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- PDB-7lnp: Structure of the exo-alpha-L-galactosidase BpGH29 (D264N mutant) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lnp
タイトルStructure of the exo-alpha-L-galactosidase BpGH29 (D264N mutant) from Bacteroides plebeius in complex with paranitrophenyl-alpha-L-galactopyranoside
要素Exo-alpha-L-galactosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / porphyran / carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, C-terminal / Alpha-L-fucosidase C-terminal domain / Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Glycosyl hydrolase, all-beta / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / paranitrophenyl-alpha-L-galactopyranoside / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides plebeius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Boraston, A.B. / Robb, C.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Metabolism of a hybrid algal galactan by members of the human gut microbiome.
著者: Robb, C.S. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Reintjes, G. / Klassen, L. / Monteith, S. / Giljan, G. / Amundsen, C. / Vickers, C. / Hettle, A.G. / Hills, R. / Xing, X. / Montina, T. / Zandberg, ...著者: Robb, C.S. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Reintjes, G. / Klassen, L. / Monteith, S. / Giljan, G. / Amundsen, C. / Vickers, C. / Hettle, A.G. / Hills, R. / Xing, X. / Montina, T. / Zandberg, W.F. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-alpha-L-galactosidase
C: Exo-alpha-L-galactosidase
D: Exo-alpha-L-galactosidase
E: Exo-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,59233
ポリマ－273,3974
非ポリマー2,19429
水12,214678
1
A: Exo-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9129
ポリマ－68,3491
非ポリマー5638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Exo-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9138
ポリマ－68,3491
非ポリマー5637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Exo-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8547
ポリマ－68,3491
非ポリマー5056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Exo-alpha-L-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9129
ポリマ－68,3491
非ポリマー5638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.325, 106.637, 155.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACDE

#1: タンパク質
Exo-alpha-L-galactosidase


分子量: 68349.344 Da / 分子数: 4 / 変異: D264N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides plebeius (バクテリア)
株: DSM 17135 / JCM 12973 / M2 / 遺伝子: BACPLE_01702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5CYA5

-
非ポリマー , 6種, 707分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-Y9Y / paranitrophenyl-alpha-L-galactopyranoside / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-(4-nitrophenoxy)oxane-3,4,5-triol


分子量: 301.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5), 0.2 M (NH4)2SO4, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→32 Å / Num. obs: 64080 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.59 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4449 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.396

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ljj

7ljj


解像度: 2.7→31.57 Å / SU ML: 0.3317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.0048 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2844 3197 5.01 %
Rwork0.2297 60655 -
obs0.2325 63852 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17709 0 109 678 18496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001518289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.419424851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00293184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.484210634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.740.41281470.3022606X-RAY DIFFRACTION99.06
2.74-2.780.35441320.29972612X-RAY DIFFRACTION99.28
2.78-2.830.35221210.29292596X-RAY DIFFRACTION98.91
2.83-2.880.36761410.27482664X-RAY DIFFRACTION99.19
2.88-2.930.32361400.27392595X-RAY DIFFRACTION99.27
2.93-2.990.27611230.28012641X-RAY DIFFRACTION99.25
2.99-3.050.3411410.26932625X-RAY DIFFRACTION99.32
3.05-3.110.31131490.27092614X-RAY DIFFRACTION99.42
3.11-3.190.30521370.25442644X-RAY DIFFRACTION99.61
3.19-3.260.28851420.24542622X-RAY DIFFRACTION99.71
3.26-3.350.32141610.242613X-RAY DIFFRACTION99.86
3.35-3.450.34271390.23342639X-RAY DIFFRACTION99.75
3.45-3.560.28981310.2282674X-RAY DIFFRACTION99.79
3.56-3.690.27471350.22232632X-RAY DIFFRACTION99.75
3.69-3.840.33341290.20782649X-RAY DIFFRACTION99.86
3.84-4.010.22341400.2022640X-RAY DIFFRACTION99.75
4.01-4.220.22091450.20042628X-RAY DIFFRACTION99.75
4.22-4.490.2511330.18982664X-RAY DIFFRACTION99.68
4.49-4.830.21621280.18052661X-RAY DIFFRACTION99.47
4.83-5.320.24521480.19282649X-RAY DIFFRACTION99.54
5.32-6.080.271510.21032648X-RAY DIFFRACTION99.64
6.08-7.640.25671260.21812687X-RAY DIFFRACTION99.47
7.64-31.570.21571580.20332652X-RAY DIFFRACTION97.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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