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- PDB-7lon: Ornithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactiva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lon
タイトルOrnithine Aminotransferase (OAT) cocrystallized with its inactivator - (1S,3S)-3-amino-4-(difluoromethylene)cyclohexene-1-carboxylic acid
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Ornithine Aminotransferase / OAT (エンバク) / aminotransferase (アミノ基転移酵素) / inactivator / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / 視覚 / pyridoxal phosphate binding / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / 視覚 / pyridoxal phosphate binding / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / 核質 / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7QP / トレオニン / Ornithine aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Butrin, A. / Zhu, W. / Liu, D. / Silverman, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Remarkable and Unexpected Mechanism for ( S )-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclohex-1-ene-1-carboxylic Acid as a Selective Inactivator of Human Ornithine Aminotransferase.
著者: Zhu, W. / Doubleday, P.F. / Butrin, A. / Weerawarna, P.M. / Melani, R.D. / Catlin, D.S. / Dwight, T.A. / Liu, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2021年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,1039
ポリマ－134,5813
非ポリマー1,5226
水10,341574
1
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7366
ポリマ－89,7212
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-2/31
Buried area10440 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
2
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7366
ポリマ－89,7212
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-y,-x,-z-1/31
Buried area10460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
3
C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7366
ポリマ－89,7212
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,x-y-1,-z-11
Buried area10460 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.024, 192.024, 57.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-687-

HOH

21B-788-

HOH

31A-687-

HOH

41C-650-

HOH

51C-779-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...
21(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...
31(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPHEPHE(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB38 - 443 - 9
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB4510
13PROPROPHEPHE(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB38 - 4393 - 404
14PROPROPHEPHE(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB38 - 4393 - 404
15PROPROPHEPHE(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB38 - 4393 - 404
16PROPROPHEPHE(chain A and (resid 38 through 44 or (resid 45...AB38 - 4393 - 404
21PROPROPHEPHE(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA38 - 443 - 9
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA4510
23PROPROPHEPHE(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA38 - 4393 - 404
24PROPROPHEPHE(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA38 - 4393 - 404
25PROPROPHEPHE(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA38 - 4393 - 404
26PROPROPHEPHE(chain B and (resid 38 through 44 or (resid 45...BA38 - 4393 - 404
31PROPROPHEPHE(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC38 - 443 - 9
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC4510
33PROPROPHEPHE(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC38 - 4393 - 404
34PROPROPHEPHE(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC38 - 4393 - 404
35PROPROPHEPHE(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC38 - 4393 - 404
36PROPROPHEPHE(chain C and (resid 38 through 44 or (resid 45...CC38 - 4393 - 404

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要素

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase, mitochondrial / / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase


分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-7QP / (1R,3S,4R)-3-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)amino]-4-methylcyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 388.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed ...詳細: The freshly prepared enzyme was buffer exchanged into 50 mM Tricine pH 7.8 and concentrated to a protein concentration of 6 mg/mL. For each hanging drop, 2 ul of protein solution was mixed with equal volume of well solution and 0.5 ul of 10 mM compound. The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 12% PEG 6000, 200 mM NaCl, 10% glycerol, 50 mM Tricine pH 7.8.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→49.05 Å / Num. obs: 87426 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.943→1.977 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.599 / Num. unique obs: 4085 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.925 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat


解像度: 1.95→49.05 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 4075 4.94 %
Rwork0.2434 78457 -
obs0.2452 82532 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.47 Å2 / Biso mean: 40.4095 Å2 / Biso min: 14.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9510 0 0 574 10084
Biso mean---40.2 -
残基数----1203
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5698X-RAY DIFFRACTION7.989TORSIONAL
12B5698X-RAY DIFFRACTION7.989TORSIONAL
13C5698X-RAY DIFFRACTION7.989TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.970.41661280.38752342247082
1.97-1.990.35981300.332428352965100
1.99-2.020.33181360.305228542990100
2.02-2.050.32211340.30152905303999
2.05-2.070.30311340.283827962930100
2.07-2.10.29261280.27722882301099
2.1-2.130.28961630.26652844300799
2.13-2.170.29071760.269627882964100
2.17-2.20.32361430.268928843027100
2.2-2.240.27851460.25462782292899
2.24-2.280.29961420.25652873301599
2.28-2.330.24071260.23982793291998
2.33-2.370.2661140.23592883299799
2.37-2.420.30511670.22652791295899
2.42-2.480.29541260.22412844297098
2.48-2.540.30411550.22362745290097
2.54-2.610.27911360.22182776291297
2.61-2.690.28891640.22342745290996
2.69-2.780.24791260.24052741286796
2.78-2.870.32281550.23822744289996
2.88-2.990.3231490.25862732288194
2.99-3.130.32311420.25872629277193
3.13-3.290.2751200.23922624274491
3.29-3.50.29351730.23752532270590
3.5-3.770.28731190.23342491261086
3.77-4.150.23881440.21712401254584
4.15-4.740.26421280.20952363249182
4.75-5.970.24371330.23522426255984
5.98-49.050.22461380.24762412255082
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3098-1.58620.62123.43720.74042.02820.07390.433-0.3109-0.19760.1246-0.47260.31510.3483-0.14190.24330.0620.06440.3768-0.11660.299717.2454-37.53-33.7568
23.104-0.8505-0.07811.16160.40421.31310.19350.0163-0.34170.16440.0582-0.18760.31160.2086-0.2150.23040.0745-0.08860.159-0.03930.297714.0777-47.4273-16.4734
31.06010.34250.32560.4110.24820.8587-0.028-0.14760.0196-0.02650.00610.0661-0.0423-0.10220.03540.10820.0105-0.0080.14790.01460.13440.7968-22.773-9.0658
41.62430.45920.8191.08480.53130.89690.0586-0.2529-0.07780.11350.0024-0.03740.0771-0.0961-0.05090.1711-0.0185-0.00480.16510.02430.12145.1036-29.0167-3.3576
54.21510.17241.53534.0363-0.11523.00630.11420.0250.0079-0.29540.0242-0.64040.03190.633-0.05470.1530.061-0.0340.2646-0.12950.388529.834-33.215-6.9721
63.93991.1253-2.5791.4461-0.62534.20120.07320.0344-0.25610.02470.05-0.48350.26950.476-0.07840.13830.0732-0.06680.2757-0.13030.331328.9669-38.9872-14.5827
73.7821-0.4357-0.86741.1716-1.74883.2724-0.12210.6361-0.1703-0.32690.1369-0.21710.17190.0656-0.04050.5374-0.1242-0.08190.27850.01720.667654.9916-51.8579-23.96
83.763.96511.10834.53370.62951.9270.0507-0.0919-0.0207-0.02680.12550.6830.0837-0.4276-0.17160.28620.05610.0180.49520.14770.767947.904-43.931-6.9271
90.1687-0.06280.2061.2242-0.97761.9770.285-0.17510.2930.3285-0.01180.1666-0.47620.2746-0.2420.40480.10130.08550.3683-0.00250.675966.491-29.57962.5599
100.0790.1943-0.35941.5385-0.37161.6194-0.11510.1022-0.0744-0.13210.06-0.10350.03650.01470.05030.28010.0251-0.02760.34280.03740.603280.5923-52.2666-0.6207
115.72540.19183.32074.97191.29086.9530.02950.20670.4440.345-0.2408-0.06590.2980.24120.20910.2716-0.011-0.0030.23220.04160.456374.7712-54.66939.626
120.7530.38290.83713.0164-1.5832.3103-0.00660.0288-0.1521-0.03640.07720.1249-0.0085-0.2531-0.0640.29810.03860.03710.3807-0.01010.578164.9588-40.55224.2384
135.23890.1837-1.73496.4645-0.33172.28210.38890.0749-1.3461-0.1022-0.14560.2560.5587-0.6346-0.2620.519-0.0493-0.15510.44970.08430.859152.1958-64.66732.5507
141.6722-1.6302-0.61499.61074.64775.74860.6685-0.1536-0.2102-0.0737-0.3054-0.04730.59230.2385-0.46950.4899-0.0513-0.14290.51860.10140.794851.4648-62.6606-10.9685
151.3372-1.8505-0.7968.05144.88244.79840.1462-0.4702-0.9003-0.00630.08720.39470.6599-0.82090.10820.4594-0.0914-0.11780.52410.20380.906245.1552-59.8952-0.7255
163.8465-0.8142-1.99760.30411.13685.88130.09770.27870.2734-0.67960.06390.43250.281-0.1129-0.04310.60440.16780.10610.23860.0270.475223.9207-77.3459-43.5796
172.4037-3.3225-0.14355.1143-0.68561.323-0.0249-0.24630.6069-0.0760.0324-0.6686-0.51360.168-0.04390.5715-0.09590.08760.3821-0.14940.650434.0778-74.9706-26.0185
187.0182-0.3007-1.20072.2335-1.20335.3780.1355-0.57820.1440.13220.1719-0.5219-0.00420.552-0.27680.27140.0116-0.03080.3998-0.13780.46237.0837-98.0914-16.2742
194.47670.7068-2.68760.97770.3934.48050.0172-0.1518-0.15-0.2474-0.0573-0.06720.03070.10720.06190.30960.0534-0.00540.3122-0.04250.424914.6085-102.9481-18.3091
200.6566-0.2726-1.04680.49011.22843.5768-0.01840.0482-0.0951-0.1538-0.17890.0936-0.021-0.15810.17990.32020.01560.03830.2606-0.00280.46086.1264-95.0767-21.0269
215.31052.3128-2.1387.0473-1.88625.5765-0.3719-0.2724-0.13920.17580.2633-0.2967-0.1326-0.36220.14690.27380.1043-0.00520.2634-0.02910.287411.3136-92.8389-9.4007
225.31610.4831-4.79034.7445-4.8078.7764-0.10360.10770.25830.04670.28180.21230.0379-0.2914-0.17720.3194-0.0171-0.03980.2954-0.08070.465122.2452-86.5362-9.2492
231.8844-1.26230.8821.9066-1.19941.542-0.02690.1079-0.0249-0.14940.21630.0583-0.4363-0.2727-0.0170.40770.04890.05680.2668-0.10180.473927.4561-94.3918-17.7431
243.68430.1005-1.59862.23760.81822.65840.1174-0.5615-0.0514-0.29230.1008-0.6532-0.26870.4667-0.24940.34320.1022-0.03830.50450.00910.444535.3035-93.3351-17.4262
255.5283-0.48760.62586.95431.57367.42120.12980.12660.69060.08430.25960.7587-0.441-0.4374-0.32720.49670.06770.05320.28420.02450.64613.8464-68.3351-16.594
266.57580.2367-0.64391.35163.51569.3747-0.09870.382-1.0227-0.04880.0847-0.3434-0.0832-0.42770.03930.61280.02780.03420.3027-0.06940.571616.0293-68.6825-30.1245
276.0512-2.27253.71564.3305-2.60246.28610.30230.0258-0.06810.09240.22220.0454-1.23280.0801-0.47220.67620.01790.18690.2801-0.09350.652821.5713-64.639-20.0044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 38 through 61 )B38 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 62 through 105 )B62 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 106 through 220 )B106 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 221 through 344 )B221 - 344
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 345 through 389 )B345 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 390 through 439 )B390 - 439
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 38 through 61 )A38 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 62 through 105 )A62 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 106 through 141 )A106 - 141
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 142 through 220 )A142 - 220
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 221 through 263 )A221 - 263
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 264 through 344 )A264 - 344
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 345 through 389 )A345 - 389
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 390 through 410 )A390 - 410
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 411 through 439 )A411 - 439
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 38 through 61 )C38 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 62 through 105 )C62 - 105
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 106 through 141 )C106 - 141
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 142 through 181 )C142 - 181
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 182 through 220 )C182 - 220
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 221 through 263 )C221 - 263
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 264 through 290 )C264 - 290
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 291 through 313 )C291 - 313
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 314 through 344 )C314 - 344
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 345 through 389 )C345 - 389
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 390 through 410 )C390 - 410
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 411 through 439 )C411 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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