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- PDB-7m94: Bovine sigma-2 receptor bound to Roluperidone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m94
タイトルBovine sigma-2 receptor bound to Roluperidone
要素Sigma intracellular receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor / sterol / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of lipoprotein transport / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane ...regulation of intracellular lipid transport / regulation of intracellular cholesterol transport / rough endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of lipoprotein transport / oxysterol binding / cholesterol binding / positive regulation of wound healing / rough endoplasmic reticulum / cholesterol homeostasis / nuclear membrane / lysosome / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sigma intracellular receptor 2 / : / EXPERA domain / EXPERA (EXPanded EBP superfamily) / EXPERA domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Roluperidone / Sigma intracellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Alon, A. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM119185 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structures of the sigma 2 receptor enable docking for bioactive ligand discovery.
著者: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / ...著者: Alon, A. / Lyu, J. / Braz, J.M. / Tummino, T.A. / Craik, V. / O'Meara, M.J. / Webb, C.M. / Radchenko, D.S. / Moroz, Y.S. / Huang, X.P. / Liu, Y. / Roth, B.L. / Irwin, J.J. / Basbaum, A.I. / Shoichet, B.K. / Kruse, A.C.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma intracellular receptor 2
B: Sigma intracellular receptor 2
C: Sigma intracellular receptor 2
D: Sigma intracellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,87329
ポリマ－80,9204
非ポリマー8,95325
水18010
1
A: Sigma intracellular receptor 2
B: Sigma intracellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,47116
ポリマ－40,4602
非ポリマー5,01114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
2
C: Sigma intracellular receptor 2
D: Sigma intracellular receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,40213
ポリマ－40,4602
非ポリマー3,94211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.050, 54.161, 99.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.093, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Sigma intracellular receptor 2 / Sigma-2 receptor / Sigma2 receptor / Transmembrane protein 97


分子量: 20229.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: TMEM97, S2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3MHW7
#2: 化合物
ChemComp-YT7 / Roluperidone / 2-({1-[2-(4-fluorophenyl)-2-oxoethyl]piperidin-4-yl}methyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one / MIN-101


分子量: 366.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23FN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: PEG 300, 0.1 M MES pH 6, 500 mM NaCl, 60 mM succinate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→49.84 Å / Num. obs: 20340 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 65.09 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.71→2.81 Å / Num. unique obs: 3222 / CC1/2: 0.366 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7M93

7m93


解像度: 2.71→49.84 Å / SU ML: 0.4044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9758
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 2004 9.85 %
Rwork0.2127 18336 -
obs0.2167 20340 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5467 0 358 10 5835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6228111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.05152297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.770.38461310.34681259X-RAY DIFFRACTION95.8
2.77-2.850.31471480.30111317X-RAY DIFFRACTION99.86
2.85-2.930.34521390.29011278X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.030.3531400.27611307X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.140.34341470.28141313X-RAY DIFFRACTION99.86
3.14-3.260.28831400.25781286X-RAY DIFFRACTION99.93
3.26-3.410.29851410.241305X-RAY DIFFRACTION99.93
3.41-3.590.25991420.22721313X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.810.22421470.19481316X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-4.110.20151470.18581301X-RAY DIFFRACTION99.72
4.11-4.520.21981370.18381328X-RAY DIFFRACTION99.86
4.52-5.170.23211450.17571316X-RAY DIFFRACTION99.86
5.18-6.520.26391440.22741328X-RAY DIFFRACTION100
6.52-49.840.22691560.17631369X-RAY DIFFRACTION99.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72159558951-0.5816944643890.2854787236151.6889837782-0.1612821126070.8020548737540.32947094274-0.02911506121870.64417239103-0.07162109619510.46857273163-0.650449063912-0.4270365956830.23283176173-0.03926086501590.684155350257-0.0174014971410.00548833030290.647100058774-0.02725831021430.67227149198644.441264812137.325209770416.2639165497
22.43698608551-1.43612189038-0.7698547589314.512840221164.189440524214.081137078080.0811815368517-0.234385871819-0.509407657231-0.3775102585361.10449604324-0.3426203587650.1076977908560.32066549367-0.1809562974630.7804036310580.102451875227-0.1024443349320.7465127262470.2203940545090.80017561220342.788813017227.512750930722.2964403494
31.27509908716-0.5117358217210.4105410012712.18997346681-0.0755313496333.41028253180.2401159402661.202023913080.1369129319550.0678586369828-0.326788330276-0.131339145237-0.2909076624580.2123595403250.02765748641110.572677567499-0.006741682891510.00679677920520.6271967560360.02266997358020.36821966179928.303710113428.22450137566.82678602561
41.819285566020.371993432527-1.600905970052.19931171519-0.06213873879881.32408771767-0.08089545103050.2291385013690.434193126641-0.0145847836724-0.239173504847-0.157387583946-0.182393617291-0.06438575107280.01982671156450.362985168420.02907940127280.02318751651930.4070897403420.01226951321220.44431863985227.39386375622.289600319616.8919915416
50.711859290663-0.2697073546440.8569614177481.853664229-0.8319192108561.158005144380.0218795854892-0.764815304493-0.673757859828-0.6723234837190.155721837471-0.477413618439-0.1312418176230.742882512810.008000210088380.86785098689-0.0129828443865-0.1994722625330.917484558118-0.08522519811060.91620009748445.188631710724.043009369330.8107008171
61.305242215420.6625240358381.430183729421.56258696323-0.5142793202423.031899924230.00807081627423-0.533427251369-0.2787974236660.119057648936-0.0309792150629-0.146631407651-0.609551525316-0.616192637583-2.651038686430.301192176590.09859990753430.06856600989590.410073121265-0.01682072201850.41219029778521.400018528427.921215430119.5199176784
71.088235396360.450530642779-0.7158509818391.950101800850.8814302235682.28030126693-0.603747345899-0.4639262902790.4926132169990.932753407323-0.2244728296010.257777173849-0.3676796831050.6145402275860.3177971969920.7546626146940.1849523938850.08734333423340.6196123646710.0281276239890.54980903731713.6338325527-26.645044405244.2580454583
80.2237968032030.56343249629-0.03501936759171.243294214740.351461235464-0.146082364491-0.332339092779-0.0167093306745-0.065523186303-0.0490290449570.3168710952010.1625741219630.1515500315690.2698296321970.07635818034260.5215159814960.02103272009790.002352145323230.49365584480.01129217171470.5995868374220.921254062791-22.50120081425.3370950251
90.788764230140.657983595569-0.09641819133911.721633645410.7415141757372.01668556045-0.3614416621420.122891329637-0.08945266575730.3397540141550.243689475651-0.2942516365550.4211944510880.5103917306730.1412748133420.4858483105820.128576808978-0.009755991757820.563308676112-0.005365110945230.49272718416412.7299359645-16.262360708140.3887895535
105.53133130576-0.6155099110880.658414751421.466989796910.1123216509181.48453368470.348967997822-0.7064032237080.4147066097560.0354400296267-0.3402654478880.1427518540110.345086105607-0.296593028805-0.05292697742070.567136069261-0.004085676061970.05133845191110.4434836168780.03531574664020.482822053145-0.375415031054-17.404481443641.5844537267
112.281720490510.22100170133-0.5057286295813.26146248029-0.1815281466050.6474789261290.0577491354173-0.0765970314703-0.0920584700987-0.01952211823480.1036473893160.237009934999-0.1410651810790.12800001436-0.102820949350.44974768393-0.01591014574960.006650570540440.40046597901-0.01158944442710.3757256130743.108569530225.2545534234736.3571503833
121.49859329919-0.188902775354-1.534172612412.404097061380.6179900803521.51224691717-0.009680163700180.517719531457-0.0290841306462-0.02801006328180.346959876898-0.0422852327043-0.6175961222390.481502311411-0.1808058414780.3553738390240.0632587617021-0.05316366595570.415873968052-0.08856843694230.52559310468111.25920717643.4854693130929.4279682511
131.053858526710.0310408716913-1.006117975261.98804820744-0.642062817871.25408771874-0.09621480282420.157317268399-0.1305429143950.0566388373526-0.0402471715624-0.3100513572070.399341849812-0.192956158491-0.09909469007580.59537320876-0.08397746718930.1486873879670.517799683349-0.04008818069780.61270229496527.74593074891.1912082561117.8107992704
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 33 through 54 )DW33 - 5431 - 52
22chain 'D' and (resid 55 through 63 )DW55 - 6353 - 61
33chain 'D' and (resid 64 through 93 )DW64 - 9362 - 91
44chain 'D' and (resid 94 through 125 )DW94 - 12592 - 123
55chain 'D' and (resid 126 through 136 )DW126 - 136124 - 134
66chain 'D' and (resid 137 through 168 )DW137 - 168135 - 166
77chain 'A' and (resid 2 through 27 )AA2 - 271 - 26
88chain 'A' and (resid 28 through 76 )AA28 - 7627 - 75
99chain 'A' and (resid 77 through 120 )AA77 - 12076 - 119
1010chain 'A' and (resid 121 through 168 )AA121 - 168120 - 163
1111chain 'B' and (resid 3 through 130 )BE3 - 1301 - 128
1212chain 'B' and (resid 131 through 167 )BE131 - 167129 - 165
1313chain 'C' and (resid 4 through 93 )CQ4 - 931 - 90
1414chain 'C' and (resid 94 through 120 )CQ94 - 12091 - 117
1515chain 'C' and (resid 121 through 136 )CQ121 - 136118 - 133
1616chain 'C' and (resid 137 through 168 )CQ137 - 168134 - 165
1717chain 'D' and (resid 3 through 32 )DW3 - 321 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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