+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l8o | ||||||
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Title | OXA-48 bound by Compound 4.3 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2021 Title: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48. Authors: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l8o.cif.gz | 489.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7l8o.ent.gz | 339 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l8o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l8o_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7l8o_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7l8o_validation.xml.gz | 34.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7l8o_validation.cif.gz | 47 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/7l8o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xqrC 7jhqC 7k5vC 7r6zC 3hbrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28295.053 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: GHM residues were left behind at the N-terminus after TEV cleavage Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) Gene: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase |
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-Non-polymers , 5 types, 92 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-XV7 / #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 25 %v/v PEG 550 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.999909 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2019 |
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999909 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.6 Å / Num. obs: 37105 / % possible obs: 99.68 % / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 40.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.702→2.798 Å / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3638 / % possible all: 98.03 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3HBR Resolution: 2.7→48.6 Å / SU ML: 0.2762 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.2457 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→48.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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