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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kdp | ||||||
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タイトル | HCMV prefusion gB in complex with fusion inhibitor WAY-174865 | ||||||
要素 | Envelope glycoprotein B | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / fusogen / prefusion / HCMV / gB / antibody / VIRAL PROTEIN / fusion inhibitor / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Heim, P.K. / Che, Y. / Chi, X. / Qiu, X. / Han, S. / Dormitzer, P.R. / Yang, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Prefusion structure of human cytomegalovirus glycoprotein B and structural basis for membrane fusion. 著者: Yuhang Liu / Kyle P Heim / Ye Che / Xiaoyuan Chi / Xiayang Qiu / Seungil Han / Philip R Dormitzer / Xinzhen Yang / 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to ...Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to fuse the viral envelope with a host cell membrane during entry. We stabilized prefusion gB on the virion with a fusion inhibitor and a chemical cross-linker, extracted and purified it, and then determined its structure to 3.6-Å resolution by electron cryomicroscopy. Our results revealed the structural rearrangements that mediate membrane fusion and details of the interactions among the fusion loops, the membrane-proximal region, transmembrane domain, and bound fusion inhibitor that stabilized gB in the prefusion state. The structure rationalizes known gB antigenic sites. By analogy to successful vaccine antigen engineering approaches for other viral pathogens, the high-resolution prefusion gB structure provides a basis to develop stabilized prefusion gB HCMV vaccine antigens. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kdp.cif.gz | 359.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kdp.ent.gz | 297.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kdp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kdp_validation.pdf.gz | 923.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kdp_full_validation.pdf.gz | 953.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kdp_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kdp_validation.cif.gz | 94.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 102067.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス) 株: Towne / 参照: UniProt: P13201 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HCMV prefusion gB stabilized by a fusion inhibitor / タイプ: COMPLEX 詳細: SM5-1 FAb is recombinant expressed with 6xHis and Strep sequence at C-terminal as purification tags. The FAb was used to purify the gB protein from lab cultured HCMV virus (Towne strain)In ...詳細: SM5-1 FAb is recombinant expressed with 6xHis and Strep sequence at C-terminal as purification tags. The FAb was used to purify the gB protein from lab cultured HCMV virus (Towne strain)In the density map, the FAb is poorly resolved and not modeled Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス) 株: Towne |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1 % DDM, 1 mM EDTA, 2 mg/L WAY-174865 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: this sample was monodispersed |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 second, -2 force |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7768 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 28 / 利用したフレーム数/画像: 1-28 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3965: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: the movies are motion corrected dose weighted and averaged with and binned 2x in Fourier space with MotionCor2 program | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1906220 詳細: a 20 angstrom low pass filtered postfusion structure was used to generate reference images for the particle auto picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129837 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5CXF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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