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- PDB-7l00: Crystal Structure of C. difficile Enoyl-Acyl Carrier Protein Redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l00
タイトルCrystal Structure of C. difficile Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabK) in Complex with an Inhibitor
要素Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Enoyl ACP reductase / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitronate monooxygenase / nitronate monooxygenase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / dioxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II, putative / Nitronate monooxygenase / Nitronate monooxygenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-XCJ / 2-nitropropane dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Akhtar, A. / Santarsiero, B.D. / Hevener, K.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)IIRA- W 81XWH2010296 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of C. difficile Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabK) in Complex with an Inhibitor
著者: Jones, J.A. / Hevener, K.E. / Alghanim, L. / Akhtar, A. / Santarsiero, B.D.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
B: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
C: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
D: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,67022
ポリマ－132,8034
非ポリマー3,86818
水12,809711
1
A: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
B: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33511
ポリマ－66,4012
非ポリマー1,9349
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
2
C: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
D: Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33511
ポリマ－66,4012
非ポリマー1,9349
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.900, 66.150, 101.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase FabK / 2-nitropropane dioxygenase / Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase II / Enoyl-[acyl-carrier- ...2-nitropropane dioxygenase / Enoyl-(Acyl-carrier-protein) reductase II / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabK / Nitronate monooxygenase / Trans-2-enoyl-ACP reductase


分子量: 33200.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: fabK, BN1095_450087, BN1096_560086, BN1097_540088, cdgr_10495, E5F33_11835, E5F39_12870, E5F43_13130, FQN08_05765, SAMEA1402373_02260, SAMEA1402406_01811, SAMEA1402410_02165, SAMEA1710795_ ...遺伝子: fabK, BN1095_450087, BN1096_560086, BN1097_540088, cdgr_10495, E5F33_11835, E5F39_12870, E5F43_13130, FQN08_05765, SAMEA1402373_02260, SAMEA1402406_01811, SAMEA1402410_02165, SAMEA1710795_00230, SAMEA2239407_02705, SAMEA3374989_02524, SAMEA3375037_01248, SAMEA3375041_00754, SAMEA708418_02261
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A031WIF2, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH), nitronate monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 729分子

#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-XCJ / N-[6-(methylsulfonyl)-1,3-benzothiazol-2-yl]-2-[2-(1H-pyrrol-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]acetamide


分子量: 418.513 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N4O3S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0M Tris(base) ;1.0M BICINE pH8.5, 25% PEG (w/v)3350 , 25% (v/v)PEG 1000, 25% (v/v) MPD, amino acids 0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine ...詳細: 1.0M Tris(base) ;1.0M BICINE pH8.5, 25% PEG (w/v)3350 , 25% (v/v)PEG 1000, 25% (v/v) MPD, amino acids 0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→37.28 Å / Num. obs: 137306 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 624006 / Scaling rejects: 137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.72-1.753.90.5072637767020.7922.197.9
9.42-37.283.80.03733318730.98825.997

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z6J

2z6j


解像度: 1.72→36.69 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1851 6765 4.93 %
Rwork0.1444 130520 -
obs0.1463 137285 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.77 Å2 / Biso mean: 34.0976 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9184 0 221 711 10116
Biso mean--26.27 41.89 -
残基数----1252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.740.25922120.19184314452697
1.74-1.760.21852050.16624307451299
1.76-1.780.18792000.1544295449598
1.78-1.80.22482480.15394236448499
1.8-1.830.20092510.15314315456699
1.83-1.850.21562380.16244290452899
1.85-1.880.19792710.14954287455899
1.88-1.910.23172410.14854250449199
1.91-1.940.21912020.14574351455399
1.94-1.970.19532130.14094313452699
1.97-20.19172400.13574326456699
2-2.040.19592390.136643204559100
2.04-2.080.20912260.14224321454799
2.08-2.120.20492150.14743314546100
2.12-2.170.19032260.14174359458599
2.17-2.220.17472090.13524341455099
2.22-2.270.20542330.140243484581100
2.27-2.330.18932850.143642714556100
2.33-2.40.19992110.14184376458799
2.4-2.480.1992100.139744034613100
2.48-2.570.17442340.144443454579100
2.57-2.670.17111970.145143664563100
2.67-2.790.20422240.149543824606100
2.79-2.940.20252530.164343764629100
2.94-3.120.18671990.15844344633100
3.12-3.370.20141980.157844014599100
3.37-3.70.17832480.148744054653100
3.7-4.240.17222320.13344174649100
4.24-5.340.1571880.128444924680100
5.34-36.690.14632170.13854548476599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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