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- PDB-7lh6: The structure of Bacteroides plebeius L-galactose dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lh6
タイトルThe structure of Bacteroides plebeius L-galactose dehydrogenase
要素L-galactose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / L-galactose / carbohydrate
機能・相同性L-galactose dehydrogenase activity / L-galactose dehydrogenase-like / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Oxidoreductase, aldo/keto reductase family protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides plebeius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Robb, C.S. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Metabolism of a hybrid algal galactan by members of the human gut microbiome.
著者: Robb, C.S. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Reintjes, G. / Klassen, L. / Monteith, S. / Giljan, G. / Amundsen, C. / Vickers, C. / Hettle, A.G. / Hills, R. / Xing, X. / Montina, T. / Zandberg, ...著者: Robb, C.S. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Reintjes, G. / Klassen, L. / Monteith, S. / Giljan, G. / Amundsen, C. / Vickers, C. / Hettle, A.G. / Hills, R. / Xing, X. / Montina, T. / Zandberg, W.F. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: L-galactose dehydrogenase
A: L-galactose dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1942
ポリマ－74,1942
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.754, 84.461, 129.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 L-galactose dehydrogenase


分子量: 37096.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides plebeius (バクテリア)
株: DSM 17135 / JCM 12973 / M2 / 遺伝子: BACPLE_01679 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5CY82
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium citrate dibasic (pH 5.5), 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 14732 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 54.55 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 704 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.478 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ynp

1ynp


解像度: 2.85→29.87 Å / SU ML: 0.3823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6946 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 1416 10 %
Rwork0.2321 12737 -
obs0.2371 14153 94.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 0 17 4436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71446131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005783
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.80342691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.950.41631080.3506973X-RAY DIFFRACTION73.79
2.95-3.070.37431260.32551132X-RAY DIFFRACTION85.99
3.07-3.210.36261370.3191236X-RAY DIFFRACTION95.08
3.21-3.380.33571460.27051314X-RAY DIFFRACTION98.72
3.38-3.590.30881460.22671308X-RAY DIFFRACTION98.98
3.59-3.860.28541460.23051318X-RAY DIFFRACTION98.99
3.86-4.250.30151490.22871331X-RAY DIFFRACTION99.4
4.25-4.860.22961480.19691337X-RAY DIFFRACTION99.66
4.86-6.120.23121520.21861367X-RAY DIFFRACTION99.61
6.12-29.870.24791580.19911421X-RAY DIFFRACTION98.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.71393857 Å / Origin y: 40.0006137785 Å / Origin z: 85.9097596471 Å
111213212223313233
T0.261534176019 Å2-0.0128899164328 Å20.00823188736708 Å2-0.240381823372 Å20.0245480895303 Å2--0.349156861428 Å2
L0.124913022699 °20.0496965496453 °20.360160371106 °2-0.693423215002 °2-0.47885650287 °2--1.5888951046 °2
S0.0310813474068 Å °0.0589065387859 Å °0.0576809066747 Å °-0.020797202186 Å °-0.0647832196003 Å °-0.0188038205074 Å °0.0944497753968 Å °0.195407390816 Å °0.0289524666816 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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