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- PDB-7jxt: Ovine COX-1 in complex with the subtype-selective derivative 2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxt
タイトルOvine COX-1 in complex with the subtype-selective derivative 2a
要素Prostaglandin G/H synthase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Cyclooxygenase-1 / oxidoreductase inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-W8M / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ko, Y. / Iaselli, M. / Miciaccia, M. / Friedrich, L. / Schneider, G. / Scilimati, A. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD023479 米国
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2021
タイトル: Learning from Nature: From a Marine Natural Product to Synthetic Cyclooxygenase-1 Inhibitors by Automated De Novo Design.
著者: Friedrich, L. / Cingolani, G. / Ko, Y.H. / Iaselli, M. / Miciaccia, M. / Perrone, M.G. / Neukirch, K. / Bobinger, V. / Merk, D. / Hofstetter, R.K. / Werz, O. / Koeberle, A. / Scilimati, A. / Schneider, G.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 1
B: Prostaglandin G/H synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,39112
ポリマ－127,6242
非ポリマー4,76610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area42100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.600, 181.600, 103.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...
21(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...
12chain C
22chain D
13chain E
23chain F
33chain G
43chain H
53chain I
63chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A32 - 78
121(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A79
131(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A32 - 584
141(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A32 - 584
151(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A32 - 584
161(chain A and (resid 32 through 78 or (resid 79...A32 - 584
211(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B32 - 168
221(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B169
231(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B32 - 584
241(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B32 - 584
251(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B32 - 584
261(chain B and (resid 32 through 168 or (resid 169...B32 - 584
112chain CC901
212chain DD901
113chain EE1 - 2
213chain FF1 - 2
313chain GG1 - 2
413chain HH1 - 2
513chain II1 - 2
613chain JJ1 - 2

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PHS 1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1


分子量: 63812.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: PTGS1, COX1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-W8M / 2-[4,5-bis(2-chlorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-6-(prop-2-en-1-yl)phenyl methoxyacetate


分子量: 493.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.06 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.5-0.9 M LiCl, 0.7 M sodium citrate pH 6.5, 1 mM sodium azide and 0.3 %(w/v) beta-OG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 27285 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1397 / CC1/2: 0.33 / Rpim(I) all: 0.436 / Rsym value: 0.844 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WBE

5wbe


解像度: 3.35→14.99 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.25 / 位相誤差: 33.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1163 5.04 %
Rwork0.2097 21925 -
obs0.2117 23088 83.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 220.14 Å2 / Biso mean: 126.1022 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.35→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8947 0 520 0 9467
Biso mean--137.67 --
残基数----1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63513029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9983419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051657
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5467X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
12B5467X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
21A14X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
22B14X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
31E0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
32F0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
33G0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
34H0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
35I0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
36J0X-RAY DIFFRACTION4.44TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.35-3.50.4241080.39271980208861
3.5-3.680.34871290.33742317244671
3.68-3.910.34861300.29642559268978
3.91-4.210.24271540.24652856301087
4.21-4.620.2571560.19793036319292
4.62-5.260.24171580.20083054321293
5.26-6.530.25211690.22773130329994
6.53-14.990.20161590.15212993315289
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18930.1010.02090.0956-0.0593-0.0388-0.16150.62010.556-0.15930.2281-1.03540.44460.65030.00061.0069-0.0221-0.08551.08570.07050.936637.1948134.145520.3241
20.057-0.0517-0.0337-0.0144-0.0071-0.1382-0.2533-0.04890.02061.21020.2837-0.09240.4146-0.60160.00021.1879-0.0742-0.13071.57720.03842.039152.387161.42127.9694
30.44070.02440.20430.31090.32770.62470.0175-0.2491-0.22180.5161-0.2037-0.03480.228-0.3824-0.00051.112-0.13130.04191.12530.00151.198630.7688150.189117.4394
40.0807-0.7752-0.85191.1232-0.11650.8893-0.0047-0.00180.1418-0.0689-0.12660.66840.0933-0.4193-0.00160.8597-0.02450.03891.10470.03430.994419.5954164.314825.0281
50.356-0.1573-0.33260.04980.10490.19630.02070.30680.6880.14430.06660.2062-0.7186-0.5705-0.00010.98270.14840.04121.3963-0.1231.18397.4094178.339920.9637
60.7612-0.00250.50720.90880.15530.23660.08960.4150.2697-0.355-0.35880.4013-0.3975-0.4274-0.00010.81010.11920.01531.0950.04731.018624.1222180.288811.2105
70.66330.45710.78921.3372-1.05932.14560.0466-0.2866-0.2520.3439-0.1321-0.02130.1715-0.223500.9521-0.040.04441.22990.00581.153627.1649161.8532.6831
81.6103-0.57330.28330.12110.04710.39960.14320.1543-0.02090.207-0.0266-0.2298-0.4744-0.1588-00.9441-0.01730.08591.0806-0.05961.076133.8141172.975920.7907
90.4845-0.643-0.80710.9127-0.22720.57430.08580.0577-0.6767-0.2513-0.1818-0.26480.1997-0.0803-0.00011.18010.0356-0.01881.3999-0.04171.412141.2874165.4305-10.9755
101.10290.03590.01611.9102-0.3431.7984-0.00060.0857-0.0065-0.23980.0040.0702-0.0032-0.2803-00.7742-0.0068-0.04091.0792-0.02090.954424.3372147.5523-15.0324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 73 )A32 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 107 )A74 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 108 through 163 )A108 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 253 )A164 - 253
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 295 )A254 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 296 through 346 )A296 - 346
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 347 through 509 )A347 - 509
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 510 through 584 )A510 - 584
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 32 through 143 )B32 - 143
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 144 through 584 )B144 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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