PDB-7kyy: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kyy

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM697 (3-methyl-N-(1-(5-methylisoxazol-3-yl)ethyl)-4-(6-(trifluoromethyl)-1H-indol-3-yl)-1H-pyrrole-2-carboxamide)

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series.
著者: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, ...

履歴

登録	2020年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・要旨	7kyy_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kyy_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	7kyy_validation.xml.gz	57.2 KB	表示
CIF形式データ	7kyy_validation.cif.gz	79 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/7kyy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kykC 7kyvC 7kz4C 7kzyC 7l01C 7l0kC 3i65S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vty-1 7kyk-1 6i4b-2 7kyv-d 2rag-3 6i4b-1 3qhm-3 4acy-1 3axx-1 4rx0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

186 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

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3

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

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4

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

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46.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.061, 97.254, 186.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 45385.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-XCD / 3-methyl-N-[(1R)-1-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)ethyl]-4-[6-(trifluoromethyl)-1H-indol-3-yl]-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 416.396 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₉F₃N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 % / 解説: prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 85 mM HEPES pH 7.5, 2-propanol 8.5%, 17% PEG 4000, 15% v/v Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.06 Å / Num. obs: 115187 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.37 Å² / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.55
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 5586 / R_pim(I) all: 0.542 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I65

3i65

解像度: 2→47.06 Å / SU ML: 0.1785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7361
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	1008	1 %
R_work	0.1627	100166	-
obs	0.1631	101174	87.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11749	0	288	486	12523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	12281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9062	16585
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0505	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	2092
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2826	4580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1	0.2352	88	0.1803	8452	X-RAY DIFFRACTION	52.43
2.1-2.24	0.1953	112	0.1669	11377	X-RAY DIFFRACTION	70.46
2.24-2.41	0.2143	145	0.1726	14839	X-RAY DIFFRACTION	91.72
2.41-2.65	0.2377	161	0.1666	16150	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.65-3.03	0.2182	173	0.1674	16268	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.03-3.82	0.201	165	0.1585	16317	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.82-47.06	0.1899	164	0.1564	16763	X-RAY DIFFRACTION	99.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.59147362058	0.745551585986	-0.691027429659	3.56336458785	-0.435380596698	5.03461705606	0.132638038141	0.0206443941497	0.0179354917503	0.188561263041	-0.0558522255441	-0.288328698832	-0.253328450091	0.552593814799	-0.1392859995	0.131766269115	0.0169448681861	-0.0624876584556	0.281516660207	0.0230930870731	0.227580370089	-7.92576422697	7.52535894895	-10.2304409439
2	2.29554305857	-0.122349497416	0.304730163022	1.70896430733	0.493437187266	2.74047680903	0.000655833970882	-0.207871379494	-0.238719161748	0.227764729326	0.02824511252	-0.0732846982962	0.314325309053	-0.0262971540865	-0.0356423063856	0.20436983234	-0.0114815501722	-0.0119094950076	0.119525538324	0.0405184496817	0.113559246504	-24.2836620678	1.07944996057	-13.0858082834
3	2.43845436637	0.435499648903	0.475022632141	1.89004493721	0.0527631058489	2.42141951428	0.0658444175758	0.178005266286	-0.199365510067	0.0282994846457	0.0249960267376	-0.0721929087397	0.233568430457	0.0266102702118	-0.0455719457205	0.149423122819	-0.0305147138496	0.00177058343311	0.100617481024	-0.00771024719394	0.0657296302645	-29.9737555806	-1.96918552667	-24.6538039917
4	2.48333535184	-0.218673946296	0.45337594488	1.28755642241	0.389478150945	2.4463714941	-0.0928119083797	-0.115062408768	0.384252619795	0.131644639437	0.0237812874995	0.0208503798068	-0.404080858481	-0.0704797696871	0.0256547326065	0.209739264686	-0.015654050257	0.00150922422806	0.0767446800515	0.00494143304575	0.138446437251	-30.9934769641	16.2247050714	-16.878568957
5	4.44247979506	0.836987325093	0.0838601489758	2.35634274582	-0.508321542457	1.10958204013	-0.0250990946676	0.236770676889	0.0765291862209	-0.587258203912	-0.145834911516	-0.306722539907	0.349616904117	0.581290293249	0.163610568456	0.340236772002	0.042355536791	0.0514394983377	0.515263581682	0.0964824938758	0.181318833359	-6.04200942208	-2.75693408447	11.8524996119
6	1.90199220441	-0.0437169083403	0.0558794710295	2.58402210984	-0.366277282519	2.12789821783	0.00401288861692	0.288167107293	0.14698972546	-0.196692100603	-0.0574816352749	0.0701710771017	-0.0278722988119	0.228280110473	0.0424885115	0.160522341564	0.0161858912144	-0.0391469795479	0.122734731651	0.0332708523482	0.0767772307896	-21.8695785766	-0.832824226963	19.6017800715
7	2.5963003211	-0.618338626356	-0.0525779426899	2.23443206356	-0.330943077304	1.9381662162	-0.0267762233492	0.0436749099987	0.373207477291	0.0200853594074	-0.0928566589231	-0.283470218912	-0.452111903258	0.609262216586	0.0404324539764	0.204909477414	-0.134619901771	-0.0584860465554	0.197379925565	0.065498181785	0.157211525838	-13.6214793039	8.09766495421	28.3870080768
8	2.8520047232	-0.931282189825	1.46858694075	4.67581330622	-2.89909907325	5.52979996831	-0.320921850963	-0.498460750236	0.500605752873	0.423691897901	0.326330999245	0.150609636022	-0.823378879609	-0.537071522735	0.0320826102342	0.309250096712	-0.000913668397566	-0.0157766430406	0.153198921962	-0.0281883946039	0.194855639473	-27.1509967427	12.2877816461	39.7559101723
9	2.19019784946	-0.19393502391	0.489008710697	2.0750921082	-0.922702413306	2.9041380116	0.0108144695773	-0.173518678464	0.115885278949	0.0822877793892	-0.000352519361809	0.114287818729	-0.162279487575	0.125382734358	-0.0450920847474	0.122067800838	-0.0305336482367	-0.0138481346895	0.0795778072524	-0.0393059557617	0.094176108223	-25.3047950441	2.70508205536	36.1743014221
10	5.7588368791	-1.14055701996	0.297846810853	2.10363854815	-0.211819749405	1.41824520552	-0.269796692542	-0.216596555975	-0.512601277047	0.58148620633	0.0276489297914	-0.12220814574	0.104863701363	0.654100650427	-0.0354149464309	0.109629638694	0.0568837630594	-0.135070618882	0.401281536504	0.101163146131	0.0821647650892	-8.71775049628	-6.52602253348	36.2162741892
11	2.40200468239	-0.158329970343	-0.0475715373436	1.66009252223	0.0393505400793	1.85784023528	-0.00390339844448	-0.0729886987049	-0.336782546784	-0.0972043539361	-0.111560109192	0.0404608427037	0.224417886518	0.320282684654	0.0930538632219	0.134050623233	0.0480150768314	-0.0315157593163	0.100002472636	0.0235598957876	0.0989904142912	-18.5073256947	-11.1909250345	30.0353441953
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20	3.04767154893	-0.746084074986	-0.442730023245	3.05743951981	0.571738375598	1.74820309963	-0.172083550075	0.0214900502024	-0.313123210213	0.086459778372	0.029796580208	-0.0292245691774	0.245559499577	-0.112604313297	0.133779187064	0.158045285883	-0.0508224916376	0.00514677317499	0.0825080097594	-0.0278264824236	0.266212825544	-64.8366084298	-16.8408520578	-20.4928687417

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 193 )	A	A	-2 - 193	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 194 through 262 )	A	A	194 - 262	39 - 107
3	3	chain 'A' and (resid 263 through 474 )	A	A	263 - 474	108 - 283
4	4	chain 'A' and (resid 475 through 567 )	A	A	475 - 567	284 - 376
5	5	chain 'B' and (resid 167 through 205 )	B	E	167 - 205	1 - 39
6	6	chain 'B' and (resid 206 through 247 )	B	E	206 - 247	40 - 83
7	7	chain 'B' and (resid 248 through 356 )	B	E	248 - 356	84 - 192
8	8	chain 'B' and (resid 357 through 376 )	B	E	357 - 376	193 - 212
9	9	chain 'B' and (resid 377 through 448 )	B	E	377 - 448	213 - 250
10	10	chain 'B' and (resid 449 through 474 )	B	E	449 - 474	251 - 276
11	11	chain 'B' and (resid 475 through 537 )	B	E	475 - 537	277 - 339
12	12	chain 'B' and (resid 538 through 566 )	B	E	538 - 566	340 - 368
13	13	chain 'C' and (resid 160 through 247 )	C	I	160 - 247	1 - 91
14	14	chain 'C' and (resid 248 through 282 )	C	I	248 - 282	92 - 126
15	15	chain 'C' and (resid 283 through 418 )	C	I	283 - 418	127 - 226
16	16	chain 'C' and (resid 419 through 474 )	C	I	419 - 474	227 - 282
17	17	chain 'C' and (resid 475 through 567 )	C	I	475 - 567	283 - 377
18	18	chain 'D' and (resid 161 through 178 )	D	M	161 - 178	1 - 18
19	19	chain 'D' and (resid 179 through 528 )	D	M	179 - 528	19 - 335
20	20	chain 'D' and (resid 529 through 566 )	D	M	529 - 566	336 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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