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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nph | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgC in complex with 5-methoxy-1,3-benzoxazole-2-carboxylic acid | ||||||
![]() | N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ArgC / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / NAGPR / Arginine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / protein dimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gupta, P. / Mendes, V. / Blundell, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis 著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 475.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 386 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nlfC ![]() 7nlnC ![]() 7nloC ![]() 7nlpC ![]() 7nlqC ![]() 7nlrC ![]() 7nlsC ![]() 7nltC ![]() 7nluC ![]() 7nlwC ![]() 7nlxC ![]() 7nlyC ![]() 7nlzC ![]() 7nm0C ![]() 7nn1C ![]() 7nn4C ![]() 7nn7C ![]() 7nn8C ![]() 7nnbC ![]() 7nncC ![]() 7nnfC ![]() 7nniC ![]() 7nnqC ![]() 7nnrC ![]() 7nnvC ![]() 7nnwC ![]() 7nnyC ![]() 7nnzC ![]() 7norC ![]() 7nosC ![]() 7notC ![]() 7nouC ![]() 7novC ![]() 7np0C ![]() 7npjC ![]() 2i3aS ![]() 2nqtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36485.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: argC, Rv1652, MTCY06H11.17 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WPZ9, N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase #2: 化合物 | ChemComp-UKE / | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7 17% PEG Smear High 70 mM phosphate/citrate pH 5.6 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.57→69.593 Å / Num. obs: 86043 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2I3A, 2NQT 解像度: 2.57→69.59 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.01 Å2 / Biso mean: 81.6685 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.57→69.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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