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万見
- PDB-6xq7: Receptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xq7
タイトルReceptor for Advanced Glycation End Products VC1 domain in complex with Fragment 5
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / RAGE / IG-like domain / receptor / Advanced Glycation End Products
機能・相同性
機能・相同性情報


advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression ...advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / induction of positive chemotaxis / transcytosis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / protein localization to membrane / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / regulation of spontaneous synaptic transmission / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytic cup / phagocytosis / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cell junction / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / molecular adaptor activity / histone binding / learning or memory / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / apical plasma membrane / inflammatory response / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 5-bromo-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Salay, L.E. / Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI101171 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to discovery of Receptor for Advanced Glycation End products inhibitors.
著者: Kozlyuk, N. / Gilston, B.A. / Salay, L.E. / Gogliotti, R.D. / Christov, P.P. / Kim, K. / Ovee, M. / Waterson, A.G. / Chazin, W.J.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52021年12月15日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.62023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,64420
ポリマ－46,2632
非ポリマー2,38118
水3,819212
1
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

B: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子

A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,28840
ポリマ－92,5264
非ポリマー4,76236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z+1/31
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/31
Buried area12980 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.905, 102.905, 101.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 20 through 23 or resid 25...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 20 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYALAA1 - 4
d_12ens_1ASNILEA8 - 9
d_13ens_1ALAGLYA13 - 16
d_14ens_1PROILEA20 - 78
d_15ens_1ASPASPA82
d_16ens_1GLYSERA86 - 102
d_17ens_1TYRVALA104 - 136
d_18ens_1GLUGLUA140 - 224
d_21ens_1GLYALAB1 - 4
d_22ens_1ASNILEB6 - 7
d_23ens_1ALAGLYB9 - 12
d_24ens_1PROILEB16 - 74
d_25ens_1ASPASPB78
d_26ens_1GLYSERB80 - 96
d_27ens_1TYRVALB100 - 132
d_28ens_1GLUGLUB134 - 218

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.499882420751, -0.866093125144, -0.000513812302748), (-0.866092386117, -0.499880967102, -0.00173131117168), (0.00124263171247, 0.00131046094287, -0.999998369278) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.499882420751, -0.866093125144, -0.000513812302748), (-0.866092386117, -0.499880967102, -0.00173131117168), (0.00124263171247, 0.00131046094287, -0.999998369278)
ベクター: -0.0251249106346, -0.0340334981467, -27.7499239838)

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 23131.494 Da / 分子数: 2 / 断片: VC1 domain, resdues 23-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-V6V / 5-bromo-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 254.080 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8BrNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M NaOAc (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 111660 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.83 / Num. unique obs: 11201 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.31 / % possible all: 99.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LP4

4lp4


解像度: 1.8→45.92 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.0375
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2800 4.95 %
Rwork0.1991 53742 -
obs0.2002 56542 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 136 212 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01833335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62194585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1105496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.11381170
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.476859451273 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.29531670.23882545X-RAY DIFFRACTION95.53
1.83-1.860.28921180.22062696X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.20281310.21092707X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.22471190.19512700X-RAY DIFFRACTION99.93
1.94-1.980.27421370.19012693X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.24931340.2072689X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.22211590.20092664X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.24121420.19172675X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.24681470.19362719X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.270.19391600.20222646X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.350.20831540.21082693X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.261350.21292701X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.550.25921060.21812712X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.22841270.21462704X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.850.23881270.2192722X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.080.24531400.22062692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.380.22681530.21372690X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.870.20971500.17892704X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.880.18631520.16562704X-RAY DIFFRACTION99.9
4.88-45.920.20421420.19722686X-RAY DIFFRACTION97.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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