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- PDB-7kz4: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kz4 | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM705 (N-(1-(1H-1,2,4-triazol-3-yl)ethyl)-3-methyl-4-(1-(6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl)cyclopropyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide) | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series. Authors: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / ...Authors: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, D.M. / Mok, S. / Deni, I. / Lawong, A. / Huang, A. / Chen, G. / Wang, W. / Jayaseelan, J. / Katneni, K. / Patil, R. / Saunders, J. / Shahi, S.P. / Chittimalla, R. / Angulo-Barturen, I. / Jimenez-Diaz, M.B. / Wittlin, S. / Tumwebaze, P.K. / Rosenthal, P.J. / Cooper, R.A. / Aguiar, A.C.C. / Guido, R.V.C. / Pereira, D.B. / Mittal, N. / Winzeler, E.A. / Tomchick, D.R. / Laleu, B. / Burrows, J.N. / Rathod, P.K. / Fidock, D.A. / Charman, S.A. / Phillips, M.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 33.5 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kykC ![]() 7kyvC ![]() 7kyyC ![]() 7kzyC ![]() 7l01C ![]() 7l0kC ![]() 3i65S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 45385.914 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: isolate 3D7 / Gene: PFF0160c / Plasmid: pET28b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) |
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-Non-polymers , 5 types, 461 molecules ![](data/chem/img/XC7.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: cubic |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: 50 mM MgCl2, PEG4000 v/v 28%, 100 mM Tris-HCl, pH 8.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Liquid N2 / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→43.65 Å / Num. obs: 90851 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18.78 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4351 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.565 / % possible all: 89.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3I65 Resolution: 1.75→43.65 Å / SU ML: 0.1573 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / Phase error: 22.4059 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→43.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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