PDB-7lon: Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactiva...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lon

タイトル

Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactivator - (1S,3S)-3-amino-4-(difluoromethylene)cyclohexene-1-carboxylic acid

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Ornithine Aminotransferase / OAT / aminotransferase / inactivator / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

: / ornithine aminotransferase / L-ornithine transaminase activity / : / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Butrin, A. / Zhu, W. / Liu, D. / Silverman, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Remarkable and Unexpected Mechanism for ( S )-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclohex-1-ene-1-carboxylic Acid as a Selective Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase.
著者: Zhu, W. / Doubleday, P.F. / Butrin, A. / Weerawarna, P.M. / Melani, R.D. / Catlin, D.S. / Dwight, T.A. / Liu, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2021年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lon.cif.gz	496.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lon.ent.gz	410 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/7lon	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lnmC 7lomC 1oatS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lom-2 7lnm-3 1gbn-2 7lnm-1 7jx9-1 2oat-3 2can-1 2byl-1 7lon-2 4jev-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	192.024, 192.024, 57.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-687- HOH
2	1	B-788- HOH
3	1	A-687- HOH
4	1	C-650- HOH
5	1	C-779- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...
2	1	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...
3	1	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	38 - 44	3 - 9
1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	45	10
1	3	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	38 - 439	3 - 404
1	4	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	38 - 439	3 - 404
1	5	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	38 - 439	3 - 404
1	6	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...	A	B	38 - 439	3 - 404
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	38 - 44	3 - 9
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	45	10
2	3	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	38 - 439	3 - 404
2	4	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	38 - 439	3 - 404
2	5	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	38 - 439	3 - 404
2	6	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...	B	A	38 - 439	3 - 404
3	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	38 - 44	3 - 9
3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	45	10
3	3	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	38 - 439	3 - 404
3	4	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	38 - 439	3 - 404
3	5	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	38 - 439	3 - 404
3	6	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...	C	C	38 - 439	3 - 404

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-THR / THREONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-7QP / (1R,3S,4R)-3-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]-4-methylcyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 388.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed ...詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed with equal volume of well solution and 0.5 ul of 10 mM compound. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 12% PEG 6000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM Tricine pH 7.8.

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.37 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.943→49.05 Å / Num. obs: 87426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.174 / R_pim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 1.943→1.977 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.599 / Num. unique obs: 4085 / CC_1/2: 0.745 / R_pim(I) all: 0.925 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat

解像度: 1.95→49.05 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2784	4075	4.94 %
R_work	0.2434	78457	-
obs	0.2452	82532	94.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.47 Å² / B_iso mean: 40.4095 Å² / B_iso min: 14.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→49.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9510	0	0	574	10084
B_iso mean	-	-	-	40.2	-
残基数	-	-	-	-	1203

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5698	X-RAY DIFFRACTION	7.989	TORSIONAL
1	2	B	5698	X-RAY DIFFRACTION	7.989	TORSIONAL
1	3	C	5698	X-RAY DIFFRACTION	7.989	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.4166	128	0.3875	2342	2470	82
1.97-1.99	0.3598	130	0.3324	2835	2965	100
1.99-2.02	0.3318	136	0.3052	2854	2990	100
2.02-2.05	0.3221	134	0.3015	2905	3039	99
2.05-2.07	0.3031	134	0.2838	2796	2930	100
2.07-2.1	0.2926	128	0.2772	2882	3010	99
2.1-2.13	0.2896	163	0.2665	2844	3007	99
2.13-2.17	0.2907	176	0.2696	2788	2964	100
2.17-2.2	0.3236	143	0.2689	2884	3027	100
2.2-2.24	0.2785	146	0.2546	2782	2928	99
2.24-2.28	0.2996	142	0.2565	2873	3015	99
2.28-2.33	0.2407	126	0.2398	2793	2919	98
2.33-2.37	0.266	114	0.2359	2883	2997	99
2.37-2.42	0.3051	167	0.2265	2791	2958	99
2.42-2.48	0.2954	126	0.2241	2844	2970	98
2.48-2.54	0.3041	155	0.2236	2745	2900	97
2.54-2.61	0.2791	136	0.2218	2776	2912	97
2.61-2.69	0.2889	164	0.2234	2745	2909	96
2.69-2.78	0.2479	126	0.2405	2741	2867	96
2.78-2.87	0.3228	155	0.2382	2744	2899	96
2.88-2.99	0.323	149	0.2586	2732	2881	94
2.99-3.13	0.3231	142	0.2587	2629	2771	93
3.13-3.29	0.275	120	0.2392	2624	2744	91
3.29-3.5	0.2935	173	0.2375	2532	2705	90
3.5-3.77	0.2873	119	0.2334	2491	2610	86
3.77-4.15	0.2388	144	0.2171	2401	2545	84
4.15-4.74	0.2642	128	0.2095	2363	2491	82
4.75-5.97	0.2437	133	0.2352	2426	2559	84
5.98-49.05	0.2246	138	0.2476	2412	2550	82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3098	-1.5862	0.6212	3.4372	0.7404	2.0282	0.0739	0.433	-0.3109	-0.1976	0.1246	-0.4726	0.3151	0.3483	-0.1419	0.2433	0.062	0.0644	0.3768	-0.1166	0.2997	17.2454	-37.53	-33.7568
2	3.104	-0.8505	-0.0781	1.1616	0.4042	1.3131	0.1935	0.0163	-0.3417	0.1644	0.0582	-0.1876	0.3116	0.2086	-0.215	0.2304	0.0745	-0.0886	0.159	-0.0393	0.2977	14.0777	-47.4273	-16.4734
3	1.0601	0.3425	0.3256	0.411	0.2482	0.8587	-0.028	-0.1476	0.0196	-0.0265	0.0061	0.0661	-0.0423	-0.1022	0.0354	0.1082	0.0105	-0.008	0.1479	0.0146	0.1344	0.7968	-22.773	-9.0658
4	1.6243	0.4592	0.819	1.0848	0.5313	0.8969	0.0586	-0.2529	-0.0778	0.1135	0.0024	-0.0374	0.0771	-0.0961	-0.0509	0.1711	-0.0185	-0.0048	0.1651	0.0243	0.1214	5.1036	-29.0167	-3.3576
5	4.2151	0.1724	1.5353	4.0363	-0.1152	3.0063	0.1142	0.025	0.0079	-0.2954	0.0242	-0.6404	0.0319	0.633	-0.0547	0.153	0.061	-0.034	0.2646	-0.1295	0.3885	29.834	-33.215	-6.9721
6	3.9399	1.1253	-2.579	1.4461	-0.6253	4.2012	0.0732	0.0344	-0.2561	0.0247	0.05	-0.4835	0.2695	0.476	-0.0784	0.1383	0.0732	-0.0668	0.2757	-0.1303	0.3313	28.9669	-38.9872	-14.5827
7	3.7821	-0.4357	-0.8674	1.1716	-1.7488	3.2724	-0.1221	0.6361	-0.1703	-0.3269	0.1369	-0.2171	0.1719	0.0656	-0.0405	0.5374	-0.1242	-0.0819	0.2785	0.0172	0.6676	54.9916	-51.8579	-23.96
8	3.76	3.9651	1.1083	4.5337	0.6295	1.927	0.0507	-0.0919	-0.0207	-0.0268	0.1255	0.683	0.0837	-0.4276	-0.1716	0.2862	0.0561	0.018	0.4952	0.1477	0.7679	47.904	-43.931	-6.9271
9	0.1687	-0.0628	0.206	1.2242	-0.9776	1.977	0.285	-0.1751	0.293	0.3285	-0.0118	0.1666	-0.4762	0.2746	-0.242	0.4048	0.1013	0.0855	0.3683	-0.0025	0.6759	66.491	-29.5796	2.5599
10	0.079	0.1943	-0.3594	1.5385	-0.3716	1.6194	-0.1151	0.1022	-0.0744	-0.1321	0.06	-0.1035	0.0365	0.0147	0.0503	0.2801	0.0251	-0.0276	0.3428	0.0374	0.6032	80.5923	-52.2666	-0.6207
11	5.7254	0.1918	3.3207	4.9719	1.2908	6.953	0.0295	0.2067	0.444	0.345	-0.2408	-0.0659	0.298	0.2412	0.2091	0.2716	-0.011	-0.003	0.2322	0.0416	0.4563	74.7712	-54.6693	9.626
12	0.753	0.3829	0.8371	3.0164	-1.583	2.3103	-0.0066	0.0288	-0.1521	-0.0364	0.0772	0.1249	-0.0085	-0.2531	-0.064	0.2981	0.0386	0.0371	0.3807	-0.0101	0.5781	64.9588	-40.5522	4.2384
13	5.2389	0.1837	-1.7349	6.4645	-0.3317	2.2821	0.3889	0.0749	-1.3461	-0.1022	-0.1456	0.256	0.5587	-0.6346	-0.262	0.519	-0.0493	-0.1551	0.4497	0.0843	0.8591	52.1958	-64.6673	2.5507
14	1.6722	-1.6302	-0.6149	9.6107	4.6477	5.7486	0.6685	-0.1536	-0.2102	-0.0737	-0.3054	-0.0473	0.5923	0.2385	-0.4695	0.4899	-0.0513	-0.1429	0.5186	0.1014	0.7948	51.4648	-62.6606	-10.9685
15	1.3372	-1.8505	-0.796	8.0514	4.8824	4.7984	0.1462	-0.4702	-0.9003	-0.0063	0.0872	0.3947	0.6599	-0.8209	0.1082	0.4594	-0.0914	-0.1178	0.5241	0.2038	0.9062	45.1552	-59.8952	-0.7255
16	3.8465	-0.8142	-1.9976	0.3041	1.1368	5.8813	0.0977	0.2787	0.2734	-0.6796	0.0639	0.4325	0.281	-0.1129	-0.0431	0.6044	0.1678	0.1061	0.2386	0.027	0.4752	23.9207	-77.3459	-43.5796
17	2.4037	-3.3225	-0.1435	5.1143	-0.6856	1.323	-0.0249	-0.2463	0.6069	-0.076	0.0324	-0.6686	-0.5136	0.168	-0.0439	0.5715	-0.0959	0.0876	0.3821	-0.1494	0.6504	34.0778	-74.9706	-26.0185
18	7.0182	-0.3007	-1.2007	2.2335	-1.2033	5.378	0.1355	-0.5782	0.144	0.1322	0.1719	-0.5219	-0.0042	0.552	-0.2768	0.2714	0.0116	-0.0308	0.3998	-0.1378	0.462	37.0837	-98.0914	-16.2742
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20	0.6566	-0.2726	-1.0468	0.4901	1.2284	3.5768	-0.0184	0.0482	-0.0951	-0.1538	-0.1789	0.0936	-0.021	-0.1581	0.1799	0.3202	0.0156	0.0383	0.2606	-0.0028	0.4608	6.1264	-95.0767	-21.0269
21	5.3105	2.3128	-2.138	7.0473	-1.8862	5.5765	-0.3719	-0.2724	-0.1392	0.1758	0.2633	-0.2967	-0.1326	-0.3622	0.1469	0.2738	0.1043	-0.0052	0.2634	-0.0291	0.2874	11.3136	-92.8389	-9.4007
22	5.3161	0.4831	-4.7903	4.7445	-4.807	8.7764	-0.1036	0.1077	0.2583	0.0467	0.2818	0.2123	0.0379	-0.2914	-0.1772	0.3194	-0.0171	-0.0398	0.2954	-0.0807	0.4651	22.2452	-86.5362	-9.2492
23	1.8844	-1.2623	0.882	1.9066	-1.1994	1.542	-0.0269	0.1079	-0.0249	-0.1494	0.2163	0.0583	-0.4363	-0.2727	-0.017	0.4077	0.0489	0.0568	0.2668	-0.1018	0.4739	27.4561	-94.3918	-17.7431
24	3.6843	0.1005	-1.5986	2.2376	0.8182	2.6584	0.1174	-0.5615	-0.0514	-0.2923	0.1008	-0.6532	-0.2687	0.4667	-0.2494	0.3432	0.1022	-0.0383	0.5045	0.0091	0.4445	35.3035	-93.3351	-17.4262
25	5.5283	-0.4876	0.6258	6.9543	1.5736	7.4212	0.1298	0.1266	0.6906	0.0843	0.2596	0.7587	-0.441	-0.4374	-0.3272	0.4967	0.0677	0.0532	0.2842	0.0245	0.646	13.8464	-68.3351	-16.594
26	6.5758	0.2367	-0.6439	1.3516	3.5156	9.3747	-0.0987	0.382	-1.0227	-0.0488	0.0847	-0.3434	-0.0832	-0.4277	0.0393	0.6128	0.0278	0.0342	0.3027	-0.0694	0.5716	16.0293	-68.6825	-30.1245
27	6.0512	-2.2725	3.7156	4.3305	-2.6024	6.2861	0.3023	0.0258	-0.0681	0.0924	0.2222	0.0454	-1.2328	0.0801	-0.4722	0.6762	0.0179	0.1869	0.2801	-0.0935	0.6528	21.5713	-64.639	-20.0044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 38 through 61 )	B	38 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 62 through 105 )	B	62 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 106 through 220 )	B	106 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 221 through 344 )	B	221 - 344
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 345 through 389 )	B	345 - 389
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 390 through 439 )	B	390 - 439
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 38 through 61 )	A	38 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 62 through 105 )	A	62 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 106 through 141 )	A	106 - 141
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 142 through 220 )	A	142 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 221 through 263 )	A	221 - 263
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 264 through 344 )	A	264 - 344
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 345 through 389 )	A	345 - 389
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 390 through 410 )	A	390 - 410
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 411 through 439 )	A	411 - 439
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 38 through 61 )	C	38 - 61
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 62 through 105 )	C	62 - 105
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 106 through 141 )	C	106 - 141
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 142 through 181 )	C	142 - 181
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 182 through 220 )	C	182 - 220
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 221 through 263 )	C	221 - 263
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 264 through 290 )	C	264 - 290
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 291 through 313 )	C	291 - 313
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 314 through 344 )	C	314 - 344
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 345 through 389 )	C	345 - 389
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 390 through 410 )	C	390 - 410
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 411 through 439 )	C	411 - 439

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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