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- PDB-7b5l: Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5l
タイトルUbiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1
要素
  • (Cyclin-dependent kinase ...) x 2
  • (E3 ubiquitin-protein ligase ...) x 2
  • (S-phase kinase-associated protein ...) x 2
  • Cullin-1
  • Cyclin-A2
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
  • NEDD8
  • Polyubiquitin-C
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
キーワードLIGASE / ubiquitin / ubiquitin ligase / E3 ligase / F-box protein / RBR ligase / Cullin-RING-Ligase / CRL / SCF / NEDD8 / Post-translational modification / ubiquitylation
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR/eIFalpha signaling / cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / ubiquitin-like protein transferase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes ...PKR/eIFalpha signaling / cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / positive regulation of protein polyubiquitination / ubiquitin-like protein transferase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cell cycle phase transition / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / Lewy body / ubiquitin-protein transferase activator activity / RBR-type E3 ubiquitin transferase / F-box domain binding / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to cell-matrix adhesion / : / cyclin A2-CDK1 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of cell cycle G1/S phase transition / PcG protein complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of exit from mitosis / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / ubiquitin ligase activator activity / RHO GTPases activate CIT / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / protein K11-linked ubiquitination / male pronucleus / nuclear export / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / female pronucleus / negative regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin conjugating enzyme binding / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / NEDD8 ligase activity / cellular response to cocaine / AKT phosphorylates targets in the cytosol / VCB complex / epithelial cell apoptotic process / response to glucagon / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to antibiotic / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / molecular function inhibitor activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / cellular response to steroid hormone stimulus / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / cellular response to lithium ion / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ubiquitin ligase complex scaffold activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / negative regulation of mitophagy / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Prolactin receptor signaling / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / RSV-host interactions / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily ...: / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1, UBA-like domain / Ariadne domain / Ariadne domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / IBR domain, a half RING-finger domain / Nedd8-like ubiquitin / IBR domain / IBR domain / A Receptor for Ubiquitination Targets / In Between Ring fingers / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / TRIAD supradomain / F-box domain profile. / TRIAD supradomain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / F-box domain / : / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ring finger / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site
類似検索 - ドメイン・相同性
5-azanylpentan-2-one / Polyubiquitin-C / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / S-phase kinase-associated protein 2 ...5-azanylpentan-2-one / Polyubiquitin-C / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / S-phase kinase-associated protein 1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / S-phase kinase-associated protein 2 / Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Horn-Ghetko, D. / Prabu, J.R. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8Activate ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF-RBR E3-E3 super-assembly.
著者: Daniel Horn-Ghetko / David T Krist / J Rajan Prabu / Kheewoong Baek / Monique P C Mulder / Maren Klügel / Daniel C Scott / Huib Ovaa / Gary Kleiger / Brenda A Schulman /
要旨: E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather ...E3 ligases are typically classified by hallmark domains such as RING and RBR, which are thought to specify unique catalytic mechanisms of ubiquitin transfer to recruited substrates. However, rather than functioning individually, many neddylated cullin-RING E3 ligases (CRLs) and RBR-type E3 ligases in the ARIH family-which together account for nearly half of all ubiquitin ligases in humans-form E3-E3 super-assemblies. Here, by studying CRLs in the SKP1-CUL1-F-box (SCF) family, we show how neddylated SCF ligases and ARIH1 (an RBR-type E3 ligase) co-evolved to ubiquitylate diverse substrates presented on various F-box proteins. We developed activity-based chemical probes that enabled cryo-electron microscopy visualization of steps in E3-E3 ubiquitylation, initiating with ubiquitin linked to the E2 enzyme UBE2L3, then transferred to the catalytic cysteine of ARIH1, and culminating in ubiquitin linkage to a substrate bound to the SCF E3 ligase. The E3-E3 mechanism places the ubiquitin-linked active site of ARIH1 adjacent to substrates bound to F-box proteins (for example, substrates with folded structures or limited length) that are incompatible with previously described conventional RING E3-only mechanisms. The versatile E3-E3 super-assembly may therefore underlie widespread ubiquitylation.
履歴
登録2020年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年2月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-12037
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cullin-1
H: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1
T: S-phase kinase-associated protein 2
K: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
S: S-phase kinase-associated protein 1
U: Polyubiquitin-C
N: NEDD8
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
L: Cyclin-dependent kinase 2
Y: Cyclin-A2
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,21822
ポリマ－381,52812
非ポリマー69010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29360 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area125860 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 CKUNDY

#1: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 89800.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13616
#4: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / CKS-1


分子量: 8968.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS1B, CKS1, PNAS-143, PNAS-16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61024
#6: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48
#7: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#9: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme L3 / L-UBC / UbcH7 / Ubiquitin carrier protein L3 / Ubiquitin- ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme L3 / L-UBC / UbcH7 / Ubiquitin carrier protein L3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-F1 / Ubiquitin-protein ligase L3


分子量: 17825.459 Da / 分子数: 1 / Mutation: C17A, C137A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2L3, UBCE7, UBCH7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68036, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#11: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 48609.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248

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E3 ubiquitin-protein ligase ... , 2種, 2分子 HR

#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1 / H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding ...H7-AP2 / HHARI / Monocyte protein 6 / MOP-6 / Protein ariadne-1 homolog / ARI-1 / UbcH7-binding protein / UbcM4-interacting protein / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-binding protein 1


分子量: 64197.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARIH1, ARI, MOP6, UBCH7BP, HUSSY-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4X5, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#8: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / ...E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / ROC1


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P62877, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase

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S-phase kinase-associated protein ... , 2種, 2分子 TS

#3: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 2 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p45 / F-box protein Skp2 / F-box/LRR-repeat protein 1 / p45skp2


分子量: 47817.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP2, FBXL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13309
#5: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

-
Cyclin-dependent kinase ... , 2種, 2分子 LP

#10: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34056.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#12: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 22188.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: misaligned sequence / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN1B, KIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46527

-
非ポリマー , 2種, 10分子

#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#14: 化合物 ChemComp-SY8 / 5-azanylpentan-2-one


分子量: 101.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.COMPLEX#1-#120MULTIPLE SOURCES
2NEDD8-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 composite map.COMPLEX#2-#7, #9-#121RECOMBINANT
3Cullin-1, E3 ubiquitin-protein ligase RBX1COMPLEX#1, #81RECOMBINANT
分子量値: 0.30 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 623409 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00621972
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71929701
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7212871
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453303
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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