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- PDB-7lml: Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lml
タイトルReceptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with 3-(3-(((3-(4-Carboxyphenoxy)benzyl)oxy)methyl)phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAGE / IG-like domain / receptor / Advanced Glycation End Products
機能・相同性
機能・相同性情報


advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation ...advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / transcytosis / induction of positive chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of long-term synaptic potentiation / protein localization to membrane / regulation of spontaneous synaptic transmission / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytosis / phagocytic cup / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / astrocyte activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / histone binding / molecular adaptor activity / learning or memory / early endosome / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / apical plasma membrane / inflammatory response / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 6-iodanyl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Salay, L.E. / Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI101171 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to discovery of Receptor for Advanced Glycation End products inhibitors.
著者: Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Salay, L.E. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,98518
ポリマ－46,2632
非ポリマー2,72216
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.478, 102.478, 102.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 20 through 215 or (resid 216...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 20 through 42 or (resid 43...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 20 - 231 / Label seq-ID: 1 - 212

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.501489472128, -0.865162905542, 0.00120673901847), (-0.865163245968, -0.501490195115, -0.00037686831584), (0.000931220272965, -0.000855030753486, -0.999999200875) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.501489472128, -0.865162905542, 0.00120673901847), (-0.865163245968, -0.501490195115, -0.00037686831584), (0.000931220272965, -0.000855030753486, -0.999999200875)
ベクター: 0.0205815001351, -0.0899146674032, -28.7395303716)

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 23131.494 Da / 分子数: 2 / 断片: VC1 domain, resdues 23-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-Y6S / 6-iodanyl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid


分子量: 287.054 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6INO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.5 M NaOAc (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14983→40.7005 Å / Num. obs: 32950 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.14983→2.5319 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique obs: 12707 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.124 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LP4

4lp4


解像度: 2.15→40.7 Å / SU ML: 0.2046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.2278
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1564 4.75 %
Rwork0.212 31377 -
obs0.2131 32941 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3085 0 130 125 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76794520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8873460
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.383018016412 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.220.29911420.22542820X-RAY DIFFRACTION97.98
2.22-2.30.2451560.22252832X-RAY DIFFRACTION99.47
2.3-2.390.23391320.23572826X-RAY DIFFRACTION99.36
2.39-2.50.27161300.24082890X-RAY DIFFRACTION99.51
2.5-2.630.2191590.24242829X-RAY DIFFRACTION99.6
2.63-2.80.29311190.22612859X-RAY DIFFRACTION99.77
2.8-3.010.27441330.24762903X-RAY DIFFRACTION99.8
3.01-3.310.23921480.22582827X-RAY DIFFRACTION99.87
3.31-3.790.19821340.19172898X-RAY DIFFRACTION99.93
3.79-4.780.20721310.17312875X-RAY DIFFRACTION99.8
4.78-40.70.23021800.20562818X-RAY DIFFRACTION97.31
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.9819022704 Å / Origin y: -17.8654547131 Å / Origin z: -14.2154855279 Å
111213212223313233
T0.163784614907 Å2-0.0342785980341 Å20.022698297151 Å2-0.128491551668 Å20.0424060471962 Å2--0.20014783503 Å2
L0.125545934406 °20.0323599001501 °20.205896081287 °2-0.182472244865 °20.380357109415 °2--1.14645671641 °2
S0.0244032846489 Å °0.0143254747647 Å °0.0278996185779 Å °0.0119878221642 Å °0.0344525794958 Å °0.0341720116492 Å °-0.0746276200928 Å °-0.140533096391 Å °-0.064982810896 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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