 265 2119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00791943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20192637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0609287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9671711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.43-1.450.38051450.32913609X-RAY DIFFRACTION97.96
1.45-1.470.32231430.31873588X-RAY DIFFRACTION97.24
1.47-1.490.3441430.29113574X-RAY DIFFRACTION97
1.49-1.510.27831430.27833514X-RAY DIFFRACTION96.16
1.51-1.540.31921380.27813466X-RAY DIFFRACTION94.3
1.54-1.560.28781370.27123405X-RAY DIFFRACTION93.06
1.56-1.590.2781310.25813199X-RAY DIFFRACTION87.61
1.59-1.620.23031380.23033275X-RAY DIFFRACTION89.67
1.62-1.650.22851400.22853495X-RAY DIFFRACTION93.81
1.65-1.680.27081440.22133600X-RAY DIFFRACTION98.6
1.68-1.720.2221440.21673562X-RAY DIFFRACTION98.67
1.72-1.760.22571450.2173618X-RAY DIFFRACTION98.77
1.76-1.80.21851530.20313659X-RAY DIFFRACTION98.76
1.8-1.850.21521510.20253587X-RAY DIFFRACTION98.37
1.85-1.90.22281460.19163606X-RAY DIFFRACTION97.91
1.9-1.970.2381370.18413587X-RAY DIFFRACTION97.64
1.97-2.040.19041480.17713544X-RAY DIFFRACTION96.67
2.04-2.120.18621380.16743400X-RAY DIFFRACTION93.52
2.12-2.210.17351190.15883207X-RAY DIFFRACTION86.52
2.21-2.330.1841340.14543352X-RAY DIFFRACTION91.42
2.33-2.480.17621490.15133615X-RAY DIFFRACTION98.92
2.48-2.670.16871500.1573641X-RAY DIFFRACTION99.29
2.67-2.940.20091440.15573627X-RAY DIFFRACTION99.11
2.94-3.360.17661440.16023640X-RAY DIFFRACTION99.03
3.36-4.240.17661380.14663364X-RAY DIFFRACTION91.53
4.24-65.930.2161460.1743563X-RAY DIFFRACTION96.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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