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万見
- PDB-5h5m: Crystal structure of HMP-1 M domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5m
タイトルCrystal structure of HMP-1 M domain
要素Alpha-catenin-like protein hmp-1
キーワードCELL ADHESION / alpha-catenin / four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


VEGFR2 mediated vascular permeability / embryonic body morphogenesis / cell migration involved in gastrulation / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / cortical actin cytoskeleton organization / apical junction complex / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / beta-catenin binding ...VEGFR2 mediated vascular permeability / embryonic body morphogenesis / cell migration involved in gastrulation / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / cortical actin cytoskeleton organization / apical junction complex / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / actin filament binding / cell migration / regulation of protein localization / cadherin binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-catenin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-catenin-like protein hmp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kang, H. / Bang, I. / Weis, W.I. / Choi, H.J.
資金援助 韓国, 米国, 5件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaNRF-2014R1A4A10052590 韓国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094663 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM058038 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL127711 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional characterization of Caenorhabditis elegans alpha-catenin reveals constitutive binding to beta-catenin and F-actin
著者: Kang, H. / Bang, I. / Jin, K.S. / Lee, B. / Lee, J. / Shao, X. / Heier, J.A. / Kwiatkowski, A.V. / Nelson, W.J. / Hardin, J. / Weis, W.I. / Choi, H.J.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年12月14日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: entity / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52022年12月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details
改定 1.62024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-catenin-like protein hmp-1
B: Alpha-catenin-like protein hmp-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7162
ポリマ－85,7162
非ポリマー00
水3,567198
1
A: Alpha-catenin-like protein hmp-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8581
ポリマ－42,8581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-catenin-like protein hmp-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8581
ポリマ－42,8581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.849, 81.532, 151.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-catenin-like protein hmp-1 / Protein humpback-1


分子量: 42857.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 270-646 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AUTHORS STATE THAT THE N-TERMINAL RESIDUES , GGIQ ARE LINKERS AFTER TAG CLEAVAGE.
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: hmp-1, R13H4.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P90947
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M NaCl, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 36804 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/av σ(I): 20.669 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.443.70.258198.9
2.44-2.493.80.234198.8
2.49-2.533.70.217198.9
2.53-2.593.70.197198.7
2.59-2.643.70.19199.1
2.64-2.73.70.165199.5
2.7-2.773.70.161199.3
2.77-2.853.70.146199.2
2.85-2.933.80.131199.5
2.93-3.023.80.123199.7
3.02-3.133.80.109199.7
3.13-3.263.90.101199.9
3.26-3.413.90.091199.9
3.41-3.583.90.0841100
3.58-3.813.80.078199.9
3.81-4.13.80.07199.8
4.1-4.523.80.066199.7
4.52-5.173.80.06199.7
5.17-6.513.70.06199.9
6.51-203.40.052195.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å27.16 Å
Translation3 Å27.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→27.162 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1793 5.01 %
Rwork0.2029 --
obs0.2052 35763 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.75 Å2 / Biso mean: 44.1854 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→27.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5587 0 0 198 5785
Biso mean---38.38 -
残基数----707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.777629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5522143
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.46480.28691520.21982517266999
2.4648-2.53730.27711430.22092559270299
2.5373-2.61920.29351200.21092589270999
2.6192-2.71270.3121330.22612596272999
2.7127-2.82120.29161500.23452548269899
2.8212-2.94940.31161210.23425912712100
2.9494-3.10470.29571120.229326202732100
3.1047-3.2990.28561450.227926212766100
3.299-3.55320.2221270.213926312758100
3.5532-3.90980.22411470.193926362783100
3.9098-4.47340.1921410.172526332774100
4.4734-5.62770.25551510.182926762827100
5.6277-27.16340.20391510.17842753290498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.501-0.8845-3.6811.54892.11448.36270.0411-0.3228-0.00210.2188-0.15610.1070.0365-0.27030.12710.2368-0.0607-0.02220.3651-0.03040.242470.903387.175326.3177
23.5853-2.6509-1.78894.25991.47982.89260.21630.26490.0572-0.5478-0.2157-0.22750.13070.10880.00640.2890.02570.01420.18290.05080.194685.430667.9792-3.6307
35.87043.2058-0.11282.53630.06580.945-0.28810.29440.0582-0.27720.1993-0.1207-0.09730.07820.06710.26120.0077-0.00440.13780.00860.230284.196993.6876-6.7067
43.07160.0373-1.16493.99772.97028.66190.0475-0.41280.34980.3862-0.27240.3217-0.0261-0.50480.23130.2562-0.0286-0.06780.2645-0.01560.373451.901678.07656.1747
52.1493-0.5413-1.22154.18112.94294.7494-0.06060.1551-0.0647-0.24260.0428-0.08230.3283-0.21170.03690.3352-0.0656-0.06060.2910.09640.263648.144257.7797-25.1246
63.9885-0.5249-0.2733.65021.00194.0889-0.12261.14480.4302-0.37540.0721-0.3914-0.09540.21570.04810.3683-0.1347-0.08040.57290.1210.361764.617979.4274-26.5267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 270 through 387 )A270 - 387
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 388 through 499 )A388 - 499
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 500 through 641 )A500 - 641
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 270 through 387 )B270 - 387
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 388 through 499 )B388 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 500 through 640 )B500 - 640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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