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Yorodumi- PDB-7knp: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7knp | ||||||
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Title | Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-butylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99) | ||||||
Components | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-butylphosphate from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (H99) Authors: Abendroth, J. / Fox III, D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7knp.cif.gz | 880.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7knp.ent.gz | 606.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7knp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7knp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7knp_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 7knp_validation.xml.gz | 71 KB | Display | |
Data in CIF | 7knp_validation.cif.gz | 101.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7knp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/7knp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ifiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 77475.750 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_00797 / Plasmid: Crnec.00629.a.FS11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J9VFT1, acetate-CoA ligase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 5.8, 200mM NaCl, 12.73% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at ...Details: Optimization screen around RigakuReagents Wizard screen 1/2, condition e8: 100mM potassium / sodium phosphate dibasic pH 5.8, 200mM NaCl, 12.73% (w/V) PEG 8000: CrneC.00629.a.FS11.PD00460 at 10mg/ml + 1mM TCEP + 1mM butyl-AMP: tray 317934 a7: cryo: 20% EG + compounds: puck: ffb2-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 103490 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 3.863 % / Biso Wilson estimate: 42.752 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 10.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 5ifi Resolution: 2.25→40.26 Å / SU ML: 0.2725 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.656 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→40.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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